PDB-4xpi: Fe protein independent substrate reduction by nitrogenase variant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xpi

タイトル

Fe protein independent substrate reduction by nitrogenase variants altered in intramolecular electron transfer

要素

(Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NITROGEN FIXATION / MoFe protein / nitrogenase / proton reduction / nitrogen / acetylene / hydride reduction / ATP-binding / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / Nucleotide-binding / Molybdenum

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Danyal, K. / Rasmusen, A.J. / Keable, S.M. / Shaw, S. / Zadvornyy, O. / Duval, S. / Dean, D.R. / Raugei, S. / Peters, J.W. / Seefeldt, L.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Fe protein-independent substrate reduction by nitrogenase MoFe protein variants.
著者: Danyal, K. / Rasmussen, A.J. / Keable, S.M. / Inglet, B.S. / Shaw, S. / Zadvornyy, O.A. / Duval, S. / Dean, D.R. / Raugei, S. / Peters, J.W. / Seefeldt, L.C.

履歴

登録	2015年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xpi.cif.gz	820.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xpi.ent.gz	674.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xpi_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xpi_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4xpi_validation.xml.gz	87.2 KB	表示
CIF形式データ	4xpi_validation.cif.gz	120.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/4xpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/4xpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u7qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6o7l-d 1qh1-d 6op2-d 6bbl-d 1h1l-d 5cx1-2 4nd8-d 6o7p-d 4tku-d 1m1n-1 6o7q-d 5vq4-d 5bvh-d 5cx1-1 6o7m-d 5cx1-3 6o7s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain

B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

C: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain

D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

ヘテロ分子

234 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.804, 130.830, 108.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	5 - 480
2	1	1	4	C	5 - 480
1	1	2	4	B	2 - 527
2	1	2	4	D	2 - 527

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I 分子量: 55130.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: nifD / 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株 (発現宿主): DJ939 / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase
#2: タンパク質	Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I 分子量: 59379.652 Da / 分子数: 2 / Mutation: Y98H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: nifK / 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株 (発現宿主): DJ939 / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

#1: タンパク質

Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I

分子量: 55130.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: nifD / 発現宿主:

Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株 (発現宿主): DJ939 / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase

#2: タンパク質

Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I

分子量: 59379.652 Da / 分子数: 2 / Mutation: Y98H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: nifK / 発現宿主:

Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株 (発現宿主): DJ939 / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

-
非ポリマー , 7種, 946分子

#3: 化合物	ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀O₇
#4: 化合物	ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon 分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe₇MoS₉
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-1CL / FE(8)-S(7) CLUSTER, OXIDIZED 分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₈S₇
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8 詳細: 30% PEG 4000, 100mM Tris-HCl pH 8.0, 170-190mM Sodium molybdate and 1mM Dithionite, LIQUID DIFFUSION, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→35.8 Å / Num. obs: 141514 / % possible obs: 96.39 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 2.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U7Q

3u7q

解像度: 1.97→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 9.25 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26359	7087	5 %	RANDOM
R_work	0.21303	-	-	-
obs	0.21557	134339	96.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.796 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.66 Å²	0 Å²	0.5 Å²
2-	-	-0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15937	0	202	921	17060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	16562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.922	1.97	22448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.404	3	27919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.738	5	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.531	24.121	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.534	15	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.525	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.273	0.2	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	18192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	6480	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
1	A	6480	MEDIUM THERMAL	2.23	2
2	B	7101	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
2	B	7101	MEDIUM THERMAL	1.51	2

