PDB-6bm9: Directed evolutionary changes in MBL super family - VIM-2 Round 10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bm9

タイトル

Directed evolutionary changes in MBL super family - VIM-2 Round 10

要素

Metallo-beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Phosphatase / Directed evolution / MBL super family / NDM-1

機能・相同性

Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Hong, N.-S. / Jackson, C.J. / Carr, P.D.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Cryptic genetic variation shapes the adaptive evolutionary potential of enzymes.
著者: Baier, F. / Hong, N. / Yang, G. / Pabis, A. / Miton, C.M. / Barrozo, A. / Carr, P.D. / Kamerlin, S.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.

履歴

登録	2017年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bm9.cif.gz	359.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bm9.ent.gz	293.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bm9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6bm9_validation.pdf.gz	480.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bm9_full_validation.pdf.gz	493.8 KB	表示
XML形式データ	6bm9_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	6bm9_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/6bm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/6bm9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ko3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bg8-d 3s8k-d 1sxr-d 2bfz-d 6fy5-d 2bga-d 1bhq-d 2a6v-d 2p72-d 5z7j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase

B: Metallo-beta-lactamase

C: Metallo-beta-lactamase

D: Metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo-beta-lactamase

B: Metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Metallo-beta-lactamase

D: Metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.596, 41.672, 156.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.41, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase / VIM2R10 分子量: 25881.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5U7L7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.54 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 1.2 M Sodium Citrate, 0.5 mM TCEP, 1.25 mM PNPP, 25 mM HEPES, 75 mM NaCl, 100 uM ZnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→37.14 Å / Num. obs: 41962 / % possible obs: 97.75 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.54 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.09382 / R_pim(I) all: 0.05747 / R_rim(I) all: 0.1103 / Net I/σ(I): 11.28
反射シェル	解像度: 2.19→2.268 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.7642 / Num. unique obs: 4019 / CC_1/2: 0.609 / R_pim(I) all: 0.4838 / R_rim(I) all: 0.9075 / % possible all: 95.73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ko3

