PDB-3l0z: Crystal structure of a putative Nicotinate-nucleotide-dimethylben...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l0z

タイトル

Crystal structure of a putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

要素

putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / putative nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / CobT / MCSG / PSI / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Nocek, B. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
著者: Nocek, B. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l0z.cif.gz	202.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l0z.ent.gz	166.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7l9i-2 3gka-1 4w88-1 3uzz-1 6d36-2 6hf4-d 4im4-2 6pz7-d 7d17-d 6d3a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc63339

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: apc63339

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

B: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

C: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

115 kDa, 3 ポリマー
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1

A: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

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38.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
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4

A: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

A: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.6 kDa, 2 ポリマー
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5

B: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

C: putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	119.305, 119.305, 170.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

likely monomer

#1: タンパク質	putative Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / UPF0284 protein MJ1598 分子量: 38129.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ1598 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q58993
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Acetate, 0.8 M NaH2PO4/1.2 K2HPO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→40 Å / Num. all: 41130 / Num. obs: 41047 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 75 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 35
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2003 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
直接法		モデル構築
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
Coot		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 24.435 / SU ML: 0.237 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26175	2061	5 %	RANDOM
R_work	0.20219	-	-	-
all	0.205	40990	-	-
obs	0.20515	38929	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.138 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.66 Å²	1.33 Å²	0 Å²
2-	-	2.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7612	0	35	9	7656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	7752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.996	10511
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.973	3	12714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.749	5	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.744	25.746	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.799	15	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.221	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.724	1.5	5083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.127	1.5	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.361	2	8177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.021	3	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.337	4.5	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	129	-
R_work	0.243	2676	-
obs	-	-	93.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	18.1815	-1.427	0.7827	0.6237	-1.8267	6.1785	-0.0442	-0.2087	-0.47	-0.1108	0.0405	-0.0134	0.3874	-0.2362	0.0037	0.4354	0.0163	-0.0044	0.4135	0.0526	0.465	-34.5961	81.9658	3.2428
2	9.4277	2.0754	2.9892	6.6699	-3.1791	3.3383	-0.149	0.6766	-0.2941	-0.0039	0.0284	-0.2914	-0.0464	0.3585	0.1206	0.3721	0.0208	0.0294	0.4067	0.0318	0.383	-33.927	78.1258	13.037
3	1.7378	0.3137	0.1673	2.6506	-1.2379	2.3504	-0.0519	0.124	0.2404	-0.2266	-0.0515	-0.0241	-0.1706	-0.0028	0.1033	0.2161	-0.0248	-0.0179	0.2656	-0.0248	0.1689	-50.6872	99.7649	13.0219
4	1.1304	0.1812	0.0821	2.466	-2.0414	2.7415	-0.1255	0.0609	0.0003	-0.1082	0.0582	0.2904	0.0192	-0.2385	0.0673	0.2301	0.0099	-0.0598	0.2478	-0.0098	0.1803	-60.782	95.8721	13.5731
5	6.2541	5.7085	-1.8649	10.4423	-3.8088	6.6663	-0.1663	0.6094	-0.2646	0.0779	0.1298	-0.5371	0.6775	-0.6837	0.0366	0.3232	0.0194	-0.0975	0.3585	0.0632	0.3654	-64.3707	95.1145	6.6916
6	1.0576	-0.1956	-0.1785	0.6719	0.1103	1.8064	-0.0318	0.07	-0.0234	-0.0262	-0.074	0.1083	-0.0665	-0.099	0.1057	0.2056	-0.0146	-0.0275	0.2392	-0.0011	0.1584	-55.3381	89.7796	15.3621
7	1.49	0.5242	-0.6675	1.5646	-0.9024	2.2983	-0.1517	-0.022	0.4338	0.13	0.0068	-0.0897	-0.4032	0.0242	0.1449	0.3082	-0.0098	-0.0666	0.2718	-0.0367	0.2722	-44.9006	105.5875	23.748
