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- PDB-6bdu: Crystal structure of PprA from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bdu
タイトルCrystal structure of PprA from Deinococcus radiodurans
要素DNA repair protein PprA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA damage repair / Radiation induced / Genome segregation / Filment formation
機能・相同性cellular response to desiccation / positive regulation of DNA ligation / cellular response to gamma radiation / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / DNA repair / DNA repair protein PprA
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Szabla, R. / Czerwinski, M. / Junop, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2008R00075 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PprA from Deinococcus radiodurans
著者: Szabla, R. / Czerwinski, M. / Junop, M.S.
履歴
登録2017年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein PprA
B: DNA repair protein PprA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2062
ポリマ－67,2062
非ポリマー00
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer interface was observed in crystal structure of PprA from D.radiodurans, D.peraridilitoris and D.deserti.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.629, 99.149, 116.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein PprA / Pleiotropic protein promoting DNA repair


分子量: 33602.750 Da / 分子数: 2 / 変異: D180K, D184K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: pprA, DR_A0346 / プラスミド: pDEST-527 / 細胞株 (発現宿主): B834(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32504
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 % / 解説: square prism
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein at 2.4mg/mL in 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5 was mixed in 1:1 volume ratio with a solution of 0.2 M Lithium Citrate Tribasic and 20 % (w/v) PEG 3350. The drop was suspended over 1.5M Ammonium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→58.34 Å / Num. obs: 45262 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 1.628 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3281 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.662 / Rrim(I) all: 1.606

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→36.21 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 2315 5.12 %
Rwork0.205 --
obs0.2065 45188 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 0 376 4446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6885600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6171488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004744
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04090.32741350.30382510X-RAY DIFFRACTION100
2.0409-2.08520.32941310.27852456X-RAY DIFFRACTION100
2.0852-2.13370.3291140.26392501X-RAY DIFFRACTION100
2.1337-2.18710.32091510.24212492X-RAY DIFFRACTION100
2.1871-2.24620.31071230.24012498X-RAY DIFFRACTION100
2.2462-2.31230.29881240.24222481X-RAY DIFFRACTION100
2.3123-2.38690.28311420.23032485X-RAY DIFFRACTION100
2.3869-2.47220.25721420.23492511X-RAY DIFFRACTION100
2.4722-2.57120.28271400.22632489X-RAY DIFFRACTION100
2.5712-2.68810.29651330.24162512X-RAY DIFFRACTION100
2.6881-2.82980.27211630.23122495X-RAY DIFFRACTION100
2.8298-3.0070.27621390.21692513X-RAY DIFFRACTION100
3.007-3.23910.2881360.21082504X-RAY DIFFRACTION100
3.2391-3.56480.20691500.19912546X-RAY DIFFRACTION100
3.5648-4.080.18251190.17592574X-RAY DIFFRACTION100
4.08-5.1380.17381190.162605X-RAY DIFFRACTION100
5.138-36.21590.17651540.17982701X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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