LS精密化シェル

解像度: 1.974→2.025 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	421	-
R_work	0.274	7855	-
obs	-	-	77.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.3807	30.753	-0.3369	61.4914	-0.6744	0.0077	-0.3488	0.5811	0.3495	0.1475	0.7709	0.7054	-0.0106	-0.0166	-0.4221	0.3419	0.2071	0.069	0.1978	-0.0903	0.4125	-36.3864	28.8184	59.1118
2	0.7427	1.1005	-0.6653	1.641	-0.8446	3.2367	0.4002	-0.0731	0.0643	0.6302	-0.1829	0.1118	-0.5681	-0.6211	-0.2173	0.3314	0.0759	0.0908	0.3578	-0.062	0.2114	-38.2455	15.2852	64.3754
3	0.2603	0.0174	-0.1212	0.485	0.0407	0.6078	0.0229	-0.0707	-0.0589	0.1473	-0.0788	-0.0032	0.0964	-0.0134	0.0559	0.0989	-0.0425	-0.0472	0.2142	0.0479	0.1997	-13.6008	-11.4493	59.0304
4	0.3368	0.1767	0.035	0.4226	-0.0789	0.6459	0.0715	-0.0725	0.0135	0.1692	-0.1278	0.0429	-0.1945	0.0028	0.0562	0.1384	-0.0462	-0.0503	0.1927	-0.0006	0.1593	-11.774	12.3004	60.6502
5	15.3695	-9.0054	26.8845	5.2772	-15.7518	47.0271	-0.9071	-1.6057	-0.0877	0.5814	1.0082	0.047	-1.6729	-2.7986	-0.1011	0.6171	0.265	0.0535	0.3601	-0.1505	0.2146	-36.6924	21.9588	26.4688
6	0.3831	0.1074	-0.1535	0.0908	0.0085	0.782	0.0346	-0.0458	0.0005	0.0637	-0.104	0.0005	0.0361	-0.0818	0.0694	0.0732	-0.0464	-0.0262	0.2032	0.0142	0.2056	-19.8039	-6.0422	51.4094
7	0.4573	0.0397	-0.0785	0.1254	0.3398	1.0152	0.0151	0.051	0.0657	0.043	-0.1093	0.0214	0.1031	-0.3179	0.0942	0.0261	-0.0669	-0.0343	0.357	-0.0237	0.2545	-38.5225	-12.9018	35.112
8	0.4423	0.3448	-0.1418	0.2775	-0.1879	0.9277	-0.1253	0.0487	-0.01	-0.1209	0.0563	0.0046	0.2254	-0.2802	0.069	0.0957	-0.0754	-0.0471	0.2615	-0.0218	0.2028	-31.1751	-15.1573	24.5437
9	0.319	0.117	-0.0034	0.4111	-0.115	0.8759	-0.0533	0.0184	-0.0719	-0.0233	-0.0293	-0.0483	0.1407	0.0005	0.0826	0.0719	-0.0007	-0.018	0.1787	0.0153	0.2258	-10.5568	-15.1904	31.6057
10	1.7071	-0.3215	0.5235	2.4246	-0.8839	0.4257	0.0138	0.0095	-0.0142	-0.0328	-0.0688	-0.0785	0.0189	0.0589	0.055	0.0785	0.0207	0.0207	0.2633	0.0669	0.2428	6.3857	-1.6484	18.9091
11	1.1939	0.1278	-1.3435	1.3081	-1.2437	2.4498	-0.2516	0.2668	0.0233	-0.6911	-0.0744	-0.3985	0.8318	-0.2193	0.326	0.56	-0.0332	0.1738	0.1595	-0.0078	0.1588	-3.2814	-15.7386	-22.1518
12	0.1698	0.1003	-0.1189	0.3843	0.0118	0.9789	-0.013	0.0042	0.0559	-0.1311	-0.1447	-0.1025	-0.0758	0.1642	0.1578	0.0869	-0.0097	-0.0045	0.2323	0.113	0.2552	10.6257	12.8657	-1.1109
13	1.1257	-0.4077	1.0373	0.8274	-0.9924	1.6446	-0.1489	-0.0516	0.3046	-0.3933	-0.3608	-0.3124	0.1825	0.3116	0.5097	0.3805	0.2123	0.052	0.311	0.1852	0.2398	21.9488	7.4611	-7.2725
14	0.2881	0.0556	-0.2856	0.303	-0.4449	0.8924	-0.1101	-0.0563	-0.025	-0.2622	-0.1724	-0.1238	0.4361	0.2031	0.2826	0.2389	0.14	0.1215	0.2078	0.0759	0.2549	11.9041	-15.333	-1.5453
15	31.0443	1.1463	-8.6281	0.7247	1.3607	6.5433	0.056	0.3519	-0.5639	0.2175	-0.0154	-0.0841	0.5638	-0.1711	-0.0406	0.331	-0.2149	-0.0785	0.1901	-0.0146	0.2224	-21.6473	-20.6195	7.344
16	0.146	-0.0358	-0.1552	0.1166	-0.255	1.2604	-0.0092	0.0473	-0.0152	-0.069	-0.1403	-0.0469	0.0248	0.2116	0.1495	0.1375	0.0449	0.0025	0.2214	0.0999	0.2156	5.6477	5.1187	6.3977
17	0.471	-0.3169	-0.2343	0.2298	0.0783	0.6573	0.0417	0.1396	-0.0015	-0.0529	-0.0897	0.0065	-0.0166	-0.2579	0.048	0.1199	0.026	-0.0821	0.2886	0.0071	0.1625	-20.4847	9.9922	-7.4829
18	0.3464	-0.159	0.078	0.2507	-0.2366	1.0219	0.0252	0.0363	0.0441	0.0563	-0.0194	0.0315	-0.3137	-0.1842	-0.0058	0.1265	0.0859	-0.0499	0.2258	0.0093	0.2154	-24.5415	18.256	13.8996
19	0.352	-0.0083	-0.1457	0.367	-0.2009	0.9074	-0.029	-0.0346	0.0147	0.0255	-0.0395	-0.0304	-0.1964	0.0261	0.0685	0.0918	-0.0157	-0.0657	0.1645	0.0176	0.1901	-5.7268	15.1032	20.3335
20	1.5632	0.6084	-0.0285	1.5865	-0.4943	0.198	-0.0118	0.0123	-0.0128	0.082	-0.038	-0.0185	-0.0825	0.0707	0.0498	0.1548	-0.0463	-0.0728	0.2317	0.0448	0.1817	-2.1267	1.8697	40.7948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	45 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	172 - 477
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	478 - 481
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	175 - 262
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	263 - 366
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	367 - 502
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	503 - 523
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	3 - 51
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	52 - 172
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	173 - 218
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	219 - 471
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	472 - 480
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	2 - 124
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	125 - 278
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	279 - 379
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	380 - 502
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	503 - 523

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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