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- PDB-6bc1: A Complex between PH Domain of p190RhoGEF and Activated Rac1 Boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bc1
タイトルA Complex between PH Domain of p190RhoGEF and Activated Rac1 Bound to a GTP Analog
要素
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 28
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rho GTPase Guanine Nucleotide Exchange Factors RhoGEF Pleckstrin Homology PH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / Inactivation of CDC42 and RAC1 ...regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / Inactivation of CDC42 and RAC1 / NADPH oxidase complex / engulfment of apoptotic cell / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / regulation of Rho protein signal transduction / ruffle organization / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of fibroblast migration / cell projection assembly / RHO GTPases activate CIT / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / Nef and signal transduction / PCP/CE pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of nitric oxide biosynthetic process / RHO GTPases activate KTN1 / Activation of RAC1 / motor neuron axon guidance / regulation of lamellipodium assembly / Azathioprine ADME / MET activates RAP1 and RAC1 / regulation of small GTPase mediated signal transduction / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / regulation of cell size / establishment or maintenance of cell polarity / DSCAM interactions / RHOB GTPase cycle / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHOC GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / RHOA GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ephrin receptor signaling pathway / localization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / anatomical structure morphogenesis / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / cell chemotaxis / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / G protein activity / Signal transduction by L1 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / cell motility / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament organization / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / neuron migration / MAPK6/MAPK4 signaling / cell morphogenesis / trans-Golgi network / Signaling by SCF-KIT
類似検索 - 分子機能
ARHGEF28, PH domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain ...ARHGEF28, PH domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / C1-like domain superfamily / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Rho guanine nucleotide exchange factor 28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, Z. / Sternweis, P.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-5R01GM031954 米国
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Direct regulation of p190RhoGEF by activated Rho and Rac GTPases.
著者: Dada, O. / Gutowski, S. / Brautigam, C.A. / Chen, Z. / Sternweis, P.C.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 28
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
D: Rho guanine nucleotide exchange factor 28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2058
ポリマ－76,0774
非ポリマー1,1274
水2,036113
1
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6024
ポリマ－38,0392
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
D: Rho guanine nucleotide exchange factor 28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6024
ポリマ－38,0392
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.332, 96.333, 189.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 20505.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1, TC25, MIG5 / プラスミド: pGEX-kG-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63000
#2: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 28 / 190 kDa guanine nucleotide exchange factor / p190RhoGEF / Rho guanine nucleotide exchange factor


分子量: 17533.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF28, KIAA1998, RGNEF / プラスミド: pGEX-kG-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N1W1
#3: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 3350, 100mM NaHEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射モノクロメーター: silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→48.166 Å / Num. obs: 28012 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1279 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→48.166 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3226 959 5.01 %
Rwork0.2775 --
obs0.2798 19160 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5086 0 66 113 5265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5847124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1043192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.05290.42351350.35442561X-RAY DIFFRACTION100
3.0529-3.24410.40631350.30522551X-RAY DIFFRACTION100
3.2441-3.49450.31751340.29392550X-RAY DIFFRACTION100
3.4945-3.84610.33591350.27682564X-RAY DIFFRACTION100
3.8461-4.40230.36721370.25532584X-RAY DIFFRACTION100
4.4023-5.54510.26531380.25242630X-RAY DIFFRACTION100
5.5451-48.17310.25921450.27062761X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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