PDB-6br8: Structure of A6 reveals a novel lipid transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6br8

タイトル

Structure of A6 reveals a novel lipid transporter

要素

Protein A6 homolog

キーワード

VIRAL PROTEIN / poxvirus / A6 / lipid binding / membrane biogenesis

機能・相同性

Poxvirus A6 / Poxvirus A6 protein / virion component / Chem-6OU / Chem-PGV / Protein A6 homolog

機能・相同性情報

生物種

Fowlpox virus (鶏痘ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Deng, J. / Peng, S. / Pathak, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure of a lipid-bound viral membrane assembly protein reveals a modality for enclosing the lipid bilayer.
著者: Pathak, P.K. / Peng, S. / Meng, X. / Han, Y. / Zhang, B. / Zhang, F. / Xiang, Y. / Deng, J.

履歴

登録	2017年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6br8.cif.gz	228.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6br8.ent.gz	197.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6br8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6br8_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6br8_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	6br8_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	6br8_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6br8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6br8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6br9C 6cb6C 6cb7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1iby-1 6q78-2 1jlv-3 6mq4-d 4okh-2 2i7a-1 4iel-1 6cul-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein A6 homolog

B: Protein A6 homolog

ヘテロ分子

66.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein A6 homolog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein A6 homolog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.909, 75.163, 148.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein A6 homolog 分子量: 29624.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fowlpox virus (strain NVSL) (ウイルス) 株: NVSL / 遺伝子: FPV170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9J563
#2: 化合物	ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE 分子量: 717.996 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₆NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL, 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL 分子量: 749.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₇₇O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium thiocyanate, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 50967 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.8 % / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2648 / R_sym value: 0.985 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→44.338 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2891	3721	7.32 %
R_work	0.2282	-	-
obs	0.2326	50849	96.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.338 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4086	0	494	38	4618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4633
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.223	6118
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.613	2890
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	672
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	714

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3001-2.3292	0.3511	123	0.3374	1514	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3292-2.3598	0.3738	132	0.3212	1703	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3598-2.3922	0.3134	139	0.3165	1749	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3922-2.4263	0.3476	137	0.302	1703	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4263-2.4626	0.3109	143	0.3014	1766	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4626-2.501	0.3205	137	0.2941	1710	X-RAY DIFFRACTION	96
2.501-2.542	0.3294	134	0.284	1697	X-RAY DIFFRACTION	96
2.542-2.5859	0.3093	139	0.2822	1754	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5859-2.6329	0.3108	137	0.2756	1757	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6329-2.6835	0.3221	130	0.2916	1703	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6835-2.7383	0.3361	131	0.2601	1610	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7383-2.7978	0.3123	135	0.2731	1720	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7978-2.8629	0.2947	140	0.2696	1751	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8629-2.9345	0.3516	139	0.2697	1766	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9345-3.0138	0.3389	142	0.2574	1819	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0138-3.1025	0.3192	140	0.2768	1739	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1025-3.2026	0.3754	139	0.2587	1783	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2026-3.317	0.3446	138	0.2482	1781	X-RAY DIFFRACTION	99
3.317-3.4498	0.2918	140	0.2352	1786	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4498-3.6067	0.3254	138	0.2342	1805	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6067-3.7967	0.2972	145	0.2154	1783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7967-4.0345	0.2818	137	0.2114	1750	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0345-4.3457	0.225	142	0.1871	1785	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3457-4.7826	0.2446	144	0.1832	1809	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7826-5.4736	0.2824	141	0.1982	1833	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4736-6.8919	0.2783	141	0.2402	1799	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8919-44.3463	0.2475	138	0.1864	1753	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7346	-2.4307	-0.2333	6.1954	1.6087	2.8236	0.2764	-0.5099	-0.264	0.6003	-0.5628	0.6354	-0.3762	-0.8238	0.182	0.605	0.0974	0.0571	0.7334	0.0524	0.5098	-41.32	25.5604	-50.557
2	4.2297	0.4775	2.1815	8.9839	1.9477	8.6007	0.324	-0.8308	-0.0973	-0.2305	0.0517	-0.0432	-0.2655	-1.217	-0.0674	0.4695	-0.0386	0.1462	0.7396	0.1593	0.4394	-39.3164	18.9046	-47.78
3	3.7058	1.1565	0.3362	4.8602	0.3046	3.8166	0.3286	-0.6772	-0.1753	0.4481	-0.2288	-0.2012	0.4608	0.2143	-0.1081	0.5205	0.008	0.0125	0.6745	0.1756	0.5383	-28.0433	12.0966	-44.7961
4	3.0628	0.8768	2.1086	2.8663	-2.8124	5.9831	-0.2984	-0.4913	0.2541	0.2943	0.0208	-0.5703	-0.7988	-0.1956	0.5365	0.4855	0.0755	0.0601	0.5192	-0.0456	0.6219	-22.4246	24.5536	-59.0617
5	2.3051	-3.2449	1.1199	8.9947	0.8515	1.6083	0.1968	-0.2468	1.2261	0.4696	0.0414	0.5623	-0.0129	-0.3377	0.2528	0.5413	-0.1015	0.0335	0.7136	0.0897	0.8818	-43.7755	30.2462	-71.7304
6	6.4155	-5.5549	1.2399	4.8018	-0.0748	3.839	0.0658	0.6083	-0.9952	-0.247	-0.0578	0.5634	0.3903	-0.5173	-0.1499	0.4505	-0.0192	-0.0276	0.3321	0.1074	0.6569	-38.5371	17.5094	-70.3024
7	6.6688	-0.3329	-0.353	3.9929	-1.0333	7.6457	-0.0602	-0.6262	-0.3583	0.1635	-0.0856	-0.7207	0.5912	0.5462	0.0891	0.3652	0.1056	-0.0405	0.376	0.0578	0.4819	-19.0838	11.137	-61.0693
8	3.9469	-0.3735	3.3574	5.3765	-5.1642	7.8743	0.2752	-0.2323	0.0549	-0.782	-0.1129	-0.8883	-0.3741	1.0617	-0.089	0.9599	-0.1632	0.167	0.8398	-0.0248	0.5746	12.4574	25.4553	-23.5607
9	3.0952	-0.268	0.355	4.599	-1.4823	3.7621	0.033	0.4167	-0.0359	-0.7053	-0.0037	-0.0482	0.2907	0.3124	0.0134	0.5954	-0.0243	0.1074	0.4878	-0.1042	0.3418	3.744	15.0043	-28.0827
10	3.5603	0.2295	1.4649	2.4022	0.3846	3.3264	-0.1173	-0.0751	0.286	-0.0166	-0.0954	-0.1013	-0.0055	-0.0436	0.1315	0.3327	0.0386	0.061	0.367	0.0133	0.4826	-2.305	18.9977	-10.5825

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 126 through 152 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 153 through 195 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 196 through 255 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 256 through 293 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 294 through 307 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 308 through 332 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 333 through 374 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 126 through 152 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 153 through 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 256 through 374 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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