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- PDB-6be4: Crystal structure of a polysaccharide-binding human Fab (F598) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6be4
タイトルCrystal structure of a polysaccharide-binding human Fab (F598) in complex with nona-N-acetyl-D-glucosamine (9NAc)
要素
  • Fab (F598) Heavy Chain
  • Fab(F598) Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / human antibody / antigen binding fragment / poly-N-acetylglucosamine / oligosaccharide / complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Soliman, C. / Ramsland, P.A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for antibody targeting of the broadly expressed microbial polysaccharide poly-N-acetylglucosamine.
著者: Soliman, C. / Walduck, A.K. / Yuriev, E. / Richards, J.S. / Cywes-Bentley, C. / Pier, G.B. / Ramsland, P.A.
履歴
登録2017年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab (F598) Heavy Chain
L: Fab(F598) Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3323
ポリマ－47,2982
非ポリマー1,0341
水8,737485
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.995, 42.697, 106.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.47, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-540-

HOH

21L-503-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab (F598) Heavy Chain


分子量: 24176.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab(F598) Light Chain


分子量: 23120.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1033.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-6DGlcpNAcb1-6DGlcpNAcb1-6DGlcpNAcb1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1-1/a6-b1_b6-c1_c6-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 4000, 20% iso-propanol, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.271 Å / Num. obs: 40087 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 12.11
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Num. unique obs: 6403 / CC1/2: 0.913 / Rrim(I) all: 0.348 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BE2

6be2


解像度: 1.9→33.271 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2101 2008 5.04 %
Rwork0.164 --
obs0.1663 39876 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3231 0 71 485 3787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9624658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6852020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.27521440.22912682X-RAY DIFFRACTION100
1.9475-2.00020.2621560.21032694X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.0590.24921190.19142684X-RAY DIFFRACTION100
2.059-2.12550.23221620.17712684X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.20140.30461350.18922668X-RAY DIFFRACTION100
2.2014-2.28960.27771510.20822672X-RAY DIFFRACTION99
2.2896-2.39370.23651410.19432716X-RAY DIFFRACTION100
2.3937-2.51990.24731410.18272712X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.67770.23021360.18492702X-RAY DIFFRACTION100
2.6777-2.88430.20941450.17932684X-RAY DIFFRACTION100
2.8843-3.17440.21911420.16932716X-RAY DIFFRACTION100
3.1744-3.63330.19921370.14982735X-RAY DIFFRACTION100
3.6333-4.57560.15021460.12272749X-RAY DIFFRACTION100
4.5756-33.27640.17771530.13812770X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9568-0.54720.1434.2157-0.37371.20160.0827-0.0540.02640.1985-0.26420.0701-0.0978-0.03340.16540.1804-0.0024-0.0050.1851-0.04410.093612.77534.966844.6079
24.858-2.8410.01857.77680.94812.41350.0225-0.0171-0.60260.3454-0.10890.35780.1916-0.0897-0.04330.158-0.02330.03060.1628-0.01690.116415.8487-6.847540.8314
33.1417-0.00530.79371.616-0.64891.85190.0560.0193-0.0932-0.1595-0.00560.08790.2801-0.0653-0.04520.20550.02040.01010.1351-0.04510.1993-5.767519.140628.2935
45.72012.35092.67974.18452.40426.8572-0.0701-0.1895-0.0391-0.1478-0.08620.48010.398-0.77230.09670.2232-0.0085-0.00490.1441-0.01430.2813-13.706615.625526.7873
51.1371-0.1327-0.14931.4785-0.13062.64080.05280.2317-0.0964-0.2495-0.1875-0.0183-0.1012-0.16540.10820.16820.07960.01090.219-0.03580.167620.8904-3.132624.4204
65.6055-3.6399-1.76223.66931.52272.1513-0.171-0.086-0.0250.11190.09920.21310.26170.13690.05560.17360.02250.01190.116-0.01260.1695-6.794522.774116.6147
73.8651-0.4858-1.27022.86881.51313.8632-0.02740.13790.2381-0.13070.0732-0.0637-0.07510.2926-0.07810.17780.00410.01260.16460.00150.1583-2.340226.882812.6798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 97 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 98 through 120 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 121 through 186 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 187 through 224 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 1 through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 112 through 144 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 145 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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