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- PDB-6bxc: Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bxc
タイトルCrystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9) bound
要素
  • Toll-like receptor 5b, Variable lymphocyte receptor B chimera
  • Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9)
キーワードIMMUNE SYSTEM / VLR / LEUCINE-RICH REPEAT / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 5 signaling pathway / activation of immune response / toll-like receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / inflammatory response / innate immune response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / : / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain ...Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / : / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 5b / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gunn, R.J. / Wilson, I.A. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)A1042266 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI072435 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: VLR Recognition of TLR5 Expands the Molecular Characterization of Protein Antigen Binding by Non-Ig-based Antibodies.
著者: Gunn, R.J. / Herrin, B.R. / Acharya, S. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 5b, Variable lymphocyte receptor B chimera
B: Toll-like receptor 5b, Variable lymphocyte receptor B chimera
D: Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9)
C: Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,0649
ポリマ－140,9144
非ポリマー1,1505
水2,180121
1
A: Toll-like receptor 5b, Variable lymphocyte receptor B chimera
D: Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9615
ポリマ－70,4572
非ポリマー5043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
2
B: Toll-like receptor 5b, Variable lymphocyte receptor B chimera
ヘテロ分子

C: Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1024
ポリマ－70,4572
非ポリマー6462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area25750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.380, 69.413, 84.561
Angle α, β, γ (deg.)112.14, 104.12, 100.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 Toll-like receptor 5b, Variable lymphocyte receptor B chimera


分子量: 51169.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: tlr5b, VLRB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: F8W3J5, UniProt: Q4G1L2
#2: タンパク質 Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9)


分子量: 19287.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 122分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% Peg3350, 170 mM MgNO3, 80 mM MES pH 6.0, 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.3 Å / Num. obs: 42427 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 1.6 % / CC1/2: 0.92 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1062 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.33 / % possible all: 46

