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- PDB-6bpm: The crystal structure of the Ferric-Catecholate import receptor F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bpm
タイトルThe crystal structure of the Ferric-Catecholate import receptor Fiu from K12 E. coli: Closed form (C21)
要素Catecholate siderophore receptor Fiu
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ferric-Catecholate / TonB-Dependent Receptor / Membrane Transport / Antibiotic Uptake / Iron Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


microcin transport / siderophore-dependent iron import into cell / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / intracellular iron ion homeostasis / membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB box, conserved site / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-POG / Catecholate siderophore receptor Fiu
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Grinter, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106077/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: The structure of the bacterial iron-catecholate transporter Fiu suggests that it imports substrates via a two-step mechanism.
著者: Grinter, R. / Lithgow, T.
履歴
登録2017年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Catecholate siderophore receptor Fiu
A: Catecholate siderophore receptor Fiu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,96310
ポリマ－156,8312
非ポリマー3,1328
水3,621201
1
C: Catecholate siderophore receptor Fiu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9825
ポリマ－78,4151
非ポリマー1,5664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Catecholate siderophore receptor Fiu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9825
ポリマ－78,4151
非ポリマー1,5664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)191.432, 75.668, 136.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1011-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Catecholate siderophore receptor Fiu / Ferric iron uptake protein / TonB-dependent receptor Fiu


分子量: 78415.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fiu, ybiL, b0805, JW0790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: P75780
#2: 化合物
ChemComp-POG / (20S)-2,5,8,11,14,17-HEXAMETHYL-3,6,9,12,15,18-HEXAOXAHENICOSANE-1,20-DIOL / POLYPROPYLENE GLYCOL / HEPTAPROPYLENE GLYCOL


分子量: 424.569 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44O8
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 % / 解説: Diamond Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 4% Polypropylene Glycol P400, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月6日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.35 Å / Num. obs: 68066 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.56→2.6 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.026 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4585 / CC1/2: 0.536 / Rpim(I) all: 0.95 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FP1

5fp1


解像度: 2.5→49.345 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 3282 4.82 %
Rwork0.1992 --
obs0.2021 68030 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10822 0 214 201 11237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99915354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7966536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.53730.39371390.32432803X-RAY DIFFRACTION100
2.5373-2.5770.36011420.29572818X-RAY DIFFRACTION100
2.577-2.61920.41931240.28762810X-RAY DIFFRACTION100
2.6192-2.66440.32611230.2642778X-RAY DIFFRACTION100
2.6644-2.71280.30781610.26542819X-RAY DIFFRACTION100
2.7128-2.7650.31151330.26232776X-RAY DIFFRACTION100
2.765-2.82140.31051190.23732809X-RAY DIFFRACTION100
2.8214-2.88280.33271480.2382782X-RAY DIFFRACTION100
2.8828-2.94980.27771510.24432826X-RAY DIFFRACTION100
2.9498-3.02360.29651420.23342826X-RAY DIFFRACTION100
3.0236-3.10530.28531420.21792763X-RAY DIFFRACTION100
3.1053-3.19670.26761480.21262794X-RAY DIFFRACTION100
3.1967-3.29980.27271410.19952836X-RAY DIFFRACTION100
3.2998-3.41770.24661380.18532806X-RAY DIFFRACTION100
3.4177-3.55450.2291450.18142792X-RAY DIFFRACTION100
3.5545-3.71630.22371680.16582782X-RAY DIFFRACTION100
3.7163-3.91210.25781800.17362809X-RAY DIFFRACTION100
3.9121-4.15710.24181530.17522793X-RAY DIFFRACTION100
4.1571-4.47790.24621280.15772850X-RAY DIFFRACTION100
4.4779-4.92810.18581460.13862810X-RAY DIFFRACTION100
4.9281-5.64040.23151360.15092850X-RAY DIFFRACTION100
5.6404-7.10290.17931260.18562888X-RAY DIFFRACTION100
7.1029-49.35460.2541490.22652928X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.5148 Å / Origin y: 36.83 Å / Origin z: 30.1927 Å
111213212223313233
T0.2441 Å2-0.0025 Å20.0046 Å2-0.2967 Å2-0.0356 Å2--0.2414 Å2
L0.6853 °2-0.1995 °20.0304 °2-0.3584 °20.114 °2--0.5275 °2
S0.0001 Å °-0.0596 Å °0.0716 Å °-0.0041 Å °-0.0182 Å °0.0951 Å °-0.0268 Å °-0.1714 Å °0.0142 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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