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- PDB-6bww: Crystal structure of an acetate and Cymal-5 bound cytochrome P450... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bww
タイトルCrystal structure of an acetate and Cymal-5 bound cytochrome P450 2B4 F429H mutant
要素Cytochrome P450 2B4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Acetate Cymal-5 / P450 2B4
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...: / Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2B4
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yang, Y.T. / Waskell, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
米国
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2018
タイトル: Structure of cytochrome P450 2B4 with an acetate ligand and an active site hydrogen bond network similar to oxyferrous P450cam.
著者: Yang, Y. / Bu, W. / Im, S. / Meagher, J. / Stuckey, J. / Waskell, L.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,24818
ポリマ－53,6181
非ポリマー2,63117
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.185, 93.185, 151.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2B4 / CYPIIB4 / Cytochrome P450 isozyme 2 / Cytochrome P450 LM2 / Cytochrome P450 type B0 / Cytochrome P450 type B1


分子量: 53617.508 Da / 分子数: 1 / 変異: F429H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYP2B4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00178, unspecific monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 315分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: mixing 2 ul of protein and 2 ul of reservoir solution containing 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M cacodylate pH 6.5, 10-15% PEG 3350, and to each drop add 0.4 ul of 10% Anapoe-C10E9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 44827 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 31.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.244 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 277140
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.146.30.4122130.99199.5
2.14-2.186.30.3522101.027199.5
2.18-2.226.30.30822151.042199.4
2.22-2.266.20.25421931.107199.4
2.26-2.316.30.22522031.148199.6
2.31-2.376.30.19722091.132199.4
2.37-2.426.20.16922041.14199.8
2.42-2.496.30.14622271.139199.6
2.49-2.566.30.12622211.148199.6
2.56-2.656.20.10322401.145199.9
2.65-2.746.20.09622271.18199.7
2.74-2.856.20.08222061.3199.7
2.85-2.986.20.07922501.323199.9
2.98-3.146.20.07322281.564199.9
3.14-3.336.20.06322621.685199.9
3.33-3.596.20.05222541.551100
3.59-3.956.20.04222681.4081100
3.95-4.526.10.03722871.3321100
4.52-5.760.03423111.261100
5.7-1005.60.03523991.259197.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→46.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9463 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9389 / SU R Cruickshank DPI: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.132
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2056 4477 9.99 %RANDOM
Rwork0.1852 ---
obs0.1872 44799 99.57 %-
原子変位パラメータBiso max: 147.76 Å2 / Biso mean: 40.92 Å2 / Biso min: 14.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6263 Å20 Å20 Å2
2---0.6263 Å20 Å2
3---1.2527 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.227 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3704 0 291 298 4293
Biso mean--63.27 47.64 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1715SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes83HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1131HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7846HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion499SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8885SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7846HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14172HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.54
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 319 9.87 %
Rwork0.2026 2912 -
all0.2065 3231 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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