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- PDB-5uiw: Crystal Structure of CC Chemokine Receptor 5 (CCR5) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uiw
タイトルCrystal Structure of CC Chemokine Receptor 5 (CCR5) in complex with high potency HIV entry inhibitor 5P7-CCL5
要素
  • C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin chimera
  • C-C motif chemokine 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / G-protein coupled receptor / Chemokine receptor / HIV entry inhibitor / HIV-1 R5 isolates co-receptor / receptor-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / chemokine receptor antagonist activity / chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine receptor binding / negative regulation of macrophage apoptotic process ...regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / chemokine receptor antagonist activity / chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine receptor binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / alkane catabolic process / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / chemokine receptor activity / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / signaling / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / neutrophil activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / negative regulation of T cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell apoptotic process / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / response to cholesterol / positive regulation of monocyte chemotaxis / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of innate immune response / chemokine activity / regulation of T cell activation / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / phospholipase activator activity / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of macrophage chemotaxis / chemoattractant activity / exocytosis / macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / positive regulation of translational initiation / host-mediated suppression of viral transcription / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of TOR signaling / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of T cell migration / cellular defense response / positive regulation of viral genome replication / coreceptor activity / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / regulation of insulin secretion / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / calcium-mediated signaling / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / response to virus / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / calcium ion transport / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / actin binding / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome / protein kinase activity / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / external side of plasma membrane / apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 5 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family ...CC chemokine receptor 5 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Rubredoxin / C-C motif chemokine 5 / C-C chemokine receptor type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å
データ登録者Zheng, Y. / Qin, L. / Han, G.W. / Gustavsson, M. / Kawamura, T. / Stevens, R.C. / Cherezov, V. / Kufareva, I. / Handel, T.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI118985 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: Structure of CC Chemokine Receptor 5 with a Potent Chemokine Antagonist Reveals Mechanisms of Chemokine Recognition and Molecular Mimicry by HIV.
著者: Zheng, Y. / Han, G.W. / Abagyan, R. / Wu, B. / Stevens, R.C. / Cherezov, V. / Kufareva, I. / Handel, T.M.
履歴
登録2017年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02019年12月11日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_target_identifier / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin chimera
B: C-C motif chemokine 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,59111
ポリマ－55,8212
非ポリマー2,7709
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.010, 52.640, 302.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin chimera / CCR5 / CHEMR13 / HIV-1 fusion coreceptor / Rd / CCR5 / CHEMR13 / HIV-1 fusion coreceptor


分子量: 47158.828 Da / 分子数: 1 / 変異: C58Y, G163N, A233D, K303E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Rubredoxin fusion sequence P00268; in between CCR5 residue 223 and 227 MKKYTCTVCGYIYNPEDGDPDNGVNPGTDFKDIPDDWVCPLCGVGKDQFEEVEE
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: CCR5, CMKBR5 / プラスミド: pfastbac-1 / 細胞株 (発現宿主): sf9 / 器官 (発現宿主): Ovary
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51681, UniProt: P00268
#2: タンパク質 C-C motif chemokine 5 / EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific ...EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific protein P228 / TCP228 / T-cell-specific protein RANTES


分子量: 8662.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence before CC motif "QGPPLMALQS" (where the first residue Q is PCA as glutamine is cyclized into pyroglutamic acid residue) is artificial to replace native sequence "SPYSSDTTP". As the ...詳細: Sequence before CC motif "QGPPLMALQS" (where the first residue Q is PCA as glutamine is cyclized into pyroglutamic acid residue) is artificial to replace native sequence "SPYSSDTTP". As the register 0 for PCA, all the rest of residue numbers are consistent for chemokine residues.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL5, D17S136E, SCYA5 / プラスミド: pfastbac-1 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P13501

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非ポリマー , 4種, 53分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.3
詳細: 29% (v/v) PEG 400, 120 mM lithium citrate, 1.2% (w/v) 1,5-Diaminopentane dihydrochloride, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月5日 / 詳細: K-B pair of biomorph mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→29.472 Å / Num. obs: 32803 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 28.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/av σ(I): 9.4 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.18-2.257.42.2920.625750.6440.7992.43791.3
8.99-46.6711.60.05136.55790.9990.0160.05499.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MBS

4mbs


解像度: 2.204→29.472 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.72
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2502 1196 5.1 %Random selection
Rwork0.2158 ---
obs0.2176 23465 73.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.87 Å2 / Biso mean: 42.3057 Å2 / Biso min: 5.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.204→29.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3269 0 124 44 3437
Biso mean--59.43 33.79 -
残基数----420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9694722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1021218
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2036-2.29180.329260.270732435010
2.2918-2.39610.3529650.26871165123035
2.3961-2.52230.27651080.2541772188054
2.5223-2.68030.29371270.25692315244271
2.6803-2.8870.30311330.24852945307887
2.887-3.17730.28381750.25213349352499
3.1773-3.63630.24871680.216433623530100
3.6363-4.57860.24731770.185934353612100
4.5786-29.47460.20222170.192936023819100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8342-0.0167-1.23911.65471.91513.02540.07230.62940.3912-0.48360.0168-0.0362-0.5779-0.0707-0.24810.1809-0.04130.00450.57470.08140.1637-132.3783-94.8877611.2836
21.1851-0.1183-0.13591.08230.51611.5743-0.21340.01070.00440.33150.03730.07660.14710.004-0.08890.12910.04860.02670.286-0.04630.1217-133.5119-97.4485642.3796
30.92350.901-0.61382.6023-2.78133.2562-0.18270.2252-0.3645-1.1064-0.1435-0.43231.24920.14160.2980.9807-0.03080.13170.38490.09360.3185-140.0878-122.1137683.0264
42.15610.04540.24611.4603-0.53681.664-0.1376-0.1311-0.01790.42650.06290.24390.4221-0.32620.11960.2582-0.05120.11370.231-0.01480.1808-141.3603-104.9308644.9275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 0 through 67 )B0 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 223 )A16 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1001 through 1054 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 227 through 316 )A227 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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