PDB-6bxe: Crystal structure of Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bxe

タイトル

Crystal structure of Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9)

要素

Variable lymphocyte receptor diversity region

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / VLR /

LEUCINE-RICH REPEAT (ロイシンリッチリピート) / lamprey antibody /

immune receptor

機能・相同性

Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain /

ロイシンリッチリピート /

Leucine-rich repeat, typical subtype /

Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily /

ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Variable lymphocyte receptor diversity region

機能・相同性情報

生物種

Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.651 Å

データ登録者

Gunn, R.J. / Wilson, I.A. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI042266	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI072435	米国

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: VLR Recognition of TLR5 Expands the Molecular Characterization of Protein Antigen Binding by Non-Ig-based Antibodies.
著者: Gunn, R.J. / Herrin, B.R. / Acharya, S. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2017年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bxe.cif.gz	143.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bxe.ent.gz	110.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bxaC 6bxcC 6bxdC 3twiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ozw-d 5kc5-d 5vbq-2 2je0-4 3a57-d 2g2x-2 4q11-2 6c4u-1 5u9n-1 2g2x-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (4) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (7)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (4)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Variable lymphocyte receptor diversity region

B: Variable lymphocyte receptor diversity region

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Variable lymphocyte receptor diversity region

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Variable lymphocyte receptor diversity region

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.511, 75.511, 99.307
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Variable lymphocyte receptor diversity region 分子量: 19287.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A5HBR7
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M citrate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 38111 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 18.3 % / CC_1/2: 0.95 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 38.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1669 / CC_1/2: 0.68 / R_pim(I) all: 0.28 / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TWI

3twi

解像度: 1.651→35.291 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 17.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1735	1854	4.87 %
R_work	0.1528	-	-
obs	0.1538	38071	98.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.651→35.291 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2432	0	0	294	2726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2493
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	3418
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.785	1501
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	439

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6515-1.6961	0.233	112	0.2286	2512	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6961-1.746	0.2665	120	0.2045	2766	X-RAY DIFFRACTION	98
1.746-1.8024	0.2598	132	0.192	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8024-1.8668	0.2064	171	0.1758	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8668-1.9415	0.1806	154	0.1623	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9415-2.0299	0.1726	182	0.1466	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0299-2.1369	0.1556	146	0.1469	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1369-2.2708	0.1819	106	0.1469	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2708-2.4461	0.1792	128	0.145	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4461-2.6921	0.1676	179	0.1549	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6921-3.0815	0.1898	141	0.1621	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0815-3.8816	0.1515	150	0.1427	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8816-35.299	0.1593	133	0.1414	2873	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6342	-1.2764	0.3072	6.558	-0.0129	4.9041	-0.1885	-0.9889	0.4151	0.6086	0.2526	0.1969	-0.5321	-0.3621	-0.1315	0.3056	0.0417	-0.003	0.4735	-0.0885	0.2198	-3.775	-28.2778	9.012
2	2.5083	0.847	0.4365	2.9651	-0.6657	1.9536	0.0009	-0.4403	0.4514	0.3428	0.0107	0.1406	-0.2619	-0.2104	-0.0222	0.2194	0.0287	0.004	0.2891	-0.0875	0.2291	-1.7467	-22.3553	2.1668
3	1.8838	0.0662	0.1853	2.2815	-2.0044	2.5258	-0.0801	-0.3778	0.3762	0.6455	0.1314	-0.2621	-0.2516	0.103	-0.1354	0.1853	0.0082	-0.0385	0.2013	-0.0777	0.2264	9.3422	-25.2726	2.8319
4	2.4287	-0.0008	0.2209	0.6112	-0.4212	1.8478	0.0396	0.0001	0.183	-0.012	-0.0012	-0.032	-0.0723	-0.0012	-0.0745	0.156	0.0027	-0.0136	0.1529	-0.024	0.2001	4.3147	-23.8983	-10.2992
5	5.8235	0.58	0.2375	5.3863	-3.0428	5.6892	0.0174	0.3615	0.1633	-0.4048	-0.224	-0.5501	0.3511	0.4566	0.1396	0.2116	0.0457	0.0325	0.2917	0.0006	0.2133	9.8328	-25.6012	-20.0757
6	3.3674	-1.3893	2.063	0.7041	-0.5685	2.4375	0.0046	0.3483	0.1964	-0.2126	-0.1094	0.1736	0.089	0.0846	0.2114	0.2851	0.0252	-0.0145	0.2521	-0.0004	0.2313	-1.2756	-23.2787	-23.9527
7	5.473	3.0821	0.608	8.1438	-0.5059	5.3226	0.0243	0.5748	0.9981	-0.7501	-0.4435	-0.7707	-0.4417	0.568	0.5138	0.2804	0.0682	0.0263	0.3832	0.1447	0.5327	8.8562	-15.2918	-26.5287
8	1.6952	1.9224	2.4178	2.3598	2.8639	3.5853	0.3361	0.0413	0.0421	-0.0833	-0.2937	-0.4924	0.2663	0.68	-0.0544	0.3885	0.0478	-0.0178	0.3515	0.1039	0.3958	6.1403	-49.8606	2.7558
9	2.2796	0.2773	1.2459	2.7447	0.5787	3.2326	0.1403	0.0813	0.0021	-0.0983	-0.1927	-0.4586	0.2346	0.3561	0.0347	0.2414	0.0504	0.0102	0.2732	0.0775	0.264	1.6513	-47.2662	-2.0364
10	2.8145	0.3333	-0.3041	2.8942	-0.217	3.1573	-0.0708	0.0752	-0.1652	-0.1194	-0.0851	-0.0588	0.4624	0.0252	0.1269	0.2754	0.0191	0.0144	0.2085	0.036	0.2159	-7.2964	-48.456	-7.4059
11	2.6267	0.8697	-0.3363	2.9332	-0.7358	2.7842	-0.0262	-0.115	0.0749	-0.0622	-0.0352	0.2436	0.1551	0.0277	0.0714	0.1788	0.0077	-0.0044	0.192	0.0329	0.2084	-13.4726	-41.7513	-7.7925
12	2.9551	-2.5357	-0.5185	2.8781	-0.1467	5.1247	0.059	0.22	-0.1857	-0.4431	-0.0697	0.4579	0.2531	-0.0517	0.0162	0.297	-0.0136	-0.0342	0.2212	0.0159	0.2717	-15.8832	-42.8882	-21.3232
13	5.4705	2.5309	2.1231	5.9366	0.7122	5.0337	-0.0487	-0.1178	-0.1248	-0.1418	0.0653	0.5002	0.1973	-0.7403	-0.0529	0.1895	-0.015	-0.0184	0.3035	0.0493	0.2507	-22.6299	-38.8695	-12.7385
14	5.2447	0.8577	-0.463	8.0788	1.3078	0.7535	0.0362	0.3501	-0.0223	-0.6698	-0.112	0.0707	0.0282	-0.2043	0.0012	0.2507	0.0183	-0.0178	0.2167	0.0429	0.1937	-16.0142	-35.0905	-22.1003
15	4.913	1.9739	0.8616	5.6462	1.1368	3.1413	-0.0174	0.5254	-0.6789	-0.4329	0.1561	1.0496	0.798	-0.7314	-0.1003	0.4696	-0.1553	-0.1492	0.4148	-0.0292	0.531	-26.7513	-43.1873	-22.931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 138 through 153 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 154 through 166 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 167 through 181 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 17 through 26 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 27 through 55 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 56 through 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 95 through 127 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 128 through 137 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 138 through 153 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 154 through 166 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 167 through 181 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)