PDB-6brg: The SAM domain of mouse SAMHD1 is critical for its activation and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6brg

タイトル

The SAM domain of mouse SAMHD1 is critical for its activation and regulation

要素

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

キーワード

HYDROLASE / dNTPase / Allosteric Regulation / Binding Sites / Mouse / Models / Molecular / Protein Conformation / Protein Multimerization

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / triphosphoric monoester hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Buzovetsky, O. / Tang, C. / Knecht, K.M. / Antonucci, J.M. / Wu, L. / Ji, X. / Xiong, Y.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The SAM domain of mouse SAMHD1 is critical for its activation and regulation.
著者: Buzovetsky, O. / Tang, C. / Knecht, K.M. / Antonucci, J.M. / Wu, L. / Ji, X. / Xiong, Y.

履歴

登録	2017年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6brg.cif.gz	844.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6brg.ent.gz	703.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6brg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6brg_validation.pdf.gz	473.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6brg_full_validation.pdf.gz	490.5 KB	表示
XML形式データ	6brg_validation.xml.gz	65.6 KB	表示
CIF形式データ	6brg_validation.cif.gz	89.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6brg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6brg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6brhC 6brkC 5ajaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6brk-d 3ivp-d 6hon-d 5mir-1 5zl9-d 6brh-1 5vt3-d 4e70-d 5usx-d 5u63-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

310 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
77.6 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.6 kDa, 1 ポリマー
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4

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.6 kDa, 1 ポリマー
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5

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 2 ポリマー
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6

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	164.582, 109.919, 162.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.78, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 72 - 624 / Label seq-ID: 86 - 638

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 分子量: 77546.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Samhd1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8WJE0, UniProt: Q60710*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.4 / 詳細: 100 mM SPG (Qiagen) buffer, pH 7.4, 25% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 34596 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 3.5→3.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5AJA

5aja

解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.89 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 100.187 / SU ML: 0.663 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.706

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27769	1725	5 %	RANDOM
R_work	0.24351	-	-	-
obs	0.24528	32885	98.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.157 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.06 Å²	0 Å²	2.3 Å²
2-	-	-5.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16514	0	4	53	16571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	16878
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.164	1.956	22689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.33	5	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.647	23.531	875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.415	15	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.615	15	139
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	12787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.525	4.847	7976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.295	7.26	9928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.281	5.216	8902
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.955	46.009	71111
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	1338	0.04
1	2	B	1338	0.04
2	1	A	1348	0.04
2	2	C	1348	0.04
3	1	A	1352	0.03
3	2	D	1352	0.03
4	1	B	1354	0.04
4	2	C	1354	0.04
5	1	B	1340	0.04
5	2	D	1340	0.04
6	1	C	1356	0.04
6	2	D	1356	0.04

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.588 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	124	-
R_work	0.321	2352	-
obs	-	-	98.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.1597	-0.9946	0.6403	11.4192	0.8567	4.0819	0.2453	0.7401	-0.6664	-0.4737	-0.1121	0.1592	0.7667	0.2921	-0.1332	0.709	0.0169	0.0876	0.2181	-0.1077	0.0887	31.3551	-21.9875	15.3474
2	2.878	-0.3031	-1.2434	2.2134	0.9376	4.6237	0.0155	-0.7021	0.0388	0.3526	-0.0279	-0.5587	0.126	0.6061	0.0124	0.1325	0.0216	-0.0735	0.23	0.0468	0.1594	35.3776	-3.9947	53.5758
3	8.0664	-0.2389	-3.7176	4.2327	-0.4202	7.4372	-0.0164	-0.0036	0.0926	0.2369	-0.0546	0.2094	-0.1734	-0.6798	0.0709	0.5787	-0.0511	-0.0721	0.4768	-0.2073	0.2745	8.3867	26.4746	80.596
4	1.9182	0.4777	-0.2791	3.163	1.1386	3.1675	-0.0231	0.0136	0.5839	-0.3038	-0.0181	0.3034	-0.2048	-0.4835	0.0412	0.0474	0.049	-0.0506	0.1535	-0.0574	0.2328	5.7735	9.7914	42.1029
5	6.7538	-0.7778	-1.7976	11.237	2.5638	7.5303	0.1348	-0.0621	1.0898	-0.0016	0.0878	0.4018	-0.7379	-0.4173	-0.2226	0.3789	0.3018	0.0023	0.3779	-0.139	1.0937	18.173	66.3898	40.4321
6	4.884	-0.6764	-0.3588	2.7612	0.3272	1.4319	-0.2285	-0.8704	0.1711	0.6387	-0.0009	0.1814	0.0371	0.1502	0.2294	0.1893	0.0402	-0.0214	0.1913	-0.0653	0.1291	50.383	39.1394	43.256
7	8.336	-0.7169	-1.443	9.6122	1.9215	12.5906	0.7502	1.0775	-0.7445	-0.2547	-0.4451	-0.6195	1.0849	1.1881	-0.3051	0.5116	0.3457	-0.0181	0.434	-0.0547	0.5415	69.547	3.7077	15.8348
8	2.5663	-0.9032	-0.1069	3.9659	0.3256	1.8015	-0.2522	0.3843	0.0906	-0.4932	0.1978	0.6904	0.1368	-0.2536	0.0544	0.1577	-0.1129	-0.1205	0.1275	0.0799	0.1468	36.3156	30.1481	12.986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	72 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	147 - 496
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	800
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	911
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	497 - 624
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	72 - 146
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	147 - 496
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	800
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	904
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	497 - 624
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	72 - 146
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	147 - 496
13	X-RAY DIFFRACTION	6	C	800
14	X-RAY DIFFRACTION	6	C	906
15	X-RAY DIFFRACTION	6	C	497 - 624
16	X-RAY DIFFRACTION	7	D	72 - 146
17	X-RAY DIFFRACTION	8	D	147 - 496
18	X-RAY DIFFRACTION	8	B	800
19	X-RAY DIFFRACTION	8	B	909
20	X-RAY DIFFRACTION	8	D	497 - 624

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