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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bpc | ||||||
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タイトル | Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 4F7 | ||||||
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![]() | CELL INVASION / Plasmodium vivax / invasion / malaria / antibody complex | ||||||
機能・相同性 | NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Reticulocyte binding protein 2, putative![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gruszczyk, J. / Chan, L.J. / Tham, W.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of an essential Plasmodium vivax invasion complex. 著者: Jakub Gruszczyk / Rick K Huang / Li-Jin Chan / Sébastien Menant / Chuan Hong / James M Murphy / Yee-Foong Mok / Michael D W Griffin / Richard D Pearson / Wilson Wong / Alan F Cowman / ...著者: Jakub Gruszczyk / Rick K Huang / Li-Jin Chan / Sébastien Menant / Chuan Hong / James M Murphy / Yee-Foong Mok / Michael D W Griffin / Richard D Pearson / Wilson Wong / Alan F Cowman / Zhiheng Yu / Wai-Hong Tham / ![]() ![]() ![]() 要旨: Plasmodium vivax is the most widely distributed malaria parasite that infects humans. P. vivax invades reticulocytes exclusively, and successful entry depends on specific interactions between the P. ...Plasmodium vivax is the most widely distributed malaria parasite that infects humans. P. vivax invades reticulocytes exclusively, and successful entry depends on specific interactions between the P. vivax reticulocyte-binding protein 2b (PvRBP2b) and transferrin receptor 1 (TfR1). TfR1-deficient erythroid cells are refractory to invasion by P. vivax, and anti-PvRBP2b monoclonal antibodies inhibit reticulocyte binding and block P. vivax invasion in field isolates. Here we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of a ternary complex of PvRBP2b bound to human TfR1 and transferrin, at 3.7 Å resolution. Mutational analyses show that PvRBP2b residues involved in complex formation are conserved; this suggests that antigens could be designed that act across P. vivax strains. Functional analyses of TfR1 highlight how P. vivax hijacks TfR1, an essential housekeeping protein, by binding to sites that govern host specificity, without affecting its cellular function of transporting iron. Crystal and solution structures of PvRBP2b in complex with antibody fragments characterize the inhibitory epitopes. Our results establish a structural framework for understanding how P. vivax reticulocyte-binding protein engages its receptor and the molecular mechanism of inhibitory monoclonal antibodies, providing important information for the design of novel vaccine candidates. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 602.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 499 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 503.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7783C ![]() 7784C ![]() 7785C ![]() 6bpaC ![]() 6bpbC ![]() 6bpdC ![]() 6bpeC ![]() 6d03C ![]() 6d04C ![]() 6d05C ![]() 5en2S ![]() 5w53S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36519.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Salvador I / 遺伝子: PVX_094255 / プラスミド: pET-32a(+) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 27428.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 26319.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.66 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M trisodium citrate and 20% (w/v) PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.12 |
反射 | 解像度: 2.66→66.55 Å / Num. obs: 67863 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.66→2.72 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4417 / CC1/2: 0.58 / % possible all: 94.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5W53,5EN2 解像度: 2.66→66.308 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.42
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 131.2 Å2 / Biso mean: 48.8194 Å2 / Biso min: 14.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.66→66.308 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 93 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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