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V47

3v47


解像度: 2.5→45.272 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2703 2086 4.99 %
Rwork0.2295 --
obs0.2315 41823 89.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.272 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9320 0 74 121 9515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10513073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2975732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071667
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.55820.3189750.30641606X-RAY DIFFRACTION54
2.5582-2.62210.36851100.2891819X-RAY DIFFRACTION64
2.6221-2.6930.3221990.28432234X-RAY DIFFRACTION75
2.693-2.77220.33321240.27952499X-RAY DIFFRACTION84
2.7722-2.86170.31621330.27962644X-RAY DIFFRACTION90
2.8617-2.9640.31551470.27322818X-RAY DIFFRACTION95
2.964-3.08260.3341860.28932817X-RAY DIFFRACTION97
3.0826-3.22290.3151400.27042879X-RAY DIFFRACTION98
3.2229-3.39270.29321450.26962960X-RAY DIFFRACTION99
3.3927-3.60520.29981580.2432863X-RAY DIFFRACTION98
3.6052-3.88350.2741620.22272902X-RAY DIFFRACTION98
3.8835-4.2740.26951640.20292911X-RAY DIFFRACTION99
4.274-4.89180.22641250.19182953X-RAY DIFFRACTION99
4.8918-6.16070.21941500.19752934X-RAY DIFFRACTION99
6.1607-45.27940.22111680.2022898X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7146-2.0196-0.13784.78112.15926.11260.43490.45240.3938-0.6968-0.5093-0.7635-0.8972-0.26370.04970.71190.00860.14770.54110.10130.6076-17.6398-15.2417-27.9202
27.7312-0.7510.42591.7693-0.38375.9209-0.12340.5671-0.1419-0.44230.0101-0.2438-0.35960.32820.10790.4073-0.07110.07710.3466-0.06610.5533-13.5217-26.7373-18.1182
32.4849-1.706-0.32983.82020.7492.9677-0.0631-0.0609-0.41060.31420.018-0.24550.09260.0233-0.00760.31950.0114-0.05570.23990.03110.5732-16.7041-30.54875.6065
43.21980.73770.16384.05582.07354.63540.1033-0.33450.1230.8195-0.01370.2111-0.8701-0.2824-0.08150.85290.0988-0.03020.39010.01630.4265-24.3101-13.815323.225
51.17390.09120.39430.3452-0.06130.53010.0145-0.10391.119-0.2676-0.1297-0.1476-1.3177-0.5905-0.05832.56310.53060.18650.3-0.21210.9697-28.66169.814624.4727
67.786-0.8265-3.84724.2102-2.24746.7419-0.1605-0.58460.73550.7132-0.3619-0.0534-0.32751.01520.54010.6849-0.1094-0.13940.511-0.00660.436410.911618.521722.7954
72.1027-1.08-1.07768.6868-1.4594.74450.2751-0.42120.31610.54830.0502-0.4157-0.8680.2149-0.37050.6405-0.09160.05480.4247-0.04840.4841.98219.971319.4645
82.4289-0.08070.86861.8212-0.77745.2725-0.1134-0.02740.2710.1852-0.12130.2748-0.30930.08620.20910.3386-0.01220.00520.25820.01480.6814-3.84420.12882.931
99.0063.36472.43218.7575-0.49054.60.06210.7719-0.3164-0.93710.22870.89850.2677-0.0957-0.22460.3625-0.0386-0.03440.3318-0.00770.4019-8.070413.1045-15.07
104.52931.47410.06816.45852.61166.2349-0.0890.60950.0494-0.288-0.0523-0.18850.07420.1430.12820.30380.03420.05180.4390.10310.39952.953911.5132-21.3849
114.8193-0.7997-0.42197.8974-0.65734.03780.22280.4895-0.2449-0.5433-0.2088-0.04740.11880.89220.01480.38240.0610.02841.00120.15970.427113.951912.7804-28.4273
122.8512-0.3171-0.51178.6761-2.76342.97150.14170.27560.311-1.3209-0.0582-0.22740.55431.657-0.03850.66810.14080.05371.83240.20880.672723.639612.3509-32.3303
130.5887-0.3291-0.24993.4752-0.24120.78580.01820.49370.3501-0.56950.1034-0.9937-0.19321.135-0.16210.5104-0.11730.14242.08540.03090.811431.422414.3086-30.1569
142.49551.6014-1.491.835-0.73960.9373-0.12311.06580.3981-0.75780.2349-1.29710.38031.5351-0.01560.81640.32160.14572.66360.04331.240742.55158.8957-28.8095
153.24122.1631-1.22686.0663-2.2222.6804-0.0548-0.37150.0810.3441-0.0683-0.1856-0.45680.15550.16580.4633-0.14590.14320.3722-0.09630.8244-15.0462-11.5843-8.0721
164.763.399-2.11163.6253-3.04866.56260.26860.42770.2624-0.23380.26550.7837-0.1365-0.2971-0.46890.40160.0234-0.02460.273-0.02880.5925-6.7209-6.336-6.4933
171.90730.7980.36751.6538-0.87213.4766-0.1146-0.1787-0.20660.00850.0138-0.06110.40050.14740.08310.41080.08730.05840.29490.00030.61215.5762-7.29062.2163
187.3387-1.6158-1.64476.1679-0.60014.274-0.16280.10.4150.5781-0.0223-0.64560.25410.73190.11810.26890.0764-0.12620.5519-0.07310.670315.8796-1.64329.6815
195.6759-5.19293.18666.3355-2.88736.0456-0.40290.201-0.84760.83390.3371-0.2805-0.44871.08340.05840.91020.412-0.45341.194-0.41570.837519.8176-9.733518.1271
204.40563.65452.46544.06313.40763.24650.0190.14340.4367-0.00940.3552-0.1716-0.22560.7246-0.15450.341-0.1138-0.02360.3756-0.01670.7779-42.0911-46.43993.0914
213.13051.7333.37515.79093.72957.22740.5185-0.1397-0.62330.484-0.0602-0.7750.7720.2095-0.52630.2817-0.02660.00840.36790.00160.4754-38.5149-37.36111.3568
224.59894.06420.28867.58252.37236.6376-0.18841.06560.24150.2817-0.2533-0.23210.5066-0.37020.36020.30590.0015-0.03690.43640.02550.7629-41.7464-35.7949-9.7672
230.52830.0071.26712.26932.47629.1690.11380.0070.0111-0.1256-0.16480.4086-0.3395-0.4170.00180.2471-0.0181-0.04630.4436-0.08390.6656-43.5004-28.5907-3.6686
247.64770.00432.8314.01151.24443.4463-0.09590.0671-0.3176-0.13510.1040.5737-0.4960.52070.0170.31060.00590.03940.1647-0.00110.5737-39.1487-24.9667-4.776
253.7443-0.80190.99720.79881.36115.9888-0.32990.03811.1039-0.0763-0.45070.692-0.6467-0.57410.66060.37590.06920.02110.28110.01640.7335-42.1626-18.6002-6.2876
268.5835-3.01774.51186.8489-0.80582.514-0.49891.6977-0.4058-0.3295-0.08771.5734-0.27110.34990.3470.38770.0765-0.10310.7317-0.06330.613-41.1635-20.2111-19.4398
275.0784-4.0316-2.71155.83160.96571.9875-1.14040.18021.1833-0.0222-0.0825-0.8241-1.0432-0.13411.08430.71770.1185-0.00950.39710.15950.7674-41.4006-12.4332-11.1387
283.41540.42763.18458.7511-1.54653.52860.44431.59760.8694-1.37220.6558-0.3624-0.77980.376-1.03190.6220.0650.21050.82930.10180.5015-34.1673-16.9784-19.4705
291.8976-2.44121.0644.036-2.43691.8717-0.18470.18130.494-0.26360.13240.4068-0.39940.11450.42021.26860.5939-0.01650.99610.62180.7741-46.7802-10.9369-22.8626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 63 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 152 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 153 through 267 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 268 through 385 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 386 through 464 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 24 through 63 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 92 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 93 through 203 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 204 through 232 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 233 through 303 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 304 through 356 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 357 through 385 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 386 through 418 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 419 through 464 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 16 through 26 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 27 through 55 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 56 through 138 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 139 through 166 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 167 through 181 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 16 through 26 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 27 through 55 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 56 through 65 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 66 through 94 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 95 through 108 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 109 through 127 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 128 through 138 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 139 through 153 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 154 through 166 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 167 through 180 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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