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万見
- PDB-6br9: Structure of A6 reveals a novel lipid transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6br9
タイトルStructure of A6 reveals a novel lipid transporter
要素Protein A6 homolog
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / poxvirus / A6 / lipid binding / membrane biogenesis
機能・相同性Poxvirus A6 / Poxvirus A6 protein / virion component / Chem-6OU / Chem-PGV / Protein A6 homolog
機能・相同性情報
生物種Fowlpox virus (鶏痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Deng, J. / Peng, S. / Pathak, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI 133589 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure of a lipid-bound viral membrane assembly protein reveals a modality for enclosing the lipid bilayer.
著者: Pathak, P.K. / Peng, S. / Meng, X. / Han, Y. / Zhang, B. / Zhang, F. / Xiang, Y. / Deng, J.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein A6 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3536
ポリマ－41,7321
非ポリマー3,6215
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.699, 74.151, 143.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-547-

HOH

21A-549-

HOH

31A-551-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein A6 homolog


分子量: 41731.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fowlpox virus (strain NVSL) (ウイルス)
株: NVSL / 遺伝子: FPV170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9J563
#2: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細Some of the atoms in 6OU and PGV are disordered. Hence they have been modeled with zero occupancy

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium thiocyanate, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 89447 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.759 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→37.53 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1517 10 %
Rwork0.216 --
obs0.221 15169 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1917 0 247 51 2215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092187
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.0661368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1931-2.26390.31991200.28451084X-RAY DIFFRACTION91
2.2639-2.34480.31921350.25021214X-RAY DIFFRACTION98
2.3448-2.43870.29631390.2411252X-RAY DIFFRACTION100
2.4387-2.54960.2911380.22121234X-RAY DIFFRACTION100
2.5496-2.6840.28981370.23021234X-RAY DIFFRACTION100
2.684-2.85210.26641390.2141253X-RAY DIFFRACTION100
2.8521-3.07230.25921400.21951260X-RAY DIFFRACTION100
3.0723-3.38120.30331380.22561234X-RAY DIFFRACTION100
3.3812-3.87010.26561400.20771267X-RAY DIFFRACTION100
3.8701-4.87420.27531420.18991272X-RAY DIFFRACTION100
4.8742-37.53070.24311490.22031348X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7011-1.7794-0.38431.63462.92676.94590.95790.05970.3995-0.25630.01830.3754-0.6825-0.4081-1.03441.1628-0.04790.15050.5260.13990.708124.645914.73922.2488
25.518-0.48761.05564.3025-1.42373.20990.022-2.3118-0.07110.60380.8457-0.776-0.4177-0.0823-0.37430.7452-0.11050.2230.8007-0.22960.424232.458413.915632.6692
34.2018-1.3166-3.38228.2838-0.5388.5767-0.25260.0544-0.874-0.0083-0.12241.36830.4933-1.33480.4820.5896-0.15960.00440.37410.03670.594624.64864.803412.4155
45.72980.99520.08423.2714-0.21471.22430.26290.2746-1.4350.0383-0.1634-0.51160.40750.6394-0.04160.6012-0.0170.04770.43470.2330.513636.9473-2.140918.1136
57.78583.8679-0.34357.4480.58083.1188-0.159-1.8784-0.55180.58350.0109-1.46690.67590.1031-0.04850.9271-0.1259-0.07191.0048-0.03840.471943.88937.647434.1953
65.4926-0.3153-0.04789.4864-7.86219.3998-0.0793-1.4263-0.27042.4387-0.1742-0.8808-1.8427-0.10330.45090.6887-0.153-0.11650.63220.10540.537749.232914.307525.9863
75.08090.33196.83473.6445-0.80929.3725-0.5420.28951.3531-0.2276-0.00550.2128-0.59570.27740.65530.3247-0.06110.04820.26510.00180.596143.68625.10885.133
85.3607-1.058-2.10843.4871-0.62423.52140.56650.5234-0.78220.84380.0951-1.36160.5312-0.249-0.1240.9161-0.0435-0.31010.254-0.08250.881124.64529.21066.3399
99.1925-2.4961-0.57422.5267-1.41671.426-0.03990.25890.06160.26890.0615-0.0225-0.1822-0.0254-0.02740.3953-0.0125-0.00180.12780.00640.396838.85515.45895.1957
101.30180.145-1.23964.5848-1.55325.33590.0938-0.1936-0.46640.1506-0.0704-0.66370.36970.4135-0.1760.39760.0552-0.03340.32670.12790.531948.86753.445911.441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 127 THROUGH 145 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 146 THROUGH 176 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 177 THROUGH 195 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 196 THROUGH 225 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 226 THROUGH 255 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 256 THROUGH 276 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 277 THROUGH 294 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 295 THROUGH 307 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 308 THROUGH 347 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 348 THROUGH 374 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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