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- PDB-6b9t: Crystal structure of MPnS with substrate 2-hydroxyethylphosphonat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b9t
タイトルCrystal structure of MPnS with substrate 2-hydroxyethylphosphonate (2-HEP) and Fe(II) bound
要素Methylphosphonate synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Phosphonate / Methylphosphonate / Iron
機能・相同性
機能・相同性情報


methylphosphonate synthase / organic phosphonate biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / ferrous iron binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls ...: / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2-hydroxyethyl)phosphonic acid / : / FORMIC ACID / Methylphosphonate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosopumilus maritimus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Born, D.A. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR029205-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3P41GM103403-15S1 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM008313-29 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structural basis for methylphosphonate biosynthesis.
著者: Born, D.A. / Ulrich, E.C. / Ju, K.S. / Peck, S.C. / van der Donk, W.A. / Drennan, C.L.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylphosphonate synthase
B: Methylphosphonate synthase
C: Methylphosphonate synthase
D: Methylphosphonate synthase
E: Methylphosphonate synthase
F: Methylphosphonate synthase
G: Methylphosphonate synthase
H: Methylphosphonate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)418,70231
ポリマ－416,9158
非ポリマー1,78723
水17,781987
1
A: Methylphosphonate synthase
B: Methylphosphonate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6948
ポリマ－104,2292
非ポリマー4666
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16270 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area31970 Å2
手法PISA
2
C: Methylphosphonate synthase
D: Methylphosphonate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6858
ポリマ－104,2292
非ポリマー4566
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16510 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area33000 Å2
手法PISA
3
E: Methylphosphonate synthase
F: Methylphosphonate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6858
ポリマ－104,2292
非ポリマー4566
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16230 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
4
G: Methylphosphonate synthase
H: Methylphosphonate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6387
ポリマ－104,2292
非ポリマー4105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15850 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area31870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.850, 351.250, 76.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Methylphosphonate synthase


分子量: 52114.340 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosopumilus maritimus (strain SCM1) (古細菌)
株: SCM1 / 遺伝子: mpnS, Nmar_0155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: A9A1T2, methylphosphonate synthase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-2HE / (2-hydroxyethyl)phosphonic acid / 2-ヒドロキシエチルホスホン酸


分子量: 126.048 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 220 mM ammonium chloride, 21% (w/v) PEG 3350, 4 mM 2-hydroxyethylphosphonate, soaked in 220 mM ammonium formate, 21% (w/v) PEG 3350, 2 mM iron(II) chloride, 2.5 mM 2-hydroxyethylphosphonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→100 Å / Num. obs: 135649 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.004 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 15.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→46.099 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 6643 4.9 %
Rwork0.1904 --
obs0.1927 135624 89.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28307 0 83 987 29377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00329032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62739357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.92917330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.37670.35362570.27984700X-RAY DIFFRACTION99
2.3767-2.40470.33182400.27564772X-RAY DIFFRACTION99
2.4047-2.4340.33062400.27444717X-RAY DIFFRACTION99
2.434-2.46480.32932420.27024740X-RAY DIFFRACTION99
2.4648-2.49720.31322290.2574654X-RAY DIFFRACTION98
2.4972-2.53140.31572520.24984662X-RAY DIFFRACTION97
2.5314-2.56760.32072520.24584476X-RAY DIFFRACTION94
2.5676-2.60590.33932390.25214738X-RAY DIFFRACTION99
2.6059-2.64660.3211960.26214028X-RAY DIFFRACTION92
2.69-2.73640.32311710.26123531X-RAY DIFFRACTION92
2.7364-2.78620.28912550.24674705X-RAY DIFFRACTION99
2.7862-2.83970.31582400.2444831X-RAY DIFFRACTION99
2.8397-2.89770.32612430.23984670X-RAY DIFFRACTION99
2.8977-2.96070.28612710.22924799X-RAY DIFFRACTION99
2.9607-3.02960.29182400.23074596X-RAY DIFFRACTION99
3.0296-3.10530.28732630.23084631X-RAY DIFFRACTION97
3.1053-3.18920.28242290.2274618X-RAY DIFFRACTION96
3.1892-3.28310.2642570.22164742X-RAY DIFFRACTION100
3.2831-3.3890.26362610.20394780X-RAY DIFFRACTION100
3.389-3.51010.26351130.19622336X-RAY DIFFRACTION49
3.5101-3.65060.2452420.19844356X-RAY DIFFRACTION97
3.6506-3.81660.23381740.19073161X-RAY DIFFRACTION98
3.8166-4.01780.20681610.17863207X-RAY DIFFRACTION67
4.0178-4.26930.20672100.1634674X-RAY DIFFRACTION97
4.2693-4.59870.17092150.14624795X-RAY DIFFRACTION100
4.5987-5.06090.18782500.14144800X-RAY DIFFRACTION100
5.0609-5.7920.19052170.14684752X-RAY DIFFRACTION99
5.792-7.29270.19332330.14954707X-RAY DIFFRACTION98
7.2927-46.10770.13712510.12864803X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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