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- PDB-6bfy: Crystal structure of enolase from Escherichia coli with bound 2-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bfy
タイトルCrystal structure of enolase from Escherichia coli with bound 2-phosphoglycerate substrate
要素Enolaseホスホピルビン酸ヒドラターゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / Enolase (ホスホピルビン酸ヒドラターゼ) / substrate / 2-phosphoglycerate (2-ホスホグリセリン酸) / Escherichia coli (大腸菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial degradosome / ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / RNA catabolic process / 転写後修飾 / glycolytic process / 細胞骨格 / magnesium ion binding / 細胞膜 ...bacterial degradosome / ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / RNA catabolic process / 転写後修飾 / glycolytic process / 細胞骨格 / magnesium ion binding / 細胞膜 / protein homodimerization activity / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ホスホグリセリン酸 / ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / ホスホピルビン酸ヒドラターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Erlandsen, H. / Wright, D. / Krucinska, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural and Functional Studies of Bacterial Enolase, a Potential Target against Gram-Negative Pathogens.
著者: Krucinska, J. / Falcone, E. / Erlandsen, H. / Hazeen, A. / Lombardo, M.N. / Estrada, A. / Robinson, V.L. / Anderson, A.C. / Wright, D.L.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
B: Enolase
C: Enolase
F: Enolase
D: Enolase
E: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,04049
ポリマ－284,2426
非ポリマー3,79843
水19,8711103
1
A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,17718
ポリマ－94,7472
非ポリマー1,43016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area28770 Å2
手法PISA
2
C: Enolase
D: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,98116
ポリマ－94,7472
非ポリマー1,23414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area28770 Å2
手法PISA
3
F: Enolase
E: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,88115
ポリマ－94,7472
非ポリマー1,13413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area28730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.940, 142.400, 206.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCFDE

#1: タンパク質
Enolase / ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 47373.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: eno, ECS88_3047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7MLA0, UniProt: P0A6P9*PLUS, ホスホピルビン酸ヒドラターゼ

-
非ポリマー , 5種, 1146分子

#2: 化合物
ChemComp-2PG / 2-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 2-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.1 M sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月19日
詳細: Mirror: Flat bent collimating Rh coated mirror, toroidal focussing mirror
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→78.61 Å / Num. obs: 283200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.49 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 13929 / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.349 / Rrim(I) all: 0.702 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FYM

2fym


解像度: 1.81→78.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.101 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23223 14046 5 %RANDOM
Rwork0.16562 ---
obs0.16892 269041 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20 Å20 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3----2.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.81→78.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19500 0 206 1103 20809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.01919934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2311.97826834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18344087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.91552627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.85525.896804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.479153574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4311572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.23035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0222367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5632.33510523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5622.33510522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9383.49413145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9383.49413146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7632.8319411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7582.839407
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1244.02613684
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.63128.94722156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.63128.94822157
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.544338880
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.3395628
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.21539145
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 1018 -
Rwork0.274 19766 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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