PDB-6bj7: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bj7

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 4-chloro-6-methylpyrimidin-2-amine

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 4-chloro-6-methylpyrimidin-2-amine
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bj7.cif.gz	175.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bj7.ent.gz	142.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bj7_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bj7_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	6bj7_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	6bj7_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ai2-1 6b71-1 5tbv-1 5tbt-1 4ece-1 5tbs-1 3f8w-d 6bi1-1 6bj6-1 3e0q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.970, 99.970, 99.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-521- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DU7 / 4-chloro-6-methylpyrimidin-2-amine / 4-クロロ-6-メチルピリミジン-2-アミン分子量: 143.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆ClN₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→57.72 Å / Num. obs: 47549 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.56→1.6 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3462 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.56→57.718 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1863	2327	4.9 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.1699	47516	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→57.718 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2166	0	29	163	2358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	3019
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.208	1339
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5603-1.5922	0.2443	142	0.273	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5922-1.6268	0.2763	121	0.2473	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6268-1.6646	0.2354	109	0.2268	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6646-1.7063	0.2187	162	0.2103	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7063-1.7524	0.2304	147	0.2156	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7524-1.804	0.216	148	0.2006	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.804-1.8622	0.2201	156	0.1778	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8622-1.9288	0.1874	145	0.1729	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9288-2.006	0.1821	119	0.1723	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.0973	0.2075	161	0.1627	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0973-2.2079	0.1931	133	0.1642	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2079-2.3462	0.1814	142	0.1551	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3462-2.5274	0.1568	104	0.1533	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5274-2.7817	0.1826	137	0.159	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7817-3.1842	0.1789	140	0.1668	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1842-4.0116	0.1933	137	0.1653	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0116-57.7572	0.164	124	0.1636	2827	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3649	3.2636	0.3262	2.8042	2.225	6.0845	0.0709	0.2185	-1.0677	0.1081	0.2697	-0.6402	0.8861	0.5187	-0.2952	0.3669	0.0645	0.0074	0.2121	-0.0447	0.4015	27.9535	11.9461	52.9703
2	2.9268	-0.1232	1.1793	1.4469	-0.2728	4.5154	0.1609	0.0757	-0.5703	-0.0558	0.0284	0.0515	0.6766	-0.3526	-0.1756	0.4538	-0.0959	0.0238	0.228	-0.0403	0.4227	13.0246	9.3153	49.3355
3	8.4761	-3.4639	-6.7252	1.4801	2.8944	7.5138	-0.0218	0.1753	-0.3888	-0.0894	-0.141	0.1618	0.1775	-0.3024	0.1596	0.2886	-0.0324	0.0399	0.1752	-0.0156	0.2434	16.9652	20.6632	55.5121
4	2.2822	0.1322	-0.1821	1.3879	0.5439	1.0499	-0.0284	0.2325	0.0363	-0.2325	0.014	0.0551	0.0012	-0.1157	0.0139	0.2454	-0.0388	0.0284	0.1947	0.0053	0.1501	11.9502	30.1732	47.2944
5	1.4138	0.007	-0.0402	1.6146	0.8371	1.3012	-0.0602	0.1926	0.0603	-0.258	-0.0526	0.2119	-0.0356	-0.2697	0.1293	0.2635	-0.0603	-0.0173	0.2559	-0.0119	0.1791	1.2759	29.6455	46.4216
6	4.125	-2.1649	-5.7144	3.8268	2.3519	8.2133	-0.2558	-0.0612	-0.3092	0.0037	0.1411	0.0545	0.4995	0.13	0.2177	0.3395	-0.1108	-0.0623	0.3747	-0.0744	0.2624	-0.0324	15.9229	41.7483

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 169 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 170 through 258 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 259 through 286 )

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