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- PDB-6bp2: Therapeutic human monoclonal antibody MR191 bound to a marburgvir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bp2
タイトルTherapeutic human monoclonal antibody MR191 bound to a marburgvirus glycoprotein
要素
  • Envelope glycoprotein
  • Envelope glycoprotein GP2
  • MR191 Fab Heavy Chain
  • MR191 Fab Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/immune system / Marburg / Ravn / Glycoprotein / Complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TLV/ENV coat polyprotein / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Marburg marburgvirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.172 Å
データ登録者King, L.B. / Fusco, M.L. / Flyak, A.I. / Ilinykh, P.A. / Huang, K. / Gunn, B. / Kirchdoerfer, R.N. / Hastie, K.M. / Sangha, A.K. / Meiler, J. ...King, L.B. / Fusco, M.L. / Flyak, A.I. / Ilinykh, P.A. / Huang, K. / Gunn, B. / Kirchdoerfer, R.N. / Hastie, K.M. / Sangha, A.K. / Meiler, J. / Alter, G. / Bukreyev, A. / Crowe, J.E.J. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI089498 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109762 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018
タイトル: The Marburgvirus-Neutralizing Human Monoclonal Antibody MR191 Targets a Conserved Site to Block Virus Receptor Binding.
著者: King, L.B. / Fusco, M.L. / Flyak, A.I. / Ilinykh, P.A. / Huang, K. / Gunn, B. / Kirchdoerfer, R.N. / Hastie, K.M. / Sangha, A.K. / Meiler, J. / Alter, G. / Bukreyev, A. / Crowe, J.E. / Saphire, E.O.
履歴
登録2017年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02018年3月7日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein GP2
H: MR191 Fab Heavy Chain
L: MR191 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6138
ポリマ－97,6734
非ポリマー1,9404
水00
1
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein GP2
H: MR191 Fab Heavy Chain
L: MR191 Fab Light Chain
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein GP2
H: MR191 Fab Heavy Chain
L: MR191 Fab Light Chain
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein GP2
H: MR191 Fab Heavy Chain
L: MR191 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,83824
ポリマ－293,01912
非ポリマー5,81912
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_745-y+2,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_875-x+y+3,-x+2,z1
Buried area51380 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area93880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.796, 133.796, 151.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein


分子量: 27885.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marburg marburgvirus (ウイルス) / 遺伝子: GP, DF49_53427gpGP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A0U2XLP5, UniProt: Q1PDC7*PLUS
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein GP2


分子量: 22560.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marburg marburgvirus (ウイルス) / 遺伝子: GP, DF49_53427gpGP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A0U2XLP5, UniProt: Q1PDC7*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 MR191 Fab Heavy Chain


分子量: 24375.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科)
#4: 抗体 MR191 Fab Light Chain


分子量: 22851.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科)

-
糖 , 3種, 4分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 5% PEG 3000, 26% PEG 400, 6% Glycerol
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→46.17 Å / Num. obs: 26795 / % possible obs: 99.28 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3.17→3.29 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 2.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2652 / % possible all: 98.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3X2D

3x2d
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.172→46.167 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 1361 5.09 %
Rwork0.252 --
obs0.2536 26728 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.172→46.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5556 0 128 0 5684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6517938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5172112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1718-3.28520.41281350.39162464X-RAY DIFFRACTION98
3.2852-3.41670.41081170.37342540X-RAY DIFFRACTION99
3.4167-3.57210.32891510.34252481X-RAY DIFFRACTION100
3.5721-3.76040.3631040.30912539X-RAY DIFFRACTION100
3.7604-3.99580.33731210.28072537X-RAY DIFFRACTION99
3.9958-4.30410.26981730.24632499X-RAY DIFFRACTION100
4.3041-4.73690.28541390.20922539X-RAY DIFFRACTION100
4.7369-5.42140.26611450.22732566X-RAY DIFFRACTION100
5.4214-6.82690.26911240.24042579X-RAY DIFFRACTION99
6.8269-46.17140.23371520.21352623X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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