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万見
- PDB-6blk: Mycobacterial sensor histidine kinase MprB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6blk
タイトルMycobacterial sensor histidine kinase MprB
要素Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB
キーワードTRANSFERASE / two-component regulatory system / MprAB / Rv0982 / autophosphorylation / kinase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...: / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium hassiacum
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.552 Å
データ登録者Li, J. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI119022 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM110787 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Mycobacterial sensor histidine kinase MprB
著者: Li, J. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2017年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB
D: Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB
A: Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB
B: Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,66512
ポリマ－68,5394
非ポリマー2,1268
水10,557586
1
C: Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6663
ポリマ－17,1351
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6663
ポリマ－17,1351
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6663
ポリマ－17,1351
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6663
ポリマ－17,1351
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.410, 61.630, 67.220
Angle α, β, γ (deg.)102.780, 104.470, 109.080
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Signal transduction histidine-protein kinase/phosphatase mprB


分子量: 17134.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fragment residues 322-476, N-terminal GAM residues are from vector, note that UniProt entry has a mis-annotated start codon - therefore a difference in numbering
由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア)
株: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / 遺伝子: mprB, C731_3480 / プラスミド: pCDF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: K5BDW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 % / 解説: PRISM
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M IMIDAZOLE PH 8.0, 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月2日 / 詳細: SI(111)
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→61.42 Å / Num. obs: 74925 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.725 % / Biso Wilson estimate: 22.575 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 9.22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.591.4460.3052.1129340.8560.43149.3
1.59-1.642.1940.2932.9354860.9110.37394.2
1.64-1.682.8630.2583.8754550.9450.31994.9
1.68-1.742.7810.2124.6151920.9560.26295
1.74-1.792.770.1855.1551180.9640.22995.3
1.79-1.862.7590.1496.0949580.9770.18495.6
1.86-1.932.6460.1357.3447660.9730.16894.1
1.93-22.8210.1068.445370.9850.13195.9
2-2.092.8210.0969.5844060.9860.11895.7
2.09-2.22.9380.0810.9842650.990.09896.5
2.2-2.312.8010.08111.4439950.9880.195.4
2.31-2.452.920.06912.5838550.9910.08497.1
2.45-2.622.8960.06213.3436220.9920.07697.5
2.62-2.832.880.05914.4233610.9920.07396.6
2.83-3.12.8690.05315.2631400.9930.06597.4
3.1-3.472.8470.05116.1627720.9930.06297
3.47-4.012.8160.05116.7924810.9930.06397.1
4.01-4.912.8670.04717.3920780.9910.05797.5
4.91-6.942.8550.04717.1516370.9930.05797.3
6.94-61.422.8790.05817.728670.9810.07295.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170923データスケーリング
PHENIX1.12rc1_2815精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170923データ削減
BALBES1.0.0.Nov_16_2011位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D36

3d36


解像度: 1.552→61.42 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 24.88 / 詳細: REFINEMENT TARGET : ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3792 5.09 %RANDOM SELECTION
Rwork0.1838 ---
obs0.1857 74925 86.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.87 Å2 / Biso mean: 23.9247 Å2 / Biso min: 6.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.552→61.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4702 0 172 586 5460
Biso mean--16.05 29.56 -
残基数----613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8682985
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5521-1.56970.3148360.290955559111
1.5697-1.58820.2756880.2631688177633
1.5882-1.60760.2611240.24032871299555
1.6076-1.62790.2881890.23673809399874
1.6279-1.64930.26252370.23014700493792
1.6493-1.67190.27132740.23264717499192
1.6719-1.69580.24332720.21814656492892
1.6958-1.72110.27242180.21874697491591
1.7211-1.7480.25972530.20754745499892
1.748-1.77670.24652630.19864634489792
1.7767-1.80730.25932710.20314671494292
1.8073-1.84020.22342560.20264747500392
1.8402-1.87560.26132350.20044690492591
1.8756-1.91390.23262060.20884551475787
1.9139-1.95550.22932260.20264552477889
1.9555-2.0010.22162220.17784845506794
2.001-2.0510.2042160.18674908512494
2.051-2.10650.22332290.18694665489491
2.1065-2.16850.23192940.17864833512795
2.1685-2.23850.23942680.18814819508794
2.2385-2.31850.24972900.18254546483690
2.3185-2.41130.2333110.18734857516896
2.4113-2.5210.2582760.17094867514395
2.521-2.6540.23272950.17814871516695
2.654-2.82020.22332710.17354795506694
2.8202-3.0380.20032230.17624857508095
3.038-3.34370.22232660.17454897516394
3.3437-3.82750.18882680.15914782505094
3.8275-4.82190.17342520.15634835508794
4.8219-61.46850.1962730.19594818509194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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