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- PDB-6br4: Crystal structure of Escherichia coli DsbA in complex with {N}-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6br4
タイトルCrystal structure of Escherichia coli DsbA in complex with {N}-methyl-1-(3-thiophen-2-ylphenyl)methanamine
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE / disulphide catalysts / thiol oxidase / virulence factor foldase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-methyl-1-(3-thiophen-2-ylphenyl)methanamine / COPPER (II) ION / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Heras, B. / Totsika, M. / Paxman, J.J. / Wang, G. / Scanlon, M.J. / Martin, J.L.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP150102287 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130100580 オーストラリア
Australian Synchrotron Research Program Fellowship オーストラリア
引用
ジャーナル: Antioxid. Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: Inhibition of Diverse DsbA Enzymes in Multi-DsbA Encoding Pathogens.
著者: Totsika, M. / Vagenas, D. / Paxman, J.J. / Wang, G. / Dhouib, R. / Sharma, P. / Martin, J.L. / Scanlon, M.J. / Heras, B.
#1: ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2015
タイトル: Application of fragment-based screening to the design of inhibitors of Escherichia coli DsbA.
著者: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / ...著者: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / Vazirani, M. / Headey, S.J. / Plumb, B.R. / Martin, J.L. / Heras, B. / Simpson, J.S. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6405
ポリマ－42,3102
非ポリマー3303
水5,242291
1
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3582
ポリマ－21,1551
非ポリマー2031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2823
ポリマ－21,1551
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.224, 63.937, 74.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

21B-431-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物 ChemComp-60L / ~{N}-methyl-1-(3-thiophen-2-ylphenyl)methanamine


分子量: 203.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NS
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM CuCl2, 100 mM sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→52.84 Å / Num. obs: 29804 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.67 % / Biso Wilson estimate: 34.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.261

