PDB-6bxd: Crystal structure of Variable Lymphocyte Receptor 2 (VLR2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bxd

タイトル

Crystal structure of Variable Lymphocyte Receptor 2 (VLR2)

要素

Variable Lymphocyte Receptor 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / VLR / LEUCINE-RICH REPEAT / lamprey antibody / immune receptor

機能・相同性

Chem-ETE

機能・相同性情報

生物種

Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.103 Å

データ登録者

Gunn, R.J. / Wilson, I.A. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	A1042266	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI072435	米国

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: VLR Recognition of TLR5 Expands the Molecular Characterization of Protein Antigen Binding by Non-Ig-based Antibodies.
著者: Gunn, R.J. / Herrin, B.R. / Acharya, S. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2017年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bxd.cif.gz	95 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bxd.ent.gz	70.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bxd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bxd_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bxd_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	6bxd_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	6bxd_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bxd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bxaC 6bxcC 6bxeC 3twiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f4h-3 5wk4-5 6f4h-1 5wk4-2 2xv6-1 5wk4-4 6uxc-2 5wk4-3 5wk4-6 3ron-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Variable Lymphocyte Receptor 2

ヘテロ分子

23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.033, 74.731, 40.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Variable Lymphocyte Receptor 2 / VLR2 分子量: 22688.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 208.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₂₀O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 30% PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 74681 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.8572207267 Å² / CC_1/2: 0.91 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/av σ(I): 33.5 / Net I/σ(I): 33.4
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2632 / R_pim(I) all: 0.37 / % possible all: 68.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TWI

3twi

解像度: 1.103→37.365 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	3716	4.98 %
R_work	0.1768	-	-
obs	0.1769	74609	95.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.103→37.365 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1446	0	19	266	1731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1531
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.819	2096
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.275	575
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	267

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1027-1.1167	0.3008	99	0.2941	1685	X-RAY DIFFRACTION	63
1.1167-1.1314	0.311	110	0.2798	1983	X-RAY DIFFRACTION	73
1.1314-1.1469	0.2864	117	0.2613	2083	X-RAY DIFFRACTION	77
1.1469-1.1633	0.2581	124	0.2549	2323	X-RAY DIFFRACTION	85
1.1633-1.1806	0.2534	127	0.2457	2386	X-RAY DIFFRACTION	88
1.1806-1.1991	0.2542	111	0.2341	2608	X-RAY DIFFRACTION	94
1.1991-1.2187	0.213	141	0.2265	2623	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2187-1.2398	0.1943	137	0.2197	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2398-1.2623	0.2495	133	0.2189	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2623-1.2866	0.2218	166	0.204	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2866-1.3128	0.204	134	0.2059	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3128-1.3414	0.1975	151	0.1938	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3414-1.3726	0.2138	142	0.1926	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3726-1.4069	0.1962	127	0.1885	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4069-1.445	0.2022	146	0.1877	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.445-1.4875	0.1783	132	0.1823	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4875-1.5355	0.1874	158	0.1756	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5355-1.5904	0.1955	143	0.1682	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5904-1.6541	0.1723	114	0.163	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6541-1.7293	0.1522	150	0.165	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7293-1.8205	0.1909	159	0.1708	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8205-1.9346	0.1782	157	0.1622	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9346-2.0839	0.1744	156	0.1553	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0839-2.2936	0.1692	130	0.1579	2786	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2936-2.6254	0.1558	154	0.1639	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6254-3.3074	0.1521	146	0.174	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3074-37.387	0.1718	152	0.1737	2980	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7117	1.9693	0.1453	7.7857	2.1098	6.6086	0.2053	0.0266	-0.0661	0.0913	-0.1026	0.5268	0.2465	-0.685	-0.1246	0.1562	-0.0048	0.0014	0.1625	0.0391	0.202	-72.9083	-1.1395	68.0168
2	1.2702	-0.5402	0.2152	1.4345	0.1619	0.595	-0.0197	-0.1228	-0.0325	-0.0248	0.0109	0.1302	-0.0487	-0.1738	0.0125	0.0968	0.0095	0.007	0.1206	0.0058	0.1207	-73.4494	7.8787	63.3578
3	1.1909	0.0674	0.4081	0.4468	-0.2169	1.6345	-0.0293	-0.0047	0.0743	-0.0201	0.0343	0.0155	-0.1222	-0.0513	-0.0063	0.1039	0.0021	0.0018	0.1006	-0.0013	0.1173	-64.6607	13.9937	57.7873
4	2.0099	-0.4092	0.8683	2.1293	0.4108	3.0894	-0.0061	0.0434	0.0763	-0.0475	-0.0217	0.0365	-0.1768	-0.0736	0.0338	0.065	-0.0202	0.0219	0.0843	0.0095	0.1042	-57.4367	19.7629	50.713
5	1.8067	-0.2459	0.5014	2.342	-0.3569	2.3722	-0.0053	0.2182	-0.0544	-0.1485	-0.0021	-0.0182	0.0811	0.0911	0.0073	0.0822	-0.0082	0.0106	0.125	-0.0053	0.0963	-51.7366	19.021	46.1326
6	2.7484	-0.7346	-0.3356	7.5532	-0.2205	5.9813	0.0323	0.2564	0.2938	-0.5657	0.0609	0.3433	-0.5534	-0.3153	-0.0611	0.191	-0.0045	-0.0103	0.1449	0.0282	0.1781	-56.5625	29.4163	39.3237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 163 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 164 through 199 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 200 through 212 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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