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- PDB-6bxk: Crystal structure of Pyrococcus horikoshii Dph2 with 4Fe-4S clust... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bxk
タイトルCrystal structure of Pyrococcus horikoshii Dph2 with 4Fe-4S cluster and MTA
要素2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / DIPHTHAMIDE BIOSYNTHESIS / RADICAL SAM ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine catabolic process / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / protein histidyl modification to diphthamide / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 3 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 / Diphthamide synthesis Dph2, archaea / Diphthamide synthesis DHP1/DPH2, eukaryotes and archaea / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 3 / Putative diphthamide synthesis protein ...Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 3 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 / Diphthamide synthesis Dph2, archaea / Diphthamide synthesis DHP1/DPH2, eukaryotes and archaea / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 3 / Putative diphthamide synthesis protein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / IRON/SULFUR CLUSTER / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.347 Å
データ登録者Torelli, A.T. / Fenwick, M.K. / Zhang, Y. / Dong, M. / Kathiresan, V. / Carantoa, J.D. / Dzikovski, B. / Lancaster, K.M. / Freed, J.H. / Hoffman, B.M. ...Torelli, A.T. / Fenwick, M.K. / Zhang, Y. / Dong, M. / Kathiresan, V. / Carantoa, J.D. / Dzikovski, B. / Lancaster, K.M. / Freed, J.H. / Hoffman, B.M. / Lin, H. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Organometallic and radical intermediates reveal mechanism of diphthamide biosynthesis.
著者: Dong, M. / Kathiresan, V. / Fenwick, M.K. / Torelli, A.T. / Zhang, Y. / Caranto, J.D. / Dzikovski, B. / Sharma, A. / Lancaster, K.M. / Freed, J.H. / Ealick, S.E. / Hoffman, B.M. / Lin, H.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
B: 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5678
ポリマ－85,0772
非ポリマー1,4906
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.509, 80.458, 161.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase / Diphthamide biosynthesis protein Dph2 / S-adenosyl-L-methionine:L-histidine 3-amino-3-carboxypropyltransferase


分子量: 42538.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: dph2, PH1105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O58832, 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
#2: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 31-35% (v/v) PEG 400, either 0.1 M sodium citrate buffer pH 5.5 or MES buffer pH 6.5, 0.2 M Li2SO4 and 2% (v/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 29510 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 53.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 130240
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.432.70.33823110.896175.3
2.43-2.533.50.32627080.89188.8
2.53-2.654.20.28329520.909196.3
2.65-2.794.70.22730500.98199
2.79-2.964.90.17230321.108199.2
2.96-3.194.80.12230421.185199.1
3.19-3.514.80.08330681.054198.4
3.51-4.024.80.06230621.073198.1
4.02-5.064.70.05530870.959197.3
5.06-504.50.0431981.081196.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3LZC

3lzc


解像度: 2.347→40.48 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 1526 5.2 %
Rwork0.1803 --
obs0.184 29337 94.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.347→40.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5184 0 66 53 5303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8477299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2063217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005922
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3475-2.42320.33211180.24351890X-RAY DIFFRACTION72
2.4232-2.50980.39211400.25352279X-RAY DIFFRACTION87
2.5098-2.61030.33571380.25452502X-RAY DIFFRACTION95
2.6103-2.72910.34921410.22892604X-RAY DIFFRACTION98
2.7291-2.87290.37451220.23112637X-RAY DIFFRACTION99
2.8729-3.05290.28521450.2172626X-RAY DIFFRACTION99
3.0529-3.28850.28021490.21552593X-RAY DIFFRACTION98
3.2885-3.61920.26251300.19322663X-RAY DIFFRACTION99
3.6192-4.14250.21951350.16442620X-RAY DIFFRACTION97
4.1425-5.21730.2121310.14292665X-RAY DIFFRACTION97
5.2173-40.4860.21711770.16042732X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.81191.47581.36818.00171.99868.10420.1216-0.3132-0.240.00310.00980.05760.2371-0.2743-0.1030.34340.0184-0.03010.54720.05230.2969.290121.620625.3338
22.2505-0.5946-0.73512.41940.21661.1285-0.1231-0.2908-0.0420.150.192-0.2654-0.09790.1654-0.0620.46060.014-0.03620.6584-0.0570.355735.32325.427238.8437
34.76830.3242.30491.1764-0.59384.0064-0.11060.14660.1328-0.3518-0.0033-0.2975-0.18480.54340.10850.6698-0.08710.07330.5098-0.05350.426130.105245.515918.3843
49.21136.29841.41184.3741.47693.8457-0.0428-0.87950.1835-0.0539-0.0461-0.186-0.3065-0.32520.07140.55740.1270.07340.60780.02110.362314.89129.088938.8815
55.60070.65643.03241.8309-0.61956.6599-0.347-0.34980.31680.03240.24870.0616-0.6942-0.21090.0830.87260.07220.00480.4543-0.04220.383110.398450.32046.2634
61.916-0.2598-0.70363.58871.2995.5047-0.00970.00210.0080.0668-0.012-0.0635-0.2013-0.00830.01180.4825-0.0395-0.0510.4520.04990.32884.660538.2134-19.4957
71.8019-0.1785-0.07673.5735-0.43428.8506-0.0050.0959-0.2292-0.30470.15020.14020.4301-0.186-0.13430.4161-0.0199-0.09210.43770.03990.3736.844517.85052.7714
81.1384-2.72050.29077.4101-1.79121.90960.17270.1110.048-0.5256-0.0913-0.07790.1643-0.2763-0.09490.5679-0.08320.02170.61320.03830.39125.733325.8605-0.6065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:93)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 94:211)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 212:323)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 324:341)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:93)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 94:209)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 210:271)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 272:341)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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