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- PDB-6bog: Crystal structure of RapA, a Swi2/Snf2 protein that recycles RNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bog
タイトルCrystal structure of RapA, a Swi2/Snf2 protein that recycles RNA polymerase during transcription
要素RNA polymerase-associated protein RapA
キーワードTRANSCRIPTION / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on acid anhydrides / ATP-dependent chromatin remodeler activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #930 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 - #80 / Helix Hairpins - #1500 / Helix Hairpins - #2230 / Tandem AAA-ATPase domain / RNA polymerase recycling, bacterial, C-terminal / RNA polymerase-associated protein RapA / RapA, N-terminal Tudor like domain 1 / RapA, N-terminal Tudor-like domain 2 / RNA polymerase recycling family C-terminal ...SH3 type barrels. - #930 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 - #80 / Helix Hairpins - #1500 / Helix Hairpins - #2230 / Tandem AAA-ATPase domain / RNA polymerase recycling, bacterial, C-terminal / RNA polymerase-associated protein RapA / RapA, N-terminal Tudor like domain 1 / RapA, N-terminal Tudor-like domain 2 / RNA polymerase recycling family C-terminal / RapA N-terminal Tudor like domain / RapA N-terminal Tudor like domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helix Hairpins / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Helix non-globular / Helicase conserved C-terminal domain / Special / SH3 type barrels. / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase-associated protein RapA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O45:K1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.205 Å
Model detailsRNA polymerase-dependent ATPase
データ登録者Shaw, G.X. / Gan, J. / Zhou, Y.N. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Jin, D.J. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structure of RapA, a Swi2/Snf2 protein that recycles RNA polymerase during transcription.
著者: Shaw, G. / Gan, J. / Zhou, Y.N. / Zhi, H. / Subburaman, P. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Jin, D.J. / Ji, X.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: Allosteric Activation of Bacterial Swi2/Snf2 (Switch/Sucrose Non-fermentable) Protein RapA by RNA Polymerase: BIOCHEMICAL AND STRUCTURAL STUDIES.
著者: Kakar, S. / Fang, X. / Lubkowska, L. / Zhou, Y.N. / Shaw, G.X. / Wang, Y.X. / Jin, D.J. / Kashlev, M. / Ji, X.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年12月13日ID: 3DMQ
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase-associated protein RapA
B: RNA polymerase-associated protein RapA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,7199
ポリマ－222,0472
非ポリマー6727
水00
1
A: RNA polymerase-associated protein RapA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3124
ポリマ－111,0231
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA polymerase-associated protein RapA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4085
ポリマ－111,0231
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.856, 123.856, 187.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 RNA polymerase-associated protein RapA / ATP-dependent helicase HepA


分子量: 111023.414 Da / 分子数: 2 / 断片: Full-length / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (大腸菌) / 株: S88 / ExPEC / 遺伝子: rapA, ECS88_0062 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B7MAI2, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.18 % / Mosaicity: 1.203 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, 1,4-Dioxane, Ethylene glycol, MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935,0.97951
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月4日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979351
20.979511
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 45885 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 203007
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.2-3.313.80.96645340.4260.5391.1120.92998.5
3.31-3.454.20.68246210.650.3650.7770.93799.5
3.45-3.64.40.43945590.8110.230.4980.96499.4
3.6-3.794.50.29746170.9130.1550.3360.97399.7
3.79-4.034.60.20146040.9570.1040.2270.9799.6
4.03-4.344.60.12745990.9830.0660.1440.99299.6
4.34-4.784.60.09146400.9890.0470.1031.0299.5
4.78-5.464.60.08345810.9910.0420.0931.01299.3
5.46-6.874.50.08546150.990.0440.0961.02999.1
6.87-304.50.06145150.9950.0320.0690.98595.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.205→29.193 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 29.63
詳細: CNS refinement version 1.1 was used for early stage refinement.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2789 995 2.17 %
Rwork0.2437 --
obs0.25 45884 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 267.96 Å2 / Biso mean: 105.3952 Å2 / Biso min: 37.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.205→29.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15438 0 35 0 15473
Biso mean--93.59 --
残基数----1934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00515754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.921346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1275910
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2085-3.37740.35821400.33666359649996
3.3774-3.58870.3611390.31576383652298
3.5887-3.86520.36541440.28916417656198
3.8652-4.2530.30741420.27476458660098
4.253-4.86590.25511420.24446411655397
4.8659-6.12090.25181420.24286437657997
6.1209-28.84850.24021450.19546340648595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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