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Yorodumi- PDB-6bma: The crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bma | ||||||
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Title | The crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 | ||||||
Components | Indole-3-glycerol phosphate synthase | ||||||
Keywords | LYASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / tryptophan biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Zhou, M. / Nocek, B. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 Authors: Tan, K. / Zhou, M. / Nocek, B. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bma.cif.gz | 225.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bma.ent.gz | 181.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bma.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/6bma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/6bma | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3tsmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 29890.100 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (Campylobacter) Strain: ATCC 700819 / NCTC 11168 / Gene: trpC, Cj0498 / Cell (production host): BL21(DE3)magic / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9PI11, indole-3-glycerol-phosphate synthase |
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-Non-polymers , 7 types, 194 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-FMT / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: 1.0M NaH2PO4/K2HPO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97924 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 23, 2010 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→41.45 Å / Num. obs: 43974 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 30.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.832 / Net I/σ(I): 29.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.01 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2128 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.367 / Rrim(I) all: 0.765 / Χ2: 1.279 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3TSM Resolution: 1.98→41.435 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.6
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→41.435 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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