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- PDB-6btc: SCCmec type IV LP1413 - nucleic acids binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6btc
タイトルSCCmec type IV LP1413 - nucleic acids binding protein
要素LP1413 - SCCmec type IV-encoded DNA binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Domain of uncharacterized function (DUF1413)
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.17740739208 Å
データ登録者Rice, P.A. / Mir-Sanchis, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM121655 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of an Unusual Single-Stranded DNA-Binding Protein Encoded by Staphylococcal Cassette Chromosome Elements.
著者: Mir-Sanchis, I. / Pigli, Y.Z. / Rice, P.A.
履歴
登録2017年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LP1413 - SCCmec type IV-encoded DNA binding protein
B: LP1413 - SCCmec type IV-encoded DNA binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9652
ポリマ－21,9652
非ポリマー00
水2,108117
1
A: LP1413 - SCCmec type IV-encoded DNA binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9821
ポリマ－10,9821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LP1413 - SCCmec type IV-encoded DNA binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9821
ポリマ－10,9821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.033, 97.033, 127.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-157-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LP1413 - SCCmec type IV-encoded DNA binding protein


分子量: 10982.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: CEJ93_14580, R114_18, R15_21, R17_21, R92_18, R95_21, R99_21
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0WXP5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM NaCitrate, pH6, 10mM MgCl2-1.8M Li2SO4-14% Glycerol-5mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.177→48.5165 Å / Num. obs: 18476 / % possible obs: 96.823 % / 冗長度: 27.9 % / Biso Wilson estimate: 29.6711641615 Å2 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.1774→2.2363 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
REFMAC1.12_2829精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.17740739208→48.5165 Å / SU ML: 0.267310965461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.221462839837 / 位相誤差: 24.9491275769
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251193461653 1850 10.0129898246 %
Rwork0.220223362636 --
obs0.223309918529 18476 96.054068105 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.0356877907 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17740739208→48.5165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1343 0 0 117 1460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005903159767741374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6613124188141845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429883280926192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00420236083358232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.31524705713823
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1774-2.23630.396548561735940.303128133267828X-RAY DIFFRACTION64.0277777778
2.2363-2.30210.324209825251400.2910258327311234X-RAY DIFFRACTION95.020746888
2.3021-2.37640.307958746461350.269098276161256X-RAY DIFFRACTION96.3963963964
2.3764-2.46130.3061363027821400.2544058314921261X-RAY DIFFRACTION96.955017301
2.4613-2.55990.260202955491430.2653144031631287X-RAY DIFFRACTION98.3493810179
2.5599-2.67640.2945042255881440.2455261411091288X-RAY DIFFRACTION98.4869325997
2.6764-2.81740.2616117549181450.2628490542471301X-RAY DIFFRACTION99.381443299
2.8174-2.99390.2833248289371460.2454579643261311X-RAY DIFFRACTION99.7262149213
2.9939-3.22510.2857846445511490.2313230981731334X-RAY DIFFRACTION99.9326145553
3.2251-3.54950.2243496439861470.2007241973031325X-RAY DIFFRACTION99.9321113374
3.5495-4.06290.2019115647431500.1745836197161351X-RAY DIFFRACTION99.9334221039
4.0629-5.1180.1852211966691520.1633436754091375X-RAY DIFFRACTION99.6086105675
5.118-48.52850.2623569059341650.233005974611475X-RAY DIFFRACTION99.8781973203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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