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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bna | ||||||||||||||||||
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タイトル | BINDING OF AN ANTITUMOR DRUG TO DNA. NETROPSIN AND C-G-C-G-A-A-T-T-BRC-G-C-G | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED | 機能・相同性 | NETROPSIN / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.21 Å | データ登録者 | Kopka, M.L. / Yoon, C. / Goodsell, D. / Pjura, P. / Dickerson, R.E. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985 タイトル: Binding of an antitumor drug to DNA, Netropsin and C-G-C-G-A-A-T-T-BrC-G-C-G. 著者: Kopka, M.L. / Yoon, C. / Goodsell, D. / Pjura, P. / Dickerson, R.E. #1: ジャーナル: Structure and Motion. Membranes, Nucleic Acids and Protein. タイトル: The Binding of Netropsin to Double-Helical B-DNA of Sequence C-G-C-G-A-A-T-T-BrC-G-C-G. Single Crystal X-Ray Structure Analysis 著者: Kopka, M.L. / Pjura, P. / Yoon, C. / Goodsell, D. / Dickerson, R.E. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985 タイトル: The Molecular Origin of DNA-Drug Specificity in Netropsin and Distamycin 著者: Kopka, M.L. / Yoon, C. / Goodsell, D. / Pjura, P. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bna.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bna.ent.gz | 17.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bna.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6bna_validation.pdf.gz | 600.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6bna_full_validation.pdf.gz | 618.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6bna_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6bna_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bna | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3742.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-NT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
検出器 | 検出器: DIFFRACTOMETER |
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放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 3240 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: JACK-LEVITT / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.21→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→8 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.21 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 3140 / σ(F): 2 / Rfactor all: 0.257 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |