[日本語] English
万見
- PDB-6bv8: Structure of proteinaceous RNase P 1 (PRORP1) from A. thaliana co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bv8
タイトルStructure of proteinaceous RNase P 1 (PRORP1) from A. thaliana complexed with Mn after 3-hour soak with juglone
要素Proteinaceous RNase P 1, chloroplastic/mitochondrial
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / metallonuclease / PRORP / ribonuclease / PIN / tRNA processing / RNAse P / NYN domain / PPR domain / chloroplasts / mitochondria / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial ribonuclease P complex / mitochondrial tRNA 5'-end processing / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing / chloroplast / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11980 / Protein-only RNase P, C-terminal / Protein-only RNase P / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe ...Rossmann fold - #11980 / Protein-only RNase P, C-terminal / Protein-only RNase P / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxynaphthalene-1,4-dione / : / Proteinaceous RNase P 1, chloroplastic/mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Karasik, A. / Wu, N. / Fierke, C.A. / Koutmos, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM117141 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibition of protein-only RNase P with Gambogic acid and Juglone
著者: Wu, N. / Karasik, A. / Muehlbauer, L. / Koutmos, M. / Fierke, C.A.
履歴
登録2017年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proteinaceous RNase P 1, chloroplastic/mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0266
ポリマ－56,6611
非ポリマー3655
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.677, 111.332, 139.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Proteinaceous RNase P 1, chloroplastic/mitochondrial / Proteinaceous RNase P 1 / Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g32230


分子量: 56660.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 77-572 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PRORP1, At2g32230, F22D22.2 / プラスミド: Plasmid / 詳細 (発現宿主): pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q66GI4, ribonuclease P

-
非ポリマー , 5種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-JUG / 5-hydroxynaphthalene-1,4-dione / Juglone / ジュグロン


分子量: 174.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H6O3
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 18% PEG3350, 0.1 M sodium citrate tribasic, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月9日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→86.99 Å / Num. obs: 38500 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G23

4g23


解像度: 2.1→86.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.741 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23608 1900 4.9 %RANDOM
Rwork0.2004 ---
obs0.20222 36554 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.091 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2--1.78 Å20 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→86.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3767 0 17 236 4020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193877
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9575236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9013.0028550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8335472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76324.121182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6115698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8741528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8635.1481888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.865.1461887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.277.6992357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2697.7022358
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3455.4941989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3455.4971976
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2488.0712859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.28659.8454531
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.18459.9174423
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.098→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 138 -
Rwork0.3 2603 -
obs--97.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る