+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6br8 | ||||||
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Title | Structure of A6 reveals a novel lipid transporter | ||||||
Components | Protein A6 homolog | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / poxvirus / A6 / lipid binding / membrane biogenesis | ||||||
Function / homology | Poxvirus A6 / Poxvirus A6 protein / virion component / Chem-6OU / Chem-PGV / Protein A6 homolog Function and homology information | ||||||
Biological species | Fowlpox virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Deng, J. / Peng, S. / Pathak, P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Structure of a lipid-bound viral membrane assembly protein reveals a modality for enclosing the lipid bilayer. Authors: Pathak, P.K. / Peng, S. / Meng, X. / Han, Y. / Zhang, B. / Zhang, F. / Xiang, Y. / Deng, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6br8.cif.gz | 228.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6br8.ent.gz | 197.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6br8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6br8_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6br8_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | 6br8_validation.xml.gz | 28.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6br8_validation.cif.gz | 35.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6br8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6br8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29624.529 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fowlpox virus (strain NVSL) / Strain: NVSL / Gene: FPV170 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9J563 #2: Chemical | ChemComp-6OU / [( #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2M sodium thiocyanate, 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97935 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 18, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 50967 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 5.8 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 21.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2648 / Rsym value: 0.985 / % possible all: 96.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→44.338 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→44.338 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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