[日本語] English
万見
- PDB-6bms: Palmitoyltransferase structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bms
タイトルPalmitoyltransferase structure
要素Palmitoyltransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane bound enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


protein targeting to Golgi apparatus / protein-cysteine S-myristoyltransferase activity / protein-cysteine S-stearoyltransferase activity / peptidyl-L-cysteine S-palmitoylation / protein S-acyltransferase / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / protein localization to membrane / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / postsynaptic density / Golgi membrane / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Palmitoyltransferase, DHHC domain / DHHC palmitoyltransferase / DHHC domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / PHOSPHATE ION / Chem-POV / Palmitoyltransferase ZDHHC15B
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.441 Å
データ登録者Kumar, P. / Rajashankar, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Fatty acyl recognition and transfer by an integral membraneS-acyltransferase.
著者: Rana, M.S. / Kumar, P. / Lee, C.J. / Verardi, R. / Rajashankar, K.R. / Banerjee, A.
履歴
登録2017年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Palmitoyltransferase
D: Palmitoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,74017
ポリマ－79,3682
非ポリマー4,37315
水86548
1
A: Palmitoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4589
ポリマ－39,6841
非ポリマー2,7748
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: Palmitoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2828
ポリマ－39,6841
非ポリマー1,5987
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.402, 186.402, 90.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 AD

#1: タンパク質 Palmitoyltransferase


分子量: 39683.902 Da / 分子数: 2 / 変異: C153S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: zdhhc15b / プラスミド: pICZa-ZFDHHS15 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: F1QXD3, protein S-acyltransferase
#3: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 58分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.99 % / 解説: Diamond like
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM sodium cacodylate pH-5.5 100mM Sodium potassium tartrate 20% PEG400
PH範囲: 5.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 97 K / Ambient temp details: 97
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 58992 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 55.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.107 / Net I/av σ(I): 17.66 / Net I/σ(I): 1.37
反射 シェル解像度: 2.44→2.49 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 1.176 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 2697 / CC1/2: 0.225 / Rpim(I) all: 0.618 / Rrim(I) all: 1.339 / Χ2: 1.06 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.441→37.213 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2608 2974 5.05 %5%
Rwork0.2325 ---
obs0.2339 58857 99.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.441→37.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4584 0 231 48 4863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5986721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6782793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039739
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4413-2.48130.32461060.31222245X-RAY DIFFRACTION85
2.4813-2.5240.30031210.30592646X-RAY DIFFRACTION98
2.524-2.56990.32641380.29822635X-RAY DIFFRACTION100
2.5699-2.61930.28321460.28632633X-RAY DIFFRACTION100
2.6193-2.67280.30831480.27562638X-RAY DIFFRACTION100
2.6728-2.73090.28961580.26942659X-RAY DIFFRACTION100
2.7309-2.79440.28851390.25042625X-RAY DIFFRACTION100
2.7944-2.86430.28981300.25182669X-RAY DIFFRACTION100
2.8643-2.94170.26521460.24092643X-RAY DIFFRACTION100
2.9417-3.02820.25211240.22192701X-RAY DIFFRACTION100
3.0282-3.12590.25371660.22692636X-RAY DIFFRACTION100
3.1259-3.23760.28611500.23992656X-RAY DIFFRACTION100
3.2376-3.36710.26031510.23642661X-RAY DIFFRACTION100
3.3671-3.52020.24531520.23022671X-RAY DIFFRACTION100
3.5202-3.70570.23981350.21462687X-RAY DIFFRACTION100
3.7057-3.93760.25981430.21682695X-RAY DIFFRACTION100
3.9376-4.24120.25321500.20672695X-RAY DIFFRACTION100
4.2412-4.66730.23161360.20472713X-RAY DIFFRACTION100
4.6673-5.3410.21671600.20682735X-RAY DIFFRACTION100
5.341-6.72260.2251260.24742775X-RAY DIFFRACTION100
6.7226-37.2170.31021490.24862865X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -47.0637 Å / Origin y: -1.4883 Å / Origin z: -24.89 Å
111213212223313233
T0.7399 Å2-0.0036 Å2-0.0663 Å2-0.3516 Å20.0029 Å2--0.5102 Å2
L-0.1403 °20.619 °20 °2-3.7147 °20.513 °2---0.1681 °2
S0.0635 Å °0.0146 Å °-0.0135 Å °0.3436 Å °-0.0859 Å °-0.0157 Å °-0.0249 Å °-0.0161 Å °0.0231 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る