[日本語] English
万見
- PDB-6bv7: NMR structure of Sodium/Calcium Exchanger 1 (NCX1) Two-helix Bund... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bv7
タイトルNMR structure of Sodium/Calcium Exchanger 1 (NCX1) Two-helix Bundle (THB) domain
要素Sodium/calcium exchanger 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Two-helix Bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / calcium ion import / ankyrin binding ...Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / calcium ion import / ankyrin binding / positive regulation of the force of heart contraction / positive regulation of bone mineralization / response to muscle stretch / sodium ion transmembrane transport / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / calmodulin binding / postsynapse / calcium ion binding / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / : / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily ...Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / : / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / CalX-like domain superfamily / DnaJ domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/calcium exchanger 1
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yuan, J. / Yuan, C. / Bruschweiler, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1715505 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: The Intracellular Loop of the Na+/Ca2+Exchanger Contains an "Awareness Ribbon"-Shaped Two-Helix Bundle Domain.
著者: Yuan, J. / Yuan, C. / Xie, M. / Yu, L. / Bruschweiler-Li, L. / Bruschweiler, R.
履歴
登録2017年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.62024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sodium/calcium exchanger 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7891
ポリマ－6,7891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6530 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Sodium/calcium exchanger 1 / Na(+)/Ca(2+)-exchange protein 1 / Solute carrier family 8 member 1


分子量: 6788.544 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 306-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: SLC8A1, NCX1 / プラスミド: pTBSG1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23685

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic23D HNCA
142isotropic23D HN(CO)CA
152isotropic23D HNCO
162isotropic23D HN(CA)CO
172isotropic23D HN(CA)CB
182isotropic23D HN(COCA)CB
193isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1103isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1112isotropic23D H(CO)NH-TOCSY
1122isotropic23D (H)CC(CO)NH-TOCSY
1133isotropic22D aromatic TROSY-HSQC
1144isotropic22D 1H-1H NOESY
1151isotropic23D HNHB
1164isotropic22D DQF-COSY
1175isotropic22D 10%-13C CT-HSQC
1182isotropic13D 15N-edited NOESY
1192isotropic13D 15N-edited CNH-NOESY
1203isotropic13D 13C-edited NOESY
1213isotropic13D 13C-edited CCH-NOESY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1300 uM [U-15N] NCX1_THB, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N_sample_H2O90% H2O/10% D2O
solution2300 uM [U-13C; U-15N] NCX1 THB, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample_H2O90% H2O/10% D2O
solution3300 uM [U-13C; U-15N] NCX1 THB, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 100% D2O15N_13C_sample_D2O100% D2O
solution4300 uM NCX1 THB, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 100% D2Onon-label_sample_D2O100% D2O
solution5300 uM [U-10% 13C] NCX1 THB, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 100% D2O10%-13C_sample_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMNCX1_THB[U-15N]1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
300 uMNCX1 THB[U-13C; U-15N]2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
300 uMNCX1 THB[U-13C; U-15N]3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
300 uMNCX1 THBnatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
300 uMNCX1 THB[U-10% 13C]5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl, 20 mM Sodium Phosphate mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る