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- PDB-6bnl: Crystal structure of TCR-MHC-like molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bnl
タイトルCrystal structure of TCR-MHC-like molecule
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulin
  • NKT Valpha14 (MOUSE) - 2C12 TCR - Hybrid mouse variable and human constant domains
  • NKT Vbeta8.2 (MOUSE) - 2C12 TCR - hybrid mouse variable and human constant domains
キーワードIMMUNE SYSTEM / Lipids Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of macrophage activation ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of macrophage activation / positive thymic T cell selection / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / sensory perception of smell / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / late endosome / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / lysosome / early endosome / learning or memory / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QWV / CD1d1 antigen / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Le Nours, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Dual Modifications of alpha-Galactosylceramide Synergize to Promote Activation of Human Invariant Natural Killer T Cells and Stimulate Anti-tumor Immunity.
著者: Chennamadhavuni, D. / Saavedra-Avila, N.A. / Carreno, L.J. / Guberman-Pfeffer, M.J. / Arora, P. / Yongqing, T. / Koay, H.F. / Godfrey, D.I. / Keshipeddy, S. / Richardson, S.K. / Sundararaj, S. ...著者: Chennamadhavuni, D. / Saavedra-Avila, N.A. / Carreno, L.J. / Guberman-Pfeffer, M.J. / Arora, P. / Yongqing, T. / Koay, H.F. / Godfrey, D.I. / Keshipeddy, S. / Richardson, S.K. / Sundararaj, S. / Lo, J.H. / Wen, X. / Gascon, J.A. / Yuan, W. / Rossjohn, J. / Le Nours, J. / Porcelli, S.A. / Howell, A.R.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: NKT Valpha14 (MOUSE) - 2C12 TCR - Hybrid mouse variable and human constant domains
D: NKT Vbeta8.2 (MOUSE) - 2C12 TCR - hybrid mouse variable and human constant domains
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: Beta-2-microglobulin
G: NKT Valpha14 (MOUSE) - 2C12 TCR - Hybrid mouse variable and human constant domains
H: NKT Vbeta8.2 (MOUSE) - 2C12 TCR - hybrid mouse variable and human constant domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,11416
ポリマ－192,4318
非ポリマー3,6838
水3,099172
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: NKT Valpha14 (MOUSE) - 2C12 TCR - Hybrid mouse variable and human constant domains
D: NKT Vbeta8.2 (MOUSE) - 2C12 TCR - hybrid mouse variable and human constant domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0578
ポリマ－96,2164
非ポリマー1,8414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: Beta-2-microglobulin
G: NKT Valpha14 (MOUSE) - 2C12 TCR - Hybrid mouse variable and human constant domains
H: NKT Vbeta8.2 (MOUSE) - 2C12 TCR - hybrid mouse variable and human constant domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0578
ポリマ－96,2164
非ポリマー1,8414
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.666, 150.318, 100.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 / MCG3074 / isoform CRA_a


分子量: 34662.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, mCG_3074 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0R4J090, UniProt: P11609*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質 NKT Valpha14 (MOUSE) - 2C12 TCR - Hybrid mouse variable and human constant domains / Human nkt tcr beta chain


分子量: 22779.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 NKT Vbeta8.2 (MOUSE) - 2C12 TCR - hybrid mouse variable and human constant domains


分子量: 27113.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 2種, 6分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 174分子

#7: 化合物 ChemComp-QWV / N-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-{[6-O-(3-phenylpropanoyl)-alpha-D-galactopyranosyl]oxy}octadecan-2-yl]hexacosanamide


分子量: 974.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H107NO9
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 18-20% PEG3350 8% tacsimate pH 5.0 0.5% dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→83.01 Å / Num. obs: 71925 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 66.88 Å2 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 10545 / Rpim(I) all: 0.375 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QUZ

3quz


解像度: 2.6→38.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.333 / SU Rfree Blow DPI: 0.224 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.233
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 3633 5.05 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 71877 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.3006 Å20 Å2-8.8768 Å2
2--7.9626 Å20 Å2
3---0.338 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→38.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12164 0 250 172 12586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112788HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1217476HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5682SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2168HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12788HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1712SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13436SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 296 5.52 %
Rwork0.2174 5063 -
all0.2197 5359 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8008-0.35790.3752.0587-0.54942.7847-0.1057-0.21370.08160.5177-0.0943-0.1981-0.08160.43920.2-0.0955-0.0390.0042-0.19510.0057-0.192323.1359-18.970733.4234
26.874-0.59870.09410.9841-1.32592.6278-0.27860.1777-0.01950.0368-0.2141-0.67320.011.08770.4927-0.29720.0242-0.09760.14340.1367-0.031343.8993-21.619927.9369
31.4008-0.19660.91611.0428-0.06651.69260.1064-0.1172-0.1971-0.34540.01930.22190.0235-0.1733-0.1258-0.0103-0.0133-0.0255-0.19180.02810.0759-22.9829-28.885-3.5566
41.6158-0.72861.39610.8465-0.2931.4390.13350.0779-0.1223-0.2948-0.08060.1668-0.11980.1129-0.05290.04560.03610.029-0.2040.0124-0.0894-14.2608-15.1571-14.0173
52.45340.1779-1.55751.4153-0.4172.40920.041-0.0213-0.02920.43790.06860.31110.0047-0.4336-0.1096-0.0555-0.03990.1371-0.16070.0678-0.166817.1198-59.192534.4325
68.08351.1381-1.20790.0022-0.3976-0.1152-0.09010.82650.55550.00170.38230.8712-0.1684-1.0061-0.2921-0.36170.15910.23010.31280.2749-0.0348-2.2639-55.734629.7721
71.5888-0.1985-1.26681.13920.36952.20540.0844-0.14950.1776-0.24890.0357-0.2147-0.14990.1796-0.1201-0.0486-0.03590.065-0.2244-0.02780.065363.6543-49.8519-4.0473
81.051-0.5901-1.10560.78230.2351.58340.12810.21170.1143-0.1915-0.1055-0.12730.0432-0.1628-0.02260.0033-0.02080.0306-0.1612-0.0278-0.037454.3022-63.242-14.2691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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