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- PDB-6bkv: Crystal structure of Thioredoxin from Helicobacter pylori (strain G27) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bkv
タイトルCrystal structure of Thioredoxin from Helicobacter pylori (strain G27)
要素Thioredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / SSGCID / Helicobacter pylori / thioredoxin / trxA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin / Thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Thioredoxin from Helicobacter pylori (strain G27)
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7982
ポリマ－25,7982
非ポリマー00
水90150
1
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8991
ポリマ－12,8991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8991
ポリマ－12,8991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.160, 93.160, 78.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -2 through 8 or (resid 9...
21(chain B and (resid -2 through 61 or (resid 62...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISTHRTHR(chain A and (resid -2 through 8 or (resid 9...AA-2 - 86 - 16
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid -2 through 8 or (resid 9...AA917
13HISHISLEULEU(chain A and (resid -2 through 8 or (resid 9...AA-2 - 1056 - 113
14HISHISLEULEU(chain A and (resid -2 through 8 or (resid 9...AA-2 - 1056 - 113
15HISHISLEULEU(chain A and (resid -2 through 8 or (resid 9...AA-2 - 1056 - 113
16HISHISLEULEU(chain A and (resid -2 through 8 or (resid 9...AA-2 - 1056 - 113
21HISHISGLNGLN(chain B and (resid -2 through 61 or (resid 62...BB-2 - 616 - 69
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid -2 through 61 or (resid 62...BB62 - 6370 - 71
23HISHISLEULEU(chain B and (resid -2 through 61 or (resid 62...BB-4 - 1054 - 113
24HISHISLEULEU(chain B and (resid -2 through 61 or (resid 62...BB-4 - 1054 - 113
25HISHISLEULEU(chain B and (resid -2 through 61 or (resid 62...BB-4 - 1054 - 113
26HISHISLEULEU(chain B and (resid -2 through 61 or (resid 62...BB-4 - 1054 - 113

-
要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 12898.868 Da / 分子数: 2 / 断片: HepyC.00029.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: BV499_05595, BZK25_01255, BZK28_00485, HPY207_04265
プラスミド: HepyC.00029.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B2EU35, UniProt: P66928*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.6 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytic MCSG1 screen, E12: 2.4 mM sodium malonate, 24.59 mg/mL HepyC.00029.a.B1.PS38229, cryoprotectant: direct, tray 290729 E12, puck BYM2-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月2日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40.339 Å / Num. obs: 16569 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.563 % / Biso Wilson estimate: 60.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 20.13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.415.7130.5572.711970.8860.61398.8
2.41-2.485.670.4733.1711700.9190.5299.2
2.48-2.555.6880.3444.411370.9470.37899.1
2.55-2.635.6680.2845.2811190.9660.31299.3
2.63-2.715.6540.2186.7510940.9790.2499.5
2.71-2.815.6440.1758.5910480.9850.19399.4
2.81-2.915.6650.12611.8910040.9930.13899.4
2.91-3.035.6060.08916.019880.9950.09999.5
3.03-3.175.6270.07120.269200.9960.07899.7
3.17-3.325.5880.0625.029130.9970.06699.7
3.32-3.55.5570.04930.738530.9980.05399.6
3.5-3.725.5310.04334.338120.9980.04799.4
3.72-3.975.5160.03838.887640.9980.04299.5
3.97-4.295.4370.03639.197120.9980.03999.4
4.29-4.75.4550.03441.956680.9980.03899.3
4.7-5.255.3890.03442.046060.9990.03799.7
5.25-6.075.3190.03241.155420.9980.03599.6
6.07-7.435.2760.03341.54490.9980.03698.9
7.43-10.515.090.03242.663670.9960.03798.1
10.51-40.3394.5390.03440.492060.9970.03890.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ynxA

解像度: 2.35→40.339 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2024 1670 10.08 %0, RANDOM
Rwork0.1751 ---
obs0.1779 16566 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.2 Å2 / Biso mean: 76.3428 Å2 / Biso min: 40.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→40.339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1649 0 0 50 1699
Biso mean---66.38 -
残基数----218
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A986X-RAY DIFFRACTION3.191TORSIONAL
12B986X-RAY DIFFRACTION3.191TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3501-2.41920.31621230.26971225134899
2.4192-2.49730.27421320.24771233136599
2.4973-2.58660.28831400.24161239137999
2.5866-2.69010.31331400.25331196133699
2.6901-2.81250.30831520.264612161368100
2.8125-2.96070.29241480.247312171365100
2.9607-3.14620.25171160.225612571373100
3.1462-3.3890.28751530.212212371390100
3.389-3.72980.19181480.18041233138199
3.7298-4.2690.16911640.138412321396100
4.269-5.37650.1461230.124812831406100
5.3765-40.34540.15971310.15781328145998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.7522-0.23822.90378.9558-0.1337.7987-0.0240.28740.49480.09560.22040.83480.6427-0.6025-0.21160.6755-0.2326-0.08510.57540.02370.834937.1304-24.65421.9734
27.96792.8151-0.94315.43710.70894.84350.21230.1990.07960.7463-0.3019-0.05190.3222-0.2370.09890.5983-0.16370.0210.4257-0.07210.510631.4124-32.27691.6395
35.51341.78113.24626.51170.32656.33890.683-1.1921-0.01481.2222-0.79170.42250.5459-0.71260.13030.9403-0.33430.17060.6767-0.08890.629225.2137-34.55210.7999
47.36881.4632-2.68824.3564.31857.6767-0.11140.17660.62342.0143-0.22370.57251.5362-1.57410.17611.2331-0.23210.27660.65520.02150.709542.15333.12235.7938
54.09520.64392.60366.06487.31139.6336-0.41210.0867-0.0036-1.8404-0.0889-0.1647-0.1802-0.9615-0.29961.3976-0.35610.03430.6575-0.02490.673245.1372-3.2252-10.6236
67.28290.2169-2.8593.7222-0.85347.437-0.06750.92150.5424-1.71080.63670.5802-0.1086-0.6482-0.51180.8523-0.1744-0.09660.49150.01610.842743.9726-9.8561-5.9937
78.064-3.81490.65464.2587-0.3037.6888-0.2185-0.05740.7070.25310.59770.09-0.0945-0.1599-0.33530.6464-0.0566-0.12610.36980.02310.749843.4927-10.34645.7097
85.02511.12-1.08669.5227-0.1825.2847-0.19650.6485-0.4581-1.71070.49160.1380.247-0.1024-0.25650.7908-0.1626-0.080.4221-0.10480.59344.3365-15.8517-4.1638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 19 )A-2 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 82 )A20 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 105 )A83 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -4 through 5 )B-4 - 5
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 10 )B6 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 11 through 30 )B11 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 51 )B31 - 51
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 52 through 105 )B52 - 105

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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