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→52.84 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 3020 10.13 %
Rwork0.1681 26780 -
obs0.1729 29800 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.02 Å2 / Biso mean: 42.3087 Å2 / Biso min: 18.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→52.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 16 291 3263
Biso mean--67.9 48.39 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8794107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2641809
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.99-2.02110.54971330.4651115124891
2.0211-2.05430.39471250.36561195132096
2.0543-2.08970.33841240.23281194131896
2.0897-2.12770.24061330.19491209134297
2.1277-2.16860.22611430.18431175131897
2.1686-2.21290.23511570.1831190134797
2.2129-2.2610.22851330.17891190132397
2.261-2.31360.2211390.16331223136298
2.3136-2.37140.2061430.15941213135698
2.3714-2.43560.22911350.16651184131998
2.4356-2.50720.26751420.1731219136198
2.5072-2.58820.2461200.17331246136699
2.5882-2.68070.23421340.18221222135698
2.6807-2.7880.24371430.16641234137799
2.788-2.91490.24731250.181227135299
2.9149-3.06850.25221400.17421230137099
3.0685-3.26070.22451440.17031235137999
3.2607-3.51250.18861380.159612401378100
3.5125-3.86580.1751310.139112621393100
3.8658-4.4250.1871560.136812331389100
4.425-5.5740.17131460.154112541400100
5.574-52.85880.18691360.16911290142699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2127-0.47771.19628.62023.77443.26860.0170.54540.0235-1.4636-0.22570.61-0.4386-0.1719-0.00940.71370.0847-0.19840.386-0.06960.379324.6717-12.7935-13.4038
22.37462.4949-0.17943.4471.30673.9514-0.18210.97780.2815-1.32820.1334-0.4646-0.38020.89940.0090.6858-0.25830.14330.7737-0.04120.435937.6652-2.4707-9.7211
31.50141.0970.93974.33220.78072.590.12190.1677-0.1703-0.06040.0307-0.08680.14940.1704-0.15640.2808-0.044-0.02690.2939-0.01860.258430.6119-9.24275.7755
43.1816-0.10420.60780.63680.17512.5529-0.02520.1429-0.12220.01870.02070.00910.05160.0152-0.01530.2688-0.05610.00150.2342-0.03040.249434.0176-3.21915.7074
53.5790.92171.53890.9374-0.08432.6523-0.0065-0.2592-0.01070.1037-0.0060.14250.1036-0.20640.02320.2583-0.06350.00510.2563-0.02530.232630.1125-1.008624.2613
63.74822.523-0.9184.026-0.73514.1513-0.101-0.1518-0.09980.13640.0401-0.49880.08320.70920.02860.2056-0.0022-0.01820.3021-0.02880.247343.7514-0.70123.1381
73.57980.53561.49171.2740.39033.3103-0.34790.6180.1436-0.44830.3352-0.1389-0.63080.83170.04060.3665-0.15010.04440.38050.00670.292941.56523.55.1945
82.3488-0.2233-0.61795.68171.48454.75930.03830.69720.1836-1.04040.1668-0.0687-0.42250.0647-0.17170.4461-0.0852-0.0220.4427-0.02430.293130.604-4.0854-4.6736
93.03845.0563-2.99198.3162-4.62793.7780.1270.48680.151-0.71050.18481.73040.0373-0.9023-0.16430.46240.063-0.16140.3402-0.00520.783817.744-14.2345-2.6616
103.2125-0.028-1.03725.76250.65634.22080.03040.269-0.1676-0.5781-0.05890.36890.12630.1064-0.11610.34010.064-0.1240.3438-0.1160.367727.7691-17.9904-4.2791
112.34551.4742-0.35942.07490.68232.15240.06690.28310.5251-0.44410.27890.3164-1.5143-0.6831-0.1880.76310.19020.17970.43430.06630.60991.57810.055220.1484
121.05150.31860.43892.60652.33174.34770.0798-0.03890.08850.1193-0.09520.207-0.0618-0.3715-0.09310.3083-0.0430.02180.25840.01330.35775.8871-6.607921.8556
136.22530.0712-1.84543.46820.74953.94210.17250.5321-0.0035-0.3226-0.05340.11980.1313-0.4903-0.11280.2545-0.024-0.04510.2643-0.02140.21863.1574-16.441610.9301
144.29871.0315-2.31732.5274-0.51381.80610.0174-0.2708-0.47280.2059-0.1426-0.26140.04680.17940.1350.2929-0.0526-0.00720.3031-0.00150.300510.4107-21.803216.6879
155.20550.18831.77714.0353-0.4895.2361-0.21990.3068-0.5782-0.21660.07520.22750.4181-0.43990.12080.2642-0.10640.02460.4553-0.00640.3239-1.6242-27.137412.1545
162.03272.4019-1.06549.332-1.98222.3986-0.08640.50140.5129-0.49130.33531.2442-0.3391-0.774-0.10920.2960.0738-0.07450.50320.09180.3534-4.4743-9.56758.3141
175.0366-1.98040.49355.16971.61716.11050.49290.24181.0054-0.6398-0.0740.3854-1.676-0.6109-0.39170.60160.10430.13820.34120.07630.51913.2793.306615.7372
183.3189-0.7378-0.85265.9019-4.53384.0706-0.1822-0.1340.0154-0.7281-0.1403-0.837-0.10890.85990.26130.6681-0.06590.32010.3848-0.06240.633715.05556.062126.5212
194.08821.39351.13413.3321-0.07345.91990.4736-0.06960.80710.0201-0.14550.1466-0.4911-0.375-0.22640.4830.01950.21940.2239-0.0410.48475.27664.558129.9144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 11 )A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 21 )A12 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 22 through 65 )A22 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 97 )A66 - 97
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 98 through 114 )A98 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 115 through 128 )A115 - 128
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 129 through 145 )A129 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 146 through 161 )A146 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 162 through 170 )A162 - 170
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 171 through 188 )A171 - 188
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 21 )B1 - 21
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 22 through 65 )B22 - 65
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 66 through 82 )B66 - 82
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 83 through 114 )B83 - 114
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 115 through 128 )B115 - 128
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 129 through 144 )B129 - 144
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 145 through 161 )B145 - 161
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 162 through 170 )B162 - 170
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 171 through 188 )B171 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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