8	4.4971	-2.6526	1.843	3.0126	-0.5882	5.9385	-0.0976	-0.0404	-0.0328	0.0757	-0.057	-0.1856	0.3158	0.4315	0.1546	0.1939	-0.0461	0.0061	0.2383	0.0117	0.2215	-43.1202	86.4034	22.7715
9	6.0805	0.1028	-2.8519	0.9022	0.3602	1.7108	-0.088	0.3056	0.2212	-0.2293	0.0583	-0.1398	-0.2359	-0.0182	0.0297	0.3707	-0.0401	-0.0613	0.2646	0.0841	0.3213	-40.7388	105.317	9.7057
10	2.9341	-1.2949	1.4817	1.4649	0.6729	2.7312	0.1288	0.3281	0.3383	-0.4556	-0.1457	-0.254	-0.4813	0.1339	0.0168	0.3939	-0.065	-0.0145	0.3159	0.1242	0.3185	-40.8588	109.3225	2.6116
11	5.3283	0.3616	-0.4524	8.5051	-3.3761	8.9017	0.1055	0.1177	0.3685	-0.4576	-0.2267	-0.645	-0.086	1.0855	0.1213	0.3824	-0.1539	-0.0359	0.4337	0.0322	0.4968	-31.6589	113.3891	17.7675
12	0.5033	-0.1672	0.272	1.1209	-0.1867	0.1729	-0.1254	-0.0307	0.2244	-0.0525	-0.0302	-0.2731	-0.0971	0.0508	0.1556	0.3123	-0.0574	-0.047	0.2808	0.0174	0.2598	-40.1652	102.0155	19.8673
13	1.4276	-0.8115	1.7662	4.0888	-2.741	4.112	-0.154	-0.0574	0.1948	0.0363	0.0285	-0.2398	-0.065	0.0561	0.1255	0.222	0.0225	-0.017	0.2823	0.0063	0.2283	-37.6775	88.6616	18.5363
14	0.2626	0.9621	0.1218	3.8496	2.0064	8.0917	0.0001	-0.043	-0.0751	-0.005	-0.0344	-0.3166	0.2119	0.7194	0.0342	0.2777	-0.0321	-0.0109	0.3309	0.0386	0.2663	-32.3278	98.2777	16.5407
15	1.8734	1.091	-1.1571	2.1357	0.0036	1.0318	-0.0374	-0.0307	0.0185	-0.1421	0.1142	-0.1709	-0.0305	0.1446	-0.0768	0.2575	-0.032	-0.0127	0.4025	0.0664	0.3056	-35.4761	91.9783	6.171
16	2.9564	0.6152	1.3023	2.6452	0.4315	2.596	0.0422	0.3949	-0.1986	-0.3896	0.0818	0.086	0.0529	0.1242	-0.124	0.3053	0.0035	0.0293	0.2887	0.0505	0.1615	-44.6957	86.6575	-0.1962
17	2.6432	-0.1878	-1.9154	0.2078	-0.7821	6.0053	0.1582	0.2729	0.4352	-0.0444	-0.0312	-0.0143	-0.1198	-0.2039	-0.1271	0.3998	-0.0258	-0.0728	0.3452	0.0552	0.3602	-49.8161	92.3525	0.792
18	3.4995	-1.4789	-0.3685	5.114	-3.9226	7.7704	0.1082	-0.0546	-0.2812	-0.3392	-0.2118	-0.0577	0.6049	-0.0492	0.1036	0.228	-0.0012	0.005	0.2032	-0.0005	0.1898	-45.2874	77.8374	8.1567
19	8.2256	-0.8625	-1.775	0.7213	2.7719	11.0464	0.1687	0.2276	-0.0313	0.0616	-0.0903	-0.0057	0.4899	-0.3347	-0.0784	0.648	-0.0091	-0.1369	0.1878	-0.0664	0.1775	-55.0645	77.9231	1.9848
20	29.7164	5.9866	-4.715	8.0332	6.2674	8.4274	0.0424	0.0995	0.4568	0.081	-0.412	0.5527	0.2393	-0.433	0.3696	0.589	0.0851	-0.1308	0.2936	-0.034	0.3444	-62.7672	81.2173	3.0076
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	334 - 339
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	340 - 345
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 11
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	12 - 21
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	22 - 70
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	71 - 108
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	109 - 139
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	140 - 150
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	151 - 165
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	166 - 171
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	172 - 185
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	186 - 191
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	192 - 201
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	202 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 238
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	239 - 272
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	273 - 279
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	280 - 296
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	297 - 305
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	306 - 310
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	311 - 342
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	343 - 346
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	1 - 9
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	10 - 32
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	33 - 38
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	39 - 106
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	107 - 165
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	166 - 171
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	172 - 185
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	186 - 192
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	193 - 201
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	202 - 207
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	208 - 248
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	249 - 254
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	255 - 260
54	X-RAY DIFFRACTION	54	C	261 - 272
55	X-RAY DIFFRACTION	55	C	273 - 279
56	X-RAY DIFFRACTION	56	C	280 - 298
57	X-RAY DIFFRACTION	57	C	299 - 305
58	X-RAY DIFFRACTION	58	C	306 - 311
59	X-RAY DIFFRACTION	59	C	312 - 338
60	X-RAY DIFFRACTION	60	C	339 - 344

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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