1ko3

解像度: 2.19→37.892 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2672	2114	5.04 %
R_work	0.2211	-	-
obs	0.2234	41944	97.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→37.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6796	0	16	195	7007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7022
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.709	9603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.154	2490
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	1089
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.19-2.241	0.3486	133	0.319	2563	X-RAY DIFFRACTION	96
2.241-2.297	0.345	139	0.3174	2559	X-RAY DIFFRACTION	96
2.297-2.3591	0.3692	111	0.3002	2630	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3591-2.4285	0.3582	144	0.2849	2625	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4285-2.5069	0.332	151	0.2793	2626	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5069-2.5965	0.3451	143	0.2794	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5965-2.7004	0.3335	129	0.2713	2609	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7004-2.8233	0.2796	149	0.2449	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8233-2.9721	0.2667	140	0.2396	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9721-3.1582	0.3055	156	0.237	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1582-3.4019	0.2581	146	0.2241	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4019-3.7439	0.2549	148	0.1957	2678	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7439-4.2851	0.2404	142	0.1875	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2851-5.3962	0.1888	135	0.1703	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3962-37.898	0.2304	148	0.1844	2830	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5219	0.787	1.0031	1.9664	-0.2863	4.3833	-0.0053	0.0657	-0.9884	-0.4503	0.0646	-0.411	0.4709	-0.5745	-0.0997	0.3419	-0.1219	0.0334	0.3652	-0.0777	0.4247	-25.1097	-8.1494	11.0367
2	3.0966	0.8046	-1.9241	2.978	1.225	3.6861	0.1399	0.3124	-0.3336	-0.0274	-0.0426	0.266	-0.1473	-0.799	-0.111	0.1707	-0.0095	0.0035	0.2495	0.0126	0.2702	-25.0407	-1.3812	18.3187
3	2.6301	-1.2478	0.4458	0.072	-0.1927	-0.4733	0.099	0.039	0.1197	-0.0252	-0.0559	-0.0404	-0.0331	-0.0334	-0.0593	0.3681	0.059	0.0319	0.3702	0.0163	0.3258	-36.9544	13.5871	17.6383
4	0.792	-0.2378	1.1796	1.6024	0.7011	3.7433	0.1459	0.1053	0.1811	-0.1051	-0.1325	-0.1358	-0.4237	0.4376	-0.0055	0.258	-0.0548	-0.0134	0.2224	0.0478	0.2196	-56.6267	24.1861	22.9824
5	1.1404	1.2471	-1.1469	2.7445	-1.2751	1.2016	-0.1232	-0.3916	-0.2394	0.7663	-0.757	-1.0102	0.1202	0.8527	0.4862	0.641	-0.1687	-0.1611	0.7476	0.2156	0.4514	-50.1608	18.9606	39.8989
6	2.5765	1.2024	1.1164	3.7816	0.2521	1.7632	0.1618	-0.6595	0.2426	0.9095	-0.3267	0.0124	-0.2627	-0.2445	0.1625	0.4405	-0.0165	-0.0141	0.4001	-0.005	0.2241	-59.037	23.5394	37.7907
7	1.5361	0.2107	-0.9766	4.4435	-0.1496	2.6252	0.2083	-0.2906	-0.4867	0.2984	-0.0286	0.0022	0.3873	0.3028	-0.1454	0.2904	0.0428	-0.0449	0.25	0.0941	0.3145	-55.2714	7.84	23.5345
8	2.2527	0.6276	0.0219	2.12	-1.2177	4.0997	0.1004	0.2146	0.1558	-0.038	0.0038	0.0523	-0.3232	-0.3524	-0.0466	0.1873	0.0778	0.0131	0.2138	0.0094	0.1873	-16.7756	9.375	9.2091
9	3.2421	-1.603	-0.5564	3.3986	1.4478	4.3733	0.1556	-0.6111	-0.8719	0.589	0.2718	-0.3952	0.9621	0.7557	-0.2931	0.4879	-0.0202	-0.0506	0.6077	0.1268	0.5375	8.8859	-24.1758	69.4839
10	3.5183	0.6115	-0.1522	-0.3739	0.2021	0.3736	0.121	-0.3769	-0.1103	-0.12	-0.0621	-0.0432	-0.1848	-0.0918	-0.0884	0.341	0.0451	0.0443	0.467	-0.0565	0.4114	17.5945	-13.6488	60.1992
11	2.4873	0.5815	1.1081	1.6406	-0.0202	2.8386	0.0764	-0.6187	0.1233	0.1163	-0.1488	0.5356	-0.5417	-0.3868	0.0322	0.3198	0.05	0.028	0.3418	-0.0694	0.351	41.3533	2.1193	53.6321
12	0.1911	0.5259	-0.5467	2.9953	-1.4375	2.4259	-0.4505	0.1902	0.6339	-0.1986	0.4216	0.9647	0.1367	-1.1149	-0.1059	0.4634	0.1709	-0.045	0.3234	-0.0856	0.4656	36.9496	-7.4105	38.1467
13	2.9601	-0.6973	0.6309	3.2451	-0.9833	2.7777	0.1818	0.0228	0.4203	-0.5991	-0.2643	-0.335	-0.1794	0.3925	0.0365	0.3371	-0.0441	0.0643	0.3132	-0.0553	0.2612	47.2099	-1.463	42.6507
14	2.3539	0.5744	0.9823	5.9813	-0.0281	4.6388	0.0184	0.4356	0.5458	-0.5303	-0.0431	0.4062	-0.049	0.1734	0.0558	0.4764	0.0149	0.0767	0.3722	-0.0498	0.3112	43.2914	-3.8369	34.2624
15	3.5038	0.0921	-0.2692	4.7527	0.3602	2.2898	0.3975	-0.405	-0.3702	0.1193	-0.3214	0.1886	0.4971	-0.3542	0.0611	0.3003	-0.0684	0.0218	0.445	0.0064	0.2684	41.7024	-15.6559	56.4692
16	0.378	-0.0953	-0.5209	4.0719	-0.7282	2.2852	0.7713	-0.5204	-0.3583	0.0348	-0.2407	0.9114	0.0226	-0.5687	-0.1272	0.2791	0.001	0.1403	0.7733	-0.0553	0.3916	35.344	-6.8535	59.1698
17	1.946	0.7856	0.899	3.001	1.1613	2.4983	-0.1085	0.6781	0.5034	-0.6142	0.5695	-0.6241	-0.7799	0.5048	-0.3633	0.4769	-0.0957	0.1005	0.4943	0.0652	0.513	9.8738	-9.1916	54.4065
18	2.9003	0.3215	1.387	1.8811	0.9981	2.3258	-0.1945	-0.4102	0.8394	-0.3367	-0.017	-0.1095	-0.6705	-0.252	0.3203	0.4383	0.0007	-0.0502	0.3811	-0.1183	0.5375	-0.6495	-9.4114	61.8778
19	0.1556	0.009	-0.0762	0.6214	-0.5892	0.598	0.2495	-0.8597	0.5148	0.8511	-0.0845	-0.4815	-0.1126	1.0936	-0.2146	0.9373	-0.1385	-0.04	1.0906	-0.2609	0.5988	6.3677	-7.4719	78.5993
20	2.3934	0.4362	0.5002	3.3026	0.037	1.8427	0.3111	-1.1354	0.58	0.2988	-0.5348	0.2351	-0.2397	-0.8416	0.2182	0.4748	0.0007	0.0425	0.7599	-0.1975	0.4922	-3.1826	-9.3952	76.6225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 146 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 147 through 199 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 200 through 215 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 216 through 261 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 32 through 121 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 122 through 260 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 32 through 76 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 77 through 144 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 145 through 199 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 200 through 215 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 216 through 245 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 246 through 260 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 32 through 102 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 103 through 121 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 122 through 144 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 145 through 199 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 200 through 215 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 216 through 261 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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