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- PDB-6bbl: Crystal structure of the a-96Gln MoFe protein variant in the pres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bbl
タイトルCrystal structure of the a-96Gln MoFe protein variant in the presence of the substrate acetylene
要素(Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / Nitrogenase / N2 reduction / FeMo-cofactor / substrate binding / acetylene
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(8)-S(7) CLUSTER, OXIDIZED / acetylene / : / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Chem-ICS / IMIDAZOLE / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Zadvornyy, O.A. / Keable, S.M. / Vertemara, J. / Eilers, B.J. / Karamatullah, D. / Rasmussen, A.J. / De Gioia, L. / Zampella, G. / Seefeldt, L.C. / Peters, J.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1330807 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
引用ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of the nitrogenase molybdenum-iron protein with the substrate acetylene trapped near the active site.
著者: Keable, S.M. / Vertemara, J. / Zadvornyy, O.A. / Eilers, B.J. / Danyal, K. / Rasmussen, A.J. / De Gioia, L. / Zampella, G. / Seefeldt, L.C. / Peters, J.W.
履歴
登録2017年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年8月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_nat / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_mutation / _entity_src_nat.strain / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
C: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,46518
ポリマ－229,7404
非ポリマー3,72514
水39,0932170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31100 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area58540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.781, 128.251, 107.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 55333.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DJ1264 / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase
#2: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 59535.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DJ1264 / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

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非ポリマー , 8種, 2184分子

#3: 化合物 ChemComp-C2H / acetylene / ethyne / ビニレンラジカル


分子量: 26.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#6: 化合物 ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon


分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7MoS9
#7: 化合物 ChemComp-1CL / FE(8)-S(7) CLUSTER, OXIDIZED


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8
詳細: 30% w/v PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.17 M sodium molybdate, 0.001 M sodium dithionite
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→49.9 Å / Num. obs: 204410 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 16.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(DEV_2880: ???)精密化
XDSデータ削減
HKL-2000データ削減
XSCALEデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U7Q

3u7q


解像度: 1.68→39.76 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 10163 4.97 %
Rwork0.151 --
obs0.153 204400 91.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→39.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15924 0 116 2170 18210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.45222373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9549862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2262374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6803-1.69940.26663070.23386385X-RAY DIFFRACTION90
1.6994-1.71940.2553450.22196547X-RAY DIFFRACTION94
1.7194-1.74030.24913520.20766645X-RAY DIFFRACTION94
1.7403-1.76240.25813300.20286544X-RAY DIFFRACTION94
1.7624-1.78560.23063770.19036597X-RAY DIFFRACTION94
1.7856-1.810.21413240.18786503X-RAY DIFFRACTION93
1.81-1.83590.22913150.18426251X-RAY DIFFRACTION88
1.8359-1.86330.23353050.17446431X-RAY DIFFRACTION91
1.8633-1.89240.20683660.17316606X-RAY DIFFRACTION95
1.8924-1.92340.21363690.16416694X-RAY DIFFRACTION94
1.9234-1.95660.19443650.15246524X-RAY DIFFRACTION94
1.9566-1.99220.18243610.14686665X-RAY DIFFRACTION95
1.9922-2.03050.18743600.14536661X-RAY DIFFRACTION95
2.0305-2.07190.16753470.14336682X-RAY DIFFRACTION95
2.0719-2.1170.18213770.14076645X-RAY DIFFRACTION95
2.117-2.16620.18773530.13846648X-RAY DIFFRACTION95
2.1662-2.22040.17463330.13966268X-RAY DIFFRACTION89
2.2204-2.28040.17263380.13346838X-RAY DIFFRACTION97
2.2804-2.34750.17193640.13176778X-RAY DIFFRACTION97
2.3475-2.42330.16673770.13426756X-RAY DIFFRACTION96
2.4233-2.50990.15943100.13326794X-RAY DIFFRACTION96
2.5099-2.61030.16623480.13716869X-RAY DIFFRACTION97
2.6103-2.72910.17953550.13356784X-RAY DIFFRACTION96
2.7291-2.8730.17693590.14286336X-RAY DIFFRACTION91
2.873-3.05290.17023610.14036845X-RAY DIFFRACTION97
3.0529-3.28850.16293540.14076549X-RAY DIFFRACTION93
3.2885-3.61920.17413170.14096398X-RAY DIFFRACTION90
3.6192-4.14250.15282440.14335245X-RAY DIFFRACTION74
4.1425-5.21720.18272450.1454966X-RAY DIFFRACTION70
5.2172-39.77290.22633050.18725783X-RAY DIFFRACTION80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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