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- PDB-6bvc: Crystal structure of AAC(3)-Ia in complex with coenzyme A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bvc
タイトルCrystal structure of AAC(3)-Ia in complex with coenzyme A
要素Aminoglycoside-(3)-N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / aminoglycoside / antibiotic / resistance / GCN5 family N-acetyltransferase / GNAT / alpha/beta protein / coenzyme A / CoA / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-PE3 / Aminoglycoside-(3)-N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.808 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2017年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside-(3)-N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7858
ポリマ－19,4361
非ポリマー2,3497
水3,315184
1
A: Aminoglycoside-(3)-N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Aminoglycoside-(3)-N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,56916
ポリマ－38,8722
非ポリマー4,69814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area11600 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.028, 100.875, 53.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

HOH

21A-342-

HOH

31A-346-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aminoglycoside-(3)-N-acetyltransferase


分子量: 19435.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: aacC1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q53396

-
非ポリマー , 5種, 191分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M NaCl, 25% PEG3350, 0.1M Na Citrate pH5.6, cryo paratone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→62.21 Å / Num. obs: 19775 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.81→2.02 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 5532 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.314 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BO4

1bo4


解像度: 1.808→50.438 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1914 1865 5.01 %RANDOM
Rwork0.1623 ---
obs0.1637 37209 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.808→50.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1199 0 85 184 1468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0251803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.827507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.133196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8084-1.85730.29631420.28122695X-RAY DIFFRACTION99
1.8573-1.9120.30031420.25432713X-RAY DIFFRACTION100
1.912-1.97370.24371430.21742767X-RAY DIFFRACTION99
1.9737-2.04420.22531460.18792688X-RAY DIFFRACTION99
2.0442-2.12610.23111450.17272740X-RAY DIFFRACTION100
2.1261-2.22280.22421410.16452705X-RAY DIFFRACTION99
2.2228-2.340.15021430.15362717X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.48660.16181420.1492738X-RAY DIFFRACTION99
2.4866-2.67860.16831480.13922726X-RAY DIFFRACTION100
2.6786-2.94820.19151460.14622716X-RAY DIFFRACTION99
2.9482-3.37470.16751420.14012712X-RAY DIFFRACTION99
3.3747-4.25140.15481440.132691X-RAY DIFFRACTION99
4.2514-50.45710.20231410.17712736X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.511-0.73270.31862.53143.91427.65030.02180.1552-0.796-0.04120.0415-0.07740.77680.1799-0.04170.2389-0.00540.02720.1437-0.00660.25822.72190.864972.8232
24.93280.5046-0.72253.64661.10925.1145-0.0280.0437-0.1414-0.17160.0382-0.20810.10220.20070.00970.07050.0269-0.01190.09240.00860.130534.564312.792271.8225
32.99090.93191.29453.4438-0.25282.72830.0087-0.25190.0980.1758-0.05260.0980.1032-0.140.04940.084-0.00110.03230.13440.00750.078225.98412.341278.2037
45.4102-5.8706-1.40966.37091.52470.36610.02420.0812-0.152-0.0379-0.03330.15570.0207-0.04540.00060.1097-0.0028-0.00760.1274-0.01770.132417.737919.015869.6729
52.9232-1.38920.89815.068-1.48395.07290.08630.102-0.2389-0.2697-0.1412-0.13930.68870.36020.04590.29440.01890.0420.1755-0.03250.16427.30120.794159.6118
62.5855-1.208-0.68814.10910.39554.59980.08450.1565-0.005-0.4117-0.07890.1033-0.049-0.0080.00450.1032-0.0135-0.04010.1142-0.02310.141316.571112.93962.6941
76.1725.392.59814.89752.88483.542-0.17530.18630.0063-0.90220.1222-0.1571-0.42370.14880.01430.25330.07070.00090.22050.0230.251523.210330.745958.5453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 63 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 85 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 113 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 114 through 121 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 122 through 160 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 161 through 177 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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