PDB-6bi1: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bi1

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with (2R)-2-amino-3-(benzyloxy)propan-1-ol

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with (2R)-2-amino-3-(benzyloxy)propan-1-ol
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bi1.cif.gz	177.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bi1.ent.gz	143.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bi1_validation.pdf.gz	712 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bi1_full_validation.pdf.gz	712.6 KB	表示
XML形式データ	6bi1_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	6bi1_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tbu-1 6awe-1 6bb7-1 5ugf-2 6b3l-1 5tbt-1 1fxu-2 5ko5-1 4ece-2 1tcu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.240, 100.240, 100.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-594- HOH
2	1	A-633- HOH
3	1	A-677- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SEM / O-benzyl-L-serine / (2S)-2-azanyl-3-phenylmethoxy-propanoic acid / O-ベンジル-L-セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 195.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→70.88 Å / Num. obs: 63324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.42→1.46 Å / 冗長度: 8.4 % / Num. unique obs: 4604 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.42→70.88 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1861	3152	4.98 %
R_work	0.1633	-	-
obs	0.1644	63280	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→70.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2136	0	41	292	2469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.088	2991
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.472	808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	384

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4203-1.4415	0.3259	170	0.3049	2498	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4415-1.464	0.2902	138	0.281	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.464-1.488	0.2825	144	0.258	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.488-1.5137	0.2405	124	0.2378	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5137-1.5412	0.2559	132	0.2217	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5412-1.5709	0.2052	136	0.2033	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5709-1.6029	0.2204	146	0.1992	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6029-1.6378	0.2197	131	0.1901	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6378-1.6759	0.2046	97	0.1858	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6759-1.7178	0.1965	162	0.1741	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7178-1.7643	0.204	147	0.1799	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7643-1.8162	0.1959	153	0.1708	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8162-1.8748	0.197	149	0.1647	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8748-1.9418	0.1867	138	0.163	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9418-2.0196	0.183	129	0.1617	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0196-2.1115	0.184	152	0.154	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1115-2.2228	0.1808	128	0.1511	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2228-2.3621	0.165	146	0.1501	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3621-2.5445	0.1633	101	0.1474	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5445-2.8006	0.1715	135	0.1544	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8006-3.2058	0.1884	135	0.1489	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2058-4.0389	0.1771	136	0.1504	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0389-70.9688	0.1669	123	0.1589	2785	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0682	2.9153	1.3	6.9524	2.8657	4.1824	-0.0618	0.145	-0.7495	0.1067	0.1994	-0.5735	0.6478	0.3049	-0.1318	0.2343	0.0334	0.0479	0.1374	-0.0185	0.25	28.1203	11.9221	52.9997
2	3.1887	-0.1692	2.048	2.6334	-0.7264	4.1455	0.055	-0.0814	-0.4132	-0.0701	-0.0009	0.1437	0.482	-0.3646	-0.0644	0.253	-0.0423	0.0366	0.1617	-0.03	0.2678	13.3468	9.6302	49.4365
3	6.9278	-3.4726	-6.8876	1.8017	3.4492	7.1791	-0.0552	0.1632	-0.3082	-0.0449	-0.0915	0.1633	0.0856	-0.2132	0.1232	0.1767	-0.008	0.0231	0.1188	0.0049	0.1496	17.4146	20.8123	55.4035
4	5.9924	-2.2044	-0.4823	3.4181	0.9189	1.8858	0.0263	0.4534	-0.0743	-0.249	-0.1765	0.2943	-0.1041	-0.3662	0.1011	0.175	-0.022	-0.0456	0.1952	-0.003	0.0976	1.9966	26.3228	44.2755
5	0.997	-0.1699	-0.0085	0.8823	0.1503	0.6876	0.0093	0.164	-0.0131	-0.1953	-0.0191	0.0777	0.0195	-0.1063	0.0147	0.1623	-0.0203	-0.0126	0.1423	-0.0034	0.0961	8.634	30.9707	46.7593
6	7.7024	-2.1726	-0.6362	2.0954	0.9261	0.7489	0.0117	-0.2599	-0.2399	-0.0672	-0.1381	0.3539	0.0065	-0.212	0.1522	0.1522	-0.0332	-0.0231	0.2078	-0.0197	0.1299	-2.7883	29.0727	49.8954
7	9.2836	-2.3095	-7.5191	2.127	2.0173	7.0927	-0.0861	-0.0811	-0.4038	0.0124	-0.016	0.1112	0.2669	0.0444	0.1663	0.278	-0.0729	-0.0977	0.242	-0.0432	0.2312	-0.3109	16.0807	42.2089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 232 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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