PDB-6brm: The crystal structure of isothiocyanate hydrolase from Delia radi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6brm

タイトル

The crystal structure of isothiocyanate hydrolase from Delia radicum gut bacteria

要素

Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

キーワード

HYDROLASE / isothiocyanate hydrolase / ITC / SaxA / Drgb3_SaxA

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pectobacterium carotovorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Tan, K. / van den Bosch, T. / Joachimiak, A. / Welte, C.

資金援助

米国,

オランダ, 3件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094585, GM115586	米国
Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek	SIAM Gravitation Grant 024.002.002	オランダ

引用

ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Functional Profiling and Crystal Structures of Isothiocyanate Hydrolases Found in Gut-Associated and Plant-Pathogenic Bacteria.
著者: van den Bosch, T.J.M. / Tan, K. / Joachimiak, A. / Welte, C.U.

履歴

登録	2017年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6brm.cif.gz	407.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6brm.ent.gz	331.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6brm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6brm_validation.pdf.gz	508 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6brm_full_validation.pdf.gz	522.2 KB	表示
XML形式データ	6brm_validation.xml.gz	66.8 KB	表示
CIF形式データ	6brm_validation.cif.gz	90.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6brm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6brm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rpcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tdx-2 3wwp-1 1dwq-d 3bgi-d 3w9b-2 1dwo-d 5tdx-1 6aq6-d 3t7n-d 6uvq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

B: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

C: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

D: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

E: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

F: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

G: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

H: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

ヘテロ分子

243 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

B: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
60.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

D: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

F: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

H: Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	179.163, 79.526, 90.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative metal-dependent isothiocyanate hydrolase SaxA 分子量: 30203.500 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum (バクテリア) プラスミド: pASK-IBA3plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0N7FW12
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M HEPES:NaOH, 10% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月8日 / 詳細: Mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.657
1	1	-h,-k,l	2	0.343

反射

解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 81359 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 43.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.882 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 3647 / CC_1/2: 0.786 / R_pim(I) all: 0.471 / R_rim(I) all: 0.867 / Χ²: 0.619 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RPC

3rpc

解像度: 2.55→49.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 10.033 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24335	4076	5 %	RANDOM
R_work	0.20558	-	-	-
obs	0.20749	77269	97.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.479 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.11 Å²	-0 Å²	8.03 Å²
2-	-	76.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-57.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.55→49.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16322	0	28	42	16392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	16688
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	15615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.865	1.981	22824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.875	3	36223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.994	5	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.081	24.878	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.77	15	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.879	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	18429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.39	5.88	8342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.39	5.88	8343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.357	8.815	10418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.356	8.816	10411
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.085	5.877	8346
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.084	5.876	8339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.914	8.754	12495
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.627	67.894	17602
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.627	67.897	17603
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.415	239	-
R_work	0.345	4945	-
obs	-	-	84.87 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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