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Yorodumi- PDB-6bnc: Crystal structure of the intrinsic colistin resistance enzyme ICR... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bnc | |||||||||
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Title | Crystal structure of the intrinsic colistin resistance enzyme ICR(Mc) from Moraxella catarrhalis, catalytic domain, Thr315Ala mutant di-zinc and PEG complex | |||||||||
Components | Phosphoethanolamine transferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / antibiotic resistance / colistin / polymycin / phosphoethanolamine transferase / sulfatase fold / alpha/beta protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Moraxella sp. HMSC061H09 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.5 Å | |||||||||
Authors | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: ACS Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Substrate Recognition by a Colistin Resistance Enzyme from Moraxella catarrhalis. Authors: Stogios, P.J. / Cox, G. / Zubyk, H.L. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Wright, G.D. / Savchenko, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bnc.cif.gz | 304.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bnc.ent.gz | 249.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bnc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bnc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6bndC 6bneC 6bnfC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37941.348 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: T315A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Moraxella sp. HMSC061H09 (bacteria) / Gene: HMPREF2573_04170 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)Gold / References: UniProt: A0A1E9VP98 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-15P / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1 M Tris pH 8, 28% (w/v) PEG 4k, 3 mM zinc chloride and 2 mM lipid A headgroup (Glycobiotech GmbH). Cryoprotectant paratone. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.27815 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.27815 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→30 Å / Num. obs: 121223 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 30.68 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 6059 / CC1/2: 0.931 / Rpim(I) all: 0.203 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.5→29.822 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.74
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→29.822 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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