PDB-6bqx: Crystal structure of Escherichia coli DsbA in complex with N-meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bqx

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli DsbA in complex with N-methyl-1-(4-phenoxyphenyl)methanamine

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / disulphide catalysts / thiol oxidase / virulence factor foldase

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.992 Å

データ登録者

Heras, B. / Totsika, M. / Paxman, J.J. / Wang, G. / Scanlon, M.J.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
Australian Research Council (ARC)	DP150102287	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	FT130100580	オーストラリア
Australian Synchrotron Research Program Fellowship		オーストラリア

引用

ジャーナル: Antioxid. Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: Inhibition of Diverse DsbA Enzymes in Multi-DsbA Encoding Pathogens.
著者: Totsika, M. / Vagenas, D. / Paxman, J.J. / Wang, G. / Dhouib, R. / Sharma, P. / Martin, J.L. / Scanlon, M.J. / Heras, B.

履歴

登録	2017年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 0

;THIS ENTRY 1ZET REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 4wf5 , DETERMINED BY ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6bqx.ent.gz	133.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bqx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6bqx_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bqx_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	6bqx_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	6bqx_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bqx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6br4C 4wf5 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qks-2 5ql1-2 5qkd-2 5qkz-2 5qlh-1 5ql9-2 5qo6-2 5qlz-1 5qkl-2 5qmc-2 5qkx-2 5ql5-1 5ql7-2 5qlw-2 5qmw-2 5qkj-2 5qkj-1 5qkn-2 5qlm-2 5qnj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.150, 64.901, 75.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-9AG / N-methyl-1-(4-phenoxyphenyl)methanamine 分子量: 213.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.1 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 4WF5
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM CuCl2, 100 mM sodium cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.953732 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.953732 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 30896 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Χ²: 1.077 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.99-2.02	3.3	0.486	1548	1.126	1	99
2.02-2.06	3.3	0.434	1499	1.105	1	98.9
2.06-2.1	3.4	0.44	1546	1.163	1	99
2.1-2.14	3.4	0.318	1520	1.195	1	98.9
2.14-2.19	3.4	0.252	1545	1.148	1	99.5
2.19-2.24	3.4	0.218	1535	1.061	1	99
2.24-2.3	3.4	0.319	1549	1.195	1	99.4
2.3-2.36	3.4	0.156	1529	1.141	1	99.9
2.36-2.43	3.4	0.134	1557	1.107	1	99.8
2.43-2.51	3.4	0.114	1530	0.972	1	99.9
2.51-2.6	3.4	0.093	1574	0.972	1	99.9
2.6-2.7	3.5	0.091	1551	1.104	1	99.9
2.7-2.82	3.5	0.062	1542	1.014	1	99.9
2.82-2.97	3.5	0.054	1546	1.022	1	100
2.97-3.16	3.5	0.044	1567	1.054	1	100
3.16-3.4	3.5	0.037	1552	1.016	1	99.9
3.4-3.74	3.5	0.033	1561	1.082	1	99.6
3.74-4.29	3.4	0.028	1555	1.011	1	99.2
4.29-5.4	3.4	0.025	1578	1.016	1	99.4
5.4-50	3.2	0.027	1512	1.061	1	93.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.992→30.288 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2443	2701	10 %
R_work	0.1762	-	-
obs	0.1831	27019	86.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.97 Å² / B_iso mean: 45.2274 Å² / B_iso min: 16.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.992→30.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2951	0	16	233	3200
B_iso mean	-	-	78.22	46.79	-
残基数	-	-	-	-	375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3034
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	4102
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	443
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	533
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.225	1802

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.992-2.0282	0.3252	114	0.2476	1172	1286	78
2.0282-2.0672	0.2951	133	0.2312	1182	1315	82
2.0672-2.1094	0.2944	129	0.2578	1268	1397	85
2.1094-2.1553	0.2873	143	0.2279	1228	1371	84
2.1553-2.2054	0.2957	142	0.2075	1226	1368	84
2.2054-2.2605	0.2714	154	0.2159	1240	1394	85
2.2605-2.3216	0.3073	134	0.2281	1243	1377	85
2.3216-2.3899	0.2596	146	0.1949	1260	1406	86
2.3899-2.467	0.2717	133	0.1947	1272	1405	86
2.467-2.5552	0.2811	140	0.1898	1277	1417	86
2.5552-2.6574	0.2844	127	0.1915	1292	1419	87
2.6574-2.7783	0.2426	162	0.1871	1284	1446	88
2.7783-2.9246	0.2645	142	0.1985	1317	1459	88
2.9246-3.1077	0.2851	141	0.185	1302	1443	89
3.1077-3.3474	0.2712	154	0.1735	1343	1497	90
3.3474-3.6837	0.2406	137	0.1621	1351	1488	90
3.6837-4.2155	0.2119	164	0.1423	1326	1490	91
4.2155-5.3065	0.1872	166	0.1367	1357	1523	92
5.3065-30.2913	0.2219	140	0.1724	1378	1518	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2059	0.4444	1.4481	4.529	2.2491	2.2075	0.028	0.2165	-0.1911	-0.554	0.1084	-0.2191	-0.0989	0.2058	-0.0918	0.3307	-0.0728	0.0349	0.2972	-0.0599	0.2625	30.8783	-9.1956	0.516
2	2.8032	0.5799	0.3363	2.2415	0.5727	3.2521	-0.0052	-0.1145	0.0861	0.0412	0.0208	-0.254	0.0102	0.1634	-0.0065	0.207	-0.0548	-0.0239	0.1648	0.0106	0.1959	36.5413	-0.6149	16.8485
3	0.8126	-1.1817	0.0297	4.0817	1.2793	2.2723	-0.0881	0.4624	-0.1267	-0.7806	0.2714	0.2688	-0.2062	0.1325	-0.1126	0.3631	-0.0545	-0.0417	0.3523	-0.0734	0.2866	27.2981	-12.5794	-4.0584
4	1.6565	-0.5626	0.3721	1.9706	-0.699	5.1554	-0.1776	-0.2798	0.6628	0.1183	-0.0413	0.4101	-1.4268	-0.6671	-0.0107	0.7066	0.1347	-0.1209	0.5849	-0.1208	0.9629	0.3659	9.9908	18.417
5	2.143	0.5314	1.1496	2.7209	1.0645	3.0129	0.0797	-0.3086	0.3191	0.1241	-0.1427	0.2099	0.0651	-0.5325	0.0558	0.2799	-0.0813	0.0223	0.3614	-0.0544	0.3152	5.611	-6.5045	21.5615
6	3.8069	0.1651	-0.4817	2.9416	-0.1582	0.7907	0.0935	-0.0857	-0.2874	0.0668	-0.1854	0.0254	0.0241	0.011	0.0569	0.2515	-0.0722	0.0174	0.2706	-0.0162	0.2175	7.9273	-19.9958	15.0354
7	2.124	1.0358	0.8369	2.995	1.1694	2.7668	-0.1445	-0.2263	0.4799	-0.3901	-0.0214	0.3457	-0.582	-0.3339	0.1201	0.2498	0.0436	0.0208	0.4125	-0.0284	0.3622	2.2201	-4.2627	18.0055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 65 )	A	1 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 145 )	A	66 - 145
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 188 )	A	146 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 21 )	B	2 - 21
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 22 through 65 )	B	22 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 66 through 114 )	B	66 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 115 through 188 )	B	115 - 188

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