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- PDB-6btd: Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Bacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6btd
タイトルCrystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Bacillus Thuringiensis involved in dispatching the ubiquitous radical SAM enzyme byproduct 5-deoxyribose
要素Fuculose phosphate aldolase
キーワードLYASE / 5-deoxyribose / radical SAM enzyme byproduct / aldolase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity
類似検索 - 分子機能
L-fuculose-1-phosphate Aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Fuculose phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.551 Å
データ登録者Li, Q. / Bruner, S.D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Salvage of the 5-deoxyribose byproduct of radical SAM enzymes.
著者: Beaudoin, G.A.W. / Li, Q. / Folz, J. / Fiehn, O. / Goodsell, J.L. / Angerhofer, A. / Bruner, S.D. / Hanson, A.D.
履歴
登録2017年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0943
ポリマ－24,9431
非ポリマー1512
水3,675204
1
A: Fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,37712
ポリマ－99,7734
非ポリマー6048
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.724, 103.724, 48.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Fuculose phosphate aldolase


分子量: 24943.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: BK775_23715, CCZ40_07290 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A231I520, L-fuculose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM NaCl, 25 % (v/v) PEG-3350, 100 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→35.55 Å / Num. obs: 39118 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 28.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06302 / Rrim(I) all: 0.06417 / Net I/σ(I): 41.73
反射 シェル解像度: 1.551→1.606 Å / 冗長度: 28.3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 7.37 / Num. unique obs: 3800 / CC1/2: 0.973 / Rrim(I) all: 0.06417 / % possible all: 99.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C24

4c24


解像度: 1.551→35.547 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1811 1941 4.96 %
Rwork0.1646 --
obs0.1655 39117 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.551→35.547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1584 0 6 204 1794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d12199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.292609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5511-1.58990.22731110.18452613X-RAY DIFFRACTION99
1.5899-1.63290.19221310.17222625X-RAY DIFFRACTION100
1.6329-1.68090.17941270.16852621X-RAY DIFFRACTION100
1.6809-1.73520.20851420.16832615X-RAY DIFFRACTION100
1.7352-1.79720.18241350.16552605X-RAY DIFFRACTION100
1.7972-1.86910.16371530.16162607X-RAY DIFFRACTION100
1.8691-1.95420.20131420.15682646X-RAY DIFFRACTION100
1.9542-2.05720.17891660.15652571X-RAY DIFFRACTION100
2.0572-2.18610.17451180.15622669X-RAY DIFFRACTION100
2.1861-2.35490.19241280.16032674X-RAY DIFFRACTION100
2.3549-2.59180.16081230.15972694X-RAY DIFFRACTION100
2.5918-2.96670.18661290.16872685X-RAY DIFFRACTION100
2.9667-3.7370.16651520.16072715X-RAY DIFFRACTION100
3.737-35.55590.18511840.17272836X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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