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- PDB-6bfb: Crystal structure of a F. nucleatum FMN riboswitch bound to WG-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bfb
タイトルCrystal structure of a F. nucleatum FMN riboswitch bound to WG-3
要素
  • RNA (54-MER)
  • RNA (56-MER)
キーワードRNA / TRANSLATION / RNA-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性Chem-DKM / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Rizvi, N.F. / Fischmann, T.O.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Selective RNA-Binding Small Molecules by Affinity-Selection Mass Spectrometry.
著者: Rizvi, N.F. / Howe, J.A. / Nahvi, A. / Klein, D.J. / Fischmann, T.O. / Kim, H.Y. / McCoy, M.A. / Walker, S.S. / Hruza, A. / Richards, M.P. / Chamberlin, C. / Saradjian, P. / Butko, M.T. / ...著者: Rizvi, N.F. / Howe, J.A. / Nahvi, A. / Klein, D.J. / Fischmann, T.O. / Kim, H.Y. / McCoy, M.A. / Walker, S.S. / Hruza, A. / Richards, M.P. / Chamberlin, C. / Saradjian, P. / Butko, M.T. / Mercado, G. / Burchard, J. / Strickland, C. / Dandliker, P.J. / Smith, G.F. / Nickbarg, E.B.
履歴
登録2017年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: RNA (54-MER)
Y: RNA (56-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0054
ポリマ－35,5482
非ポリマー4572
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.130, 71.130, 141.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (54-MER)


分子量: 17455.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
#2: RNA鎖 RNA (56-MER)


分子量: 18092.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-DKM / 5-[(3S,4S)-3-(dimethylamino)-4-hydroxypyrrolidin-1-yl]-6-fluoro-4-methyl-8-oxo-3,4-dihydro-8H-1-thia-4,9b-diazacyclopenta[cd]phenalene-9-carboxylic acid


分子量: 432.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21FN4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.59 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.5-6.5, 0.2 M MgCl2, 7-11% v/v PEG 4000
PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→56.46 Å / Num. obs: 9904 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 107.33 Å2 / Net I/σ(I): 32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoBUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
autoBUSTER位相決定
精密化解像度: 2.82→46.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 1.852 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.357 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.336
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 481 4.89 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 9842 94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 104.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5343 Å20 Å20 Å2
2--0.5343 Å20 Å2
3----1.0687 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.82→46.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2340 31 12 2383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012674HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.784181HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d549SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes140HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2674HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion436SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2629SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.82→3.15 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3172 147 5.07 %
Rwork0.2259 2755 -
all0.23 2902 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4604-0.9686-0.25392.4945-0.2982.30670.2351-0.0941-0.83630.24360.11660.3704-0.2646-0.1301-0.3517-0.3330.046-0.0264-0.2070.033-0.256226.566340.351915.7745
24.5424-0.94790.83912.4574-0.78952.43140.1724-0.1819-0.6270.5007-0.00760.3916-0.3327-0.2465-0.1649-0.3940.0350.0389-0.2372-0.0259-0.329922.95643.910617.0999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ X|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ Y|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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