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- PDB-1uzj: Integrin binding cbEGF22-TB4-cbEGF33 fragment of human fibrillin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uzj
タイトルIntegrin binding cbEGF22-TB4-cbEGF33 fragment of human fibrillin-1, holo form.
要素FIBRILLIN-1
キーワードMATRIX PROTEIN / EXTRA-CELLULAR MATRIX / FIBRILLIN-1 / CBEGF DOMAIN / TB DOMAIN MATRIX PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


post-embryonic eye morphogenesis / extracellular matrix constituent conferring elasticity / sequestering of BMP in extracellular matrix / sequestering of TGFbeta in extracellular matrix / microfibril / embryonic eye morphogenesis / negative regulation of osteoclast development / metanephros development / camera-type eye development / Elastic fibre formation ...post-embryonic eye morphogenesis / extracellular matrix constituent conferring elasticity / sequestering of BMP in extracellular matrix / sequestering of TGFbeta in extracellular matrix / microfibril / embryonic eye morphogenesis / negative regulation of osteoclast development / metanephros development / camera-type eye development / Elastic fibre formation / extracellular matrix structural constituent / Molecules associated with elastic fibres / cell adhesion mediated by integrin / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / lung alveolus development / negative regulation of osteoclast differentiation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / basement membrane / anatomical structure morphogenesis / Integrin cell surface interactions / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix / skeletal system development / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / integrin binding / heparin binding / heart development / : / gene expression / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fibrillin 1, unique N-terminal domain / : / : / Fibrillin 1 unique N-terminal domain / Fibrillin, first EGF domain / TB domain / Extracellular Matrix Fibrillin / TGF-beta binding (TB) domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain superfamily ...Fibrillin 1, unique N-terminal domain / : / : / Fibrillin 1 unique N-terminal domain / Fibrillin, first EGF domain / TB domain / Extracellular Matrix Fibrillin / TGF-beta binding (TB) domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain superfamily / TGF-beta binding (TB) domain profile. / EGF domain / EGF domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lee, S.S.J. / Knott, V. / Harlos, K. / Handford, P.A. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Structure of the Integrin Binding Fragment from Fibrillin-1 Gives New Insights Into Microfibril Organization
著者: Lee, S.S.J. / Knott, V. / Jovanovi, J. / Harlos, K. / Grimes, J. / Choulier, L. / Mardon, H. / Stuart, D.I. / Handford, P.A.
履歴
登録2004年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBRILLIN-1
B: FIBRILLIN-1
C: FIBRILLIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2389
ポリマ－51,9973
非ポリマー2406
水3,873215
1
A: FIBRILLIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4133
ポリマ－17,3321
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: FIBRILLIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4133
ポリマ－17,3321
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: FIBRILLIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4133
ポリマ－17,3321
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.100, 105.600, 65.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FIBRILLIN-1


分子量: 17332.436 Da / 分子数: 3 / 断片: BEGF22-TB4-CBEGF23, RESIDUES 1486-1647 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: EXTRA-ELLULAR MATRIX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P35555
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 5MG/ML PROTEIN IN 10MM MES 10MM CACL2 PH6. DEHYDRATED AGAINST: 15% PEG 8000, 10MM MES PH 6 10MM CACL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月15日 / 詳細: MIRRORS/MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 25753 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.78 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PBD FIBRILLIN I222 FORM

解像度: 2.25→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 1240 4.6 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.247 25736 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å2-2.9 Å2
2--7.7 Å20 Å2
3----8.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3585 0 6 215 3806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.54
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.85
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.15
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.28
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.28 Å / Total num. of bins used: 24 /
Rfactor反射数
Rfree0.329 40
Rwork0.288 969

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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