PDB-6bs9: Stage III sporulation protein AB (SpoIIIAB)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bs9

タイトル

Stage III sporulation protein AB (SpoIIIAB)

要素

Stage III sporulation protein AB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Secretion system / Sporulation

機能・相同性

Stage III sporulation protein AB / Stage III sporulation protein AB (spore_III_AB) / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Stage III sporulation protein AB

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Strynadka, N.C.J. / Zeytuni, N. / Camp, A.H. / Flanagan, K.A.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of SpoIIIAB sporulation-essential protein in Bacillus subtilis.
著者: Zeytuni, N. / Flanagan, K.A. / Worrall, L.J. / Massoni, S.C. / Camp, A.H. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bs9.cif.gz	210.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bs9.ent.gz	168.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bs9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bs9_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bs9_full_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示
XML形式データ	6bs9_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	6bs9_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/6bs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/6bs9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4y0c-2 3wsr-1 3qzo-4 5dre-d 3q8y-3 2k54-d 3ogj-6 4qns-1 5ce7-d 5hfc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Stage III sporulation protein AB

B: Stage III sporulation protein AB

C: Stage III sporulation protein AB

D: Stage III sporulation protein AB

ヘテロ分子

59.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Stage III sporulation protein AB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Stage III sporulation protein AB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Stage III sporulation protein AB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Stage III sporulation protein AB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.540, 82.000, 84.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-337- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	GLN	GLN	A	A	23 - 148	1 - 126
2	1	GLY	GLY	GLN	GLN	B	B	23 - 148	1 - 126
1	2	MET	MET	ALA	ALA	A	A	26 - 147	4 - 125
2	2	MET	MET	ALA	ALA	C	C	26 - 147	4 - 125
1	3	GLY	GLY	GLN	GLN	A	A	23 - 148	1 - 126
2	3	GLY	GLY	GLN	GLN	D	D	23 - 148	1 - 126
1	4	MET	MET	ALA	ALA	B	B	26 - 147	4 - 125
2	4	MET	MET	ALA	ALA	C	C	26 - 147	4 - 125
1	5	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	23 - 149	1 - 127
2	5	GLY	GLY	ALA	ALA	D	D	23 - 149	1 - 127
1	6	MET	MET	ALA	ALA	C	C	26 - 147	4 - 125
2	6	MET	MET	ALA	ALA	D	D	26 - 147	4 - 125

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Stage III sporulation protein AB 分子量: 14631.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: spoIIIAB, BSU24420 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q01368
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.15 M potassium phosphate and 3.3 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.541 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→82 Å / Num. obs: 23068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 1.445 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.32-2.36	7.3	0.602	1110	0.747	0.221	0.644	0.865	98.1
2.36-2.4	9.1	0.746	1142	0.824	0.248	0.788	0.864	99.6
2.4-2.45	10.6	0.663	1115	0.902	0.205	0.695	0.909	99.9
2.45-2.5	11.9	0.691	1152	0.901	0.204	0.721	0.924	100
2.5-2.55	12.9	0.626	1114	0.921	0.177	0.651	0.913	100
2.55-2.61	13.6	0.56	1134	0.937	0.156	0.582	0.919	100
2.61-2.68	14.1	0.508	1150	0.948	0.139	0.527	0.997	100
2.68-2.75	14.3	0.465	1135	0.953	0.127	0.482	0.996	100
2.75-2.83	14.3	0.368	1140	0.971	0.1	0.382	1.063	100
2.83-2.92	14.3	0.284	1143	0.984	0.077	0.294	1.114	100
2.92-3.03	14.4	0.243	1149	0.989	0.066	0.252	1.233	100
3.03-3.15	14.4	0.202	1143	0.991	0.055	0.209	1.283	100
3.15-3.29	14.3	0.167	1153	0.995	0.046	0.173	1.423	100
3.29-3.47	14.3	0.149	1144	0.996	0.041	0.154	1.552	100
3.47-3.68	13	0.139	1168	0.995	0.04	0.145	2.349	100
3.68-3.97	13.2	0.109	1149	0.997	0.031	0.114	2.722	100
3.97-4.37	14.1	0.079	1171	0.998	0.022	0.082	1.961	100
4.37-5	14.2	0.067	1185	0.998	0.018	0.07	1.907	100
5-6.29	14	0.076	1197	0.999	0.021	0.079	1.576	100
6.29-50	12.6	0.063	1274	0.999	0.018	0.065	2.618	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.32→82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 17.803 / SU ML: 0.207 / SU R Cruickshank DPI: 0.4357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.266
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2584	1072	4.7 %	RANDOM
R_work	0.2069	-	-	-
obs	0.2093	21942	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.63 Å² / B_iso mean: 46.069 Å² / B_iso min: 26.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.2 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.32→82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4009	0	40	114	4163
B_iso mean	-	-	68.68	42.96	-
残基数	-	-	-	-	507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.898	1.954	5548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.012	3	9134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.749	5	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.684	25.206	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.275	15	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.43	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4604
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	923

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14852	0.11
1	2	B	14852	0.11
2	1	A	14054	0.12
2	2	C	14054	0.12
3	1	A	14200	0.14
3	2	D	14200	0.14
4	1	B	14012	0.13
4	2	C	14012	0.13
5	1	B	14180	0.14
5	2	D	14180	0.14
6	1	C	14450	0.11
6	2	D	14450	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.321→2.381 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	66	-
R_work	0.268	1543	-
all	-	1609	-
obs	-	-	96.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2703	-0.1153	-0.4405	1.6961	0.0173	0.7407	0.0098	-0.0703	0.023	-0.0568	0.0205	-0.0369	-0.011	0.0906	-0.0302	0.0284	0.0116	0.0102	0.1335	-0.0202	0.0085	19.264	-18.5821	-2.1379
2	0.3241	0.0065	-0.5078	0.7531	0.0962	0.8249	-0.0025	-0.0811	0.008	0.0449	0.0265	0.0496	-0.0008	0.1718	-0.0239	0.0232	0.0171	0.0146	0.1474	-0.0224	0.0188	37.497	-22.944	-23.2564
3	1.3694	0.0453	-0.5606	1.9431	0.1233	0.249	-0.0365	0.082	0.0475	-0.1009	0.0662	-0.0281	0.0087	-0.0611	-0.0297	0.0191	-0.0133	0.0056	0.122	0.0235	0.0098	4.0456	-26.3232	-16.4852
4	0.121	-0.1949	-0.1953	1.2288	-0.3748	1.2513	-0.005	0.0851	-0.0086	0.0611	0.0393	0.0798	-0.0455	-0.104	-0.0344	0.033	-0.0051	0.0221	0.157	0.0064	0.0166	21.2852	-14.8851	-36.2999

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 152
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	23 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	26 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	23 - 149

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関連情報:EMDBヘッダ

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