PDB-6bnc: Crystal structure of the intrinsic colistin resistance enzyme ICR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bnc

タイトル

Crystal structure of the intrinsic colistin resistance enzyme ICR(Mc) from Moraxella catarrhalis, catalytic domain, Thr315Ala mutant di-zinc and PEG complex

要素

Phosphoethanolamine transferase

キーワード

TRANSFERASE / antibiotic resistance / colistin / polymycin / phosphoethanolamine transferase / sulfatase fold / alpha/beta protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Moraxella sp. HMSC061H09 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700060C	米国

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Substrate Recognition by a Colistin Resistance Enzyme from Moraxella catarrhalis.
著者: Stogios, P.J. / Cox, G. / Zubyk, H.L. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Wright, G.D. / Savchenko, A.

履歴

登録	2017年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bnc.cif.gz	311.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bnc.ent.gz	242.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bnc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bnc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bndC 6bneC 6bnfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nfw-1 1l0d-1 1ke0-2 5ylf-d 4u0t-6 3gqz-1 5chj-1 1kvm-1 5cgs-d 4kg6-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP-95742

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoethanolamine transferase

B: Phosphoethanolamine transferase

ヘテロ分子

89.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoethanolamine transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoethanolamine transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.051, 154.246, 66.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphoethanolamine transferase 分子量: 37941.348 Da / 分子数: 2 / 変異: T315A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moraxella sp. HMSC061H09 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF2573_04170 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: A0A1E9VP98
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 分子量: 1529.829 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₉H₁₄₀O₃₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1043 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris pH 8, 28% (w/v) PEG 4k, 3 mM zinc chloride and 2 mM lipid A headgroup (Glycobiotech GmbH). Cryoprotectant paratone.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.27815 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.27815 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 121223 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 30.68
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 6059 / CC_1/2: 0.931 / R_pim(I) all: 0.203 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2733: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	phenix.phaser	位相決定
PHENIX	phenix.autobuild	モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.822 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.74

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1527	10848	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1316	-	-	-
obs	0.1327	214900	90.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.822 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5186	0	107	1043	6336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	5535
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.468	7535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.45	2072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.125	834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	986

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4966-1.5136	0.2342	153	0.1978	3424	X-RAY DIFFRACTION	45
1.5136-1.5314	0.1783	265	0.175	4245	X-RAY DIFFRACTION	57
1.5314-1.5501	0.1743	262	0.1631	4690	X-RAY DIFFRACTION	63
1.5501-1.5697	0.1585	255	0.1477	5246	X-RAY DIFFRACTION	70
1.5697-1.5904	0.1735	278	0.1434	5536	X-RAY DIFFRACTION	74
1.5904-1.6122	0.1477	311	0.1402	5893	X-RAY DIFFRACTION	78
1.6122-1.6352	0.1643	294	0.1385	6152	X-RAY DIFFRACTION	82
1.6352-1.6596	0.1533	333	0.1431	6483	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6596-1.6855	0.1534	389	0.1376	6669	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6855-1.7132	0.1824	362	0.1427	6967	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7132-1.7427	0.1512	343	0.1454	7129	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7427-1.7744	0.1628	413	0.142	7269	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7744-1.8085	0.1753	403	0.1377	7340	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8085-1.8454	0.1523	382	0.1386	7466	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8454-1.8855	0.1595	414	0.1301	7317	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8855-1.9294	0.1649	415	0.1319	7429	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9294-1.9776	0.1597	380	0.1269	7509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9776-2.0311	0.1543	431	0.1334	7470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0311-2.0908	0.1546	417	0.1316	7473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0908-2.1583	0.1569	358	0.1305	7546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1583-2.2354	0.1509	448	0.1237	7443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2354-2.3249	0.1642	348	0.1237	7546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3249-2.4307	0.1556	397	0.1228	7486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4307-2.5587	0.1547	410	0.1304	7506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5587-2.719	0.1666	419	0.1322	7409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.719-2.9287	0.163	399	0.1299	7522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9287-3.2231	0.1404	407	0.1323	7416	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2231-3.6888	0.1377	443	0.1194	7427	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6888-4.6447	0.112	361	0.1024	7509	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6447-29.8275	0.1642	358	0.163	7535	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.132	0.0561	-0.2504	0.5168	-0.0495	0.9785	-0.0274	-0.1566	-0.1276	0.0867	0.0203	-0.031	0.0007	0.0229	0.0088	0.0962	0.0165	-0.009	0.0766	0.023	0.0978	52.2944	53.2168	28.5507
2	0.9419	0.2543	-0.1936	1.0361	-0.4541	1.1102	-0.0238	-0.023	-0.0153	0.0321	0.0471	0.0067	-0.0075	-0.0804	-0.0289	0.062	0.014	0.0001	0.0591	0.0033	0.0712	43.6632	62.9564	22.5541
3	3.4435	-1.2871	-0.7499	3.8013	-0.8252	3.5247	0.017	0.6443	-0.2101	-0.4563	0.0067	-0.0536	0.1922	0.022	-0.0711	0.1276	-0.0104	0.0191	0.1617	-0.0446	0.1024	59.605	54.3152	4.0931
4	0.8897	-0.0216	-0.224	0.7562	0.1477	1.3079	-0.0414	-0.0567	-0.1355	0.0837	0.0224	-0.0655	0.12	0.0288	0.0097	0.072	0.0187	-0.0111	0.0628	0.0141	0.106	55.0011	51.6872	24.7286
5	8.5861	1.5722	-3.136	2.6841	1.6474	8.1405	0.1903	-0.5125	-0.0756	0.654	0.0965	0.3054	0.2236	-0.4298	-0.2699	0.2387	0.0271	0.0046	0.1911	0.1113	0.1943	49.5521	48.3259	41.3011
6	1.2922	0.0832	-0.1337	0.5404	-0.0371	1.0681	-0.0366	0.1346	-0.1641	-0.095	0.0436	-0.0341	0.0498	0.0213	-0.0008	0.1015	-0.023	0.0001	0.0762	-0.0251	0.0843	20.3281	53.8956	5.0882
7	0.7542	-0.0035	0.0012	0.6032	0.1525	0.7812	-0.0243	0.0098	0.026	-0.024	0.0407	-0.0234	-0.0568	0.0429	-0.0251	0.079	-0.0111	0.0001	0.0745	-0.0019	0.0821	26.7536	64.8989	13.1401
8	2.3965	0.3322	-0.5638	4.7282	2.8344	2.8491	0.0036	-0.7438	-0.2376	0.6225	-0.0442	-0.1893	0.2004	0.1282	0.0494	0.1279	-0.0121	0.0154	0.3085	0.0886	0.156	9.3178	55.001	30.992
9	1.0267	0.1226	-0.255	0.7575	-0.2247	1.3303	-0.0402	0.0732	-0.1139	-0.1084	0.0414	0.0322	0.1147	-0.0404	-0.0031	0.0721	-0.0223	-0.0109	0.0678	-0.0136	0.0805	16.3395	54.1174	8.4947
10	8.3036	-1.7491	-2.7218	5.83	2.7536	4.1449	0.0357	0.7991	-0.1152	-0.6395	0.2688	-0.5068	-0.1721	0.1356	-0.0819	0.2311	-0.0671	0.0419	0.2361	-0.1214	0.1832	21.0806	50.3726	-8.1039

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 244:325)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 326:426)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 427:457)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 458:566)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 567:578)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 244:334)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 335:439)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 440:458)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 459:566)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 567:578)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)