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- PDB-6bma: The crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bma
タイトルThe crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
要素Indole-3-glycerol phosphate synthase
キーワードLYASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Indole-3-glycerol phosphate synthase, conserved site / Indole-3-glycerol phosphate synthase signature. / Indole-3-glycerol phosphate synthase domain / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / : / PHOSPHATE ION / Indole-3-glycerol phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Tan, K. / Zhou, M. / Nocek, B. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Nocek, B. / Joachimiak, A.
履歴
登録2017年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indole-3-glycerol phosphate synthase
B: Indole-3-glycerol phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,06920
ポリマ－59,7802
非ポリマー1,28918
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.181, 148.181, 149.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

K

21A-302-

CL

31B-301-

K

41B-302-

CL

51A-455-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Indole-3-glycerol phosphate synthase / IGPS


分子量: 29890.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: trpC, Cj0498 / Cell (発現宿主): BL21(DE3)magic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PI11, indole-3-glycerol-phosphate synthase

-
非ポリマー , 7種, 194分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1.0M NaH2PO4/K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月23日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→41.45 Å / Num. obs: 43974 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 30.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.832 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2128 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.367 / Rrim(I) all: 0.765 / Χ2: 1.279 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TSM

3tsm


解像度: 1.98→41.435 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 2193 4.99 %random
Rwork0.1671 ---
obs0.1685 43947 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→41.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4085 0 68 177 4330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7935715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5832601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.02310.28421340.22952562X-RAY DIFFRACTION99
2.0231-2.07010.20821230.19852589X-RAY DIFFRACTION100
2.0701-2.12190.22141390.19412579X-RAY DIFFRACTION100
2.1219-2.17930.24981260.18492586X-RAY DIFFRACTION100
2.1793-2.24340.24261360.18392624X-RAY DIFFRACTION100
2.2434-2.31580.21321320.18592588X-RAY DIFFRACTION100
2.3158-2.39860.23911390.18472585X-RAY DIFFRACTION100
2.3986-2.49460.24051390.17752602X-RAY DIFFRACTION100
2.4946-2.60810.19781400.17662596X-RAY DIFFRACTION100
2.6081-2.74560.23661460.18232620X-RAY DIFFRACTION100
2.7456-2.91750.20941430.18122587X-RAY DIFFRACTION100
2.9175-3.14270.20341480.16992594X-RAY DIFFRACTION100
3.1427-3.45890.17481320.16752630X-RAY DIFFRACTION100
3.4589-3.9590.16761430.14062641X-RAY DIFFRACTION100
3.959-4.98660.14981420.1332639X-RAY DIFFRACTION100
4.9866-41.44430.19431310.17262732X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0173-0.23121.08516.48470.16498.6213-0.1058-1.0858-0.81720.61960.1108-0.30870.8495-0.263-0.10090.3708-0.0375-0.01410.41220.08270.3759-21.2831-24.726-8.1743
26.68533.10312.62244.62392.29634.22860.1675-0.4228-0.05540.1212-0.1258-0.01140.23790.2073-0.06320.2802-0.0385-0.00460.35680.06460.1864-12.5739-16.973-8.8513
38.9744.4291-6.39024.7416-2.01076.09250.3015-0.54930.27480.8561-0.12220.2926-1.2011-0.3256-0.24030.35020.0628-0.00850.3997-0.04790.2963-26.85477.3232-18.6375
41.3460.432-1.08240.38070.48663.78370.14310.07530.1378-0.0564-0.04890.0044-0.3957-0.0976-0.05640.25560.0273-0.00890.20920.00920.2469-16.419113.1832-46.2987
54.93693.04412.69266.15643.84516.73170.06270.539-0.1586-0.3780.1857-0.2566-0.2730.2785-0.20160.24070.04530.05240.33580.02390.2194-10.92544.0685-64.6535
61.32670.122-0.32221.5451-0.51192.76660.08050.1297-0.0688-0.1617-0.0821-0.01660.1242-0.16070.00120.1610.0315-0.0070.2313-0.01720.1794-17.69110.6089-52.5674
72.0608-1.06022.58511.1657-1.2873.25620.06930.0490.0182-0.0743-0.03050.3858-0.1893-0.7691-0.04730.1950.0953-0.0190.4336-0.0080.2881-32.02755.095-48.5722
84.1459-0.826-1.00934.20131.31363.2055-0.13420.41420.1866-0.7617-0.16590.2242-0.598-0.82010.28350.51170.1888-0.11190.53610.04910.3352-30.480214.3174-63.187
95.2436-1.1059-1.32413.440.6172.56210.12150.49640.21-0.5164-0.0366-0.0155-0.4122-0.0993-0.10750.42360.0585-0.02490.34560.05490.207-15.717913.9312-65.7314
104.8699-3.84055.15025.1055-4.4775.5320.41430.774-0.4138-0.8721-0.01180.61211.1754-0.1788-0.45220.4655-0.0902-0.06980.5248-0.0420.3361-24.625-12.4184-55.3999
117.05170.29284.27130.26560.03044.1652-0.1234-0.25760.06140.12510.0575-0.21630.03430.27870.08570.19390.0096-0.01730.2494-0.01570.2014-11.1422-11.3043-35.3085
124.44751.47431.07085.56770.70066.5150.0443-0.0688-0.4880.0677-0.044-0.10740.8933-0.05670.01890.1966-0.01220.02850.22920.00320.2825-16.0569-21.7703-20.2972
134.722-3.2405-3.12973.90942.6174.7188-0.0842-0.58190.35620.18040.2541-0.1880.03540.3641-0.14020.1547-0.0091-0.03120.3885-0.02650.2117-9.8097-5.9276-9.8367
140.9313-0.25640.41141.0402-0.13941.65550.0353-0.03560.0520.0296-0.01590.0188-0.017-0.0551-0.01090.1586-0.02540.00580.2168-0.00410.2095-16.9783-4.085-22.2305
151.22260.6031-0.83871.8186-1.55632.5340.1193-0.18820.0674-0.02310.13010.41410.2055-0.4394-0.23310.1863-0.0988-0.02830.31660.01190.2655-30.8818-11.2583-25.9342
164.7718-3.51340.47323.0353-2.13487.5911-0.1156-0.43390.47831.3236-0.0415-0.1826-0.3591-0.74180.14120.4101-0.02390.03510.54840.02260.3712-30.486-11.1129-6.93
178.60260.8604-1.25263.60951.59578.6547-0.1899-0.2009-0.77860.339-0.11830.20850.6241-0.20740.28730.276-0.09640.00360.27460.06020.3115-30.3217-22.3393-17.9053
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 219 through 233 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 234 through 258 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 0 through 20 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 21 through 57 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 58 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 83 through 146 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 147 through 188 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 189 through 233 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 234 through 258 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 0 through 20 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 21 through 39 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 40 through 57 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 58 through 82 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 83 through 146 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 147 through 188 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 189 through 200 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 201 through 218 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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