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- PDB-6bbn: Crystal structure of a curved tubulin complex induced by the kine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bbn
タイトルCrystal structure of a curved tubulin complex induced by the kinesin-13 Kif2A
要素
  • DARPin
  • Kinesin-like protein KIF2A
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードMOTOR PROTEIN / Kinesin / Kif2A / microtubules / tubulin / kinesin-13
機能・相同性
機能・相同性情報


centriolar subdistal appendage / Kinesins / positive regulation of axon guidance / kinesin complex / microtubule depolymerization / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / mitotic spindle assembly ...centriolar subdistal appendage / Kinesins / positive regulation of axon guidance / kinesin complex / microtubule depolymerization / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / mitotic spindle assembly / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / centriole / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cellular response to interleukin-4 / regulation of cell migration / mitotic spindle organization / RHO GTPases Activate Formins / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / neuron migration / spindle pole / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / nervous system development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cell differentiation / ciliary basal body / nuclear body / cilium / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Kinesin motor domain signature. ...: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Kinesin motor domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Kinesin-like protein KIF2A / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.514 Å
データ登録者Allingham, J.S. / Trofimova, D.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Ternary complex of Kif2A-bound tandem tubulin heterodimers represents a kinesin-13-mediated microtubule depolymerization reaction intermediate.
著者: Trofimova, D. / Paydar, M. / Zara, A. / Talje, L. / Kwok, B.H. / Allingham, J.S.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
P: DARPin
E: Kinesin-like protein KIF2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,87016
ポリマ－266,2396
非ポリマー2,63110
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19080 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area83340 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)145.052, 82.188, 147.658
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDPE

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 DARPin


分子量: 17911.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Kinesin-like protein KIF2A / Kinesin-2 / hK2


分子量: 47918.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF2A, KIF2, KNS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00139

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非ポリマー , 5種, 10分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 8% PEG8000, 6% ethylene glycol, 10 mM DDT, 100 mM HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.46→50 Å / Num. obs: 40041 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 129.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.249 / Χ2: 1.303 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 142449
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.46-3.583.12.23538690.2121.4692.6851.09496.9
3.58-3.733.22.08439280.5421.3282.4791.04398
3.73-3.93.31.86239570.5251.182.2111.23898.9
3.9-4.13.51.30539780.6750.8091.5391.13199.8
4.1-4.363.70.72439770.8160.4390.8491.23499.8
4.36-4.73.80.44140550.920.2630.5141.267100
4.7-5.173.80.33340030.9480.1980.3881.291100
5.17-5.913.80.29840390.9540.1770.3471.267100
5.91-7.453.80.14940840.9850.0890.1741.417100
7.45-503.60.04141510.9980.0250.0491.91999.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4LNU & 2GRY

4lnu

2gry


解像度: 3.514→49.217 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2874 1945 4.92 %RANDOM
Rwork0.2363 37607 --
obs0.2391 39552 95.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 263.18 Å2 / Biso mean: 146.2432 Å2 / Biso min: 68.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.514→49.217 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17627 0 160 0 17787
Biso mean--135.16 --
残基数----2267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68924646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442739
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1511595
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5136-3.60140.4983800.41621541162155
3.6014-3.69880.42031180.42272644276295
3.6988-3.80760.3881440.36622683282797
3.8076-3.93040.42341230.38482666278994
3.9304-4.07080.35651400.33772731287199
4.0708-4.23370.3181400.32832774291499
4.2337-4.42630.33951460.296427822928100
4.4263-4.65950.31481250.262128182943100
4.6595-4.95120.33551460.245828162962100
4.9512-5.3330.28481630.245827742937100
5.333-5.8690.28711690.252828172986100
5.869-6.71640.33791350.247128292964100
6.7164-8.45490.23121330.192928572990100
8.4549-49.22220.22141830.13252875305899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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