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- PDB-6bd4: Crystal structure of human apo-Frizzled4 receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bd4
タイトルCrystal structure of human apo-Frizzled4 receptor
要素Frizzled-4/Rubredoxin chimeric protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Frizzled / apo
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / WNT5A-dependent internalization of FZD4 ...cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / alkane catabolic process / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / endothelial cell differentiation / establishment of blood-brain barrier / positive regulation of dendrite morphogenesis / Class B/2 (Secretin family receptors) / cytokine receptor activity / cytokine binding / negative regulation of cell-substrate adhesion / canonical Wnt signaling pathway / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / Regulation of FZD by ubiquitination / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / neuron differentiation / cell-cell junction / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / Ca2+ pathway / angiogenesis / electron transfer activity / response to hypoxia / cell population proliferation / cilium / positive regulation of cell migration / iron ion binding / protein heterodimerization activity / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Rubredoxin / : / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Frizzled/secreted frizzled-related protein ...Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Rubredoxin / : / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Rubredoxin / Frizzled-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yang, S. / Wu, Y. / Pu, M. / Chen, Y. / Dong, S. / Guo, Y. / Han, G.Y. / Stevens, R.C. / Zhao, S. / Xu, F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the Frizzled 4 receptor in a ligand-free state.
著者: Yang, S. / Wu, Y. / Xu, T.H. / de Waal, P.W. / He, Y. / Pu, M. / Chen, Y. / DeBruine, Z.J. / Zhang, B. / Zaidi, S.A. / Popov, P. / Guo, Y. / Han, G.W. / Lu, Y. / Suino-Powell, K. / Dong, S. / ...著者: Yang, S. / Wu, Y. / Xu, T.H. / de Waal, P.W. / He, Y. / Pu, M. / Chen, Y. / DeBruine, Z.J. / Zhang, B. / Zaidi, S.A. / Popov, P. / Guo, Y. / Han, G.W. / Lu, Y. / Suino-Powell, K. / Dong, S. / Harikumar, K.G. / Miller, L.J. / Katritch, V. / Xu, H.E. / Shui, W. / Stevens, R.C. / Melcher, K. / Zhao, S. / Xu, F.
履歴
登録2017年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-4/Rubredoxin chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,00718
ポリマ－47,8151
非ポリマー3,19217
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.670, 154.690, 114.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1214-

HOH

詳細Authors state that the biological unit is unknown

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Frizzled-4/Rubredoxin chimeric protein


分子量: 47814.941 Da / 分子数: 1 / 変異: M309L, C450I, C507F, S508Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: FZD4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9ULV1, UniProt: P00268

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非ポリマー , 6種, 40分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 100 mM sodium cacodylate trihydrate (pH 6.0), 80 mM Magnesium Sulfate, 30% PEG400, 1.5-2.5% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
PH範囲: 6.0-6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.99 Å / Num. obs: 21742 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 76.82 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.19
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique obs: 2120 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JKV

4jkv


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.294 / SU Rfree Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.214
詳細: THERE ARE SOME UNKNOWN DENSITIES FOR ATOMS IN THE ORTHOSTERIC BINDING SITE. THEY HAVE BEEN MODELLED AS UNX.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1344 6.18 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.211 21742 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 94.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.5203 Å20 Å20 Å2
2--3.5707 Å20 Å2
3---2.9497 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2993 0 178 27 3198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073245HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.764376HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1476SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes458HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3245HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion411SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4020SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 176 6.23 %
Rwork0.207 2649 -
all0.207 2825 -
obs--99.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68220.2360.14531.76030.01442.6226-0.01720.13240.0305-0.36210.0585-0.1031-0.10620.2366-0.04140.20490.00350.0331-0.2231-0.0223-0.303-20.75935.6268-17.5562
21.78051.8654-0.52328.3154-0.54664.50490.0795-0.07920.53480.1589-0.06230.2276-0.03090.0967-0.01720.304-0.1520.0061-0.304-0.05790.0203-44.7638-39.02173.8896
31.32290.3265-0.04911.36450.18372.88920.00070.1556-0.1604-0.13370.0608-0.27560.34750.4512-0.06150.17810.03250.0321-0.1745-0.0049-0.304-15.0816-3.1096-11.6129
40.95390.41740.33871.838-0.2051.86130.0143-0.00070.0962-0.16360.1007-0.1573-0.0020.0897-0.1150.26540.05660.0157-0.0968-0.047-0.2513-26.08012.803-16.6652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|181 - A|419 }A181 - 419
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - A|1054 }A1001 - 1054
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|428 - A|513 }A428 - 513
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|1102 - A|1117 A|1201 - A|1223 }A1102 - 1117
5X-RAY DIFFRACTION4{ A|1102 - A|1117 A|1201 - A|1223 }A1201 - 1223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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