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- PDB-6b9p: Structure of GH 38 Jack Bean alpha-mannosidase in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b9p
タイトルStructure of GH 38 Jack Bean alpha-mannosidase in complex with a 36-valent iminosugar cluster inhibitor
要素Alpha-mannosidase from Canavalia ensiformis (jack bean)
キーワードHYDROLASE / Mannosidase / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-mannosidase / protein storage vacuole / alpha-mannosidase activity / mannose metabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Immunoglobulin-like - #1360 / : / Glycoside hydrolase 38, N terminal domain / 7-stranded beta/alpha barrel / Golgi alpha-mannosidase II; domain 4 / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain ...Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Immunoglobulin-like - #1360 / : / Glycoside hydrolase 38, N terminal domain / 7-stranded beta/alpha barrel / Golgi alpha-mannosidase II; domain 4 / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain / Glycoside hydrolase family 38, central domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 38 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal domain / Alpha mannosidase middle domain / Alpha mannosidase, middle domain / Glycoside hydrolase families 57/38, central domain superfamily / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Distorted Sandwich / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D0J / Alpha-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.996 Å
データ登録者Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Lepage, M. / Bodlenner, A. / Mitschler, A. / Meli, A. / De Riccardis, F. / Izzo, I. / Podjarny, A. / Compain, P.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Outstanding Multivalent Effects in Jack Bean alpha-Mannosidase Inhibition.
著者: Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Lepage, M.L. / Schneider, J.P. / Bodlenner, A. / Mitschler, A. / Meli, A. / Izzo, I. / Alvarez, H.A. / Podjarny, A. / Compain, P.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-mannosidase from Canavalia ensiformis (jack bean)
B: Alpha-mannosidase from Canavalia ensiformis (jack bean)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,32310
ポリマ－222,4512
非ポリマー5,8728
水24,6271367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14000 Å2
ΔGint105 kcal/mol
Surface area62180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.274, 119.761, 277.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-mannosidase from Canavalia ensiformis (jack bean)


分子量: 111225.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: C0HJB3*PLUS, alpha-mannosidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2045.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,12,11/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_h3-i1_h6-k1_i2-j1_k2-l1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 1371分子

#4: 化合物 ChemComp-D0J / (2R,3R,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)-1-{9-[4-(methoxymethyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]nonyl}piperidine-3,4,5-triol


分子量: 400.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36N4O5
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Potassium Sodium tartrate, 10% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.92019 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92019 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.996→48.26 Å / Num. obs: 291174 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.03 % / CC1/2: 0.788 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.996→2.12 Å / 冗長度: 7.03 % / Num. unique obs: 45423 / CC1/2: 0.753 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O7D

1o7d


解像度: 1.996→48.258 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 14622 5.02 %
Rwork0.178 --
obs0.1804 291165 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.996→48.258 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14928 0 390 1367 16685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99721424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.24412925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9961-2.01870.35583960.33647640X-RAY DIFFRACTION82
2.0187-2.04250.32594830.28969175X-RAY DIFFRACTION98
2.0425-2.06740.31894880.27189232X-RAY DIFFRACTION100
2.0674-2.09360.29244940.25159310X-RAY DIFFRACTION99
2.0936-2.12110.3094840.25849157X-RAY DIFFRACTION99
2.1211-2.15020.2834870.24619301X-RAY DIFFRACTION100
2.1502-2.18090.27914990.23089241X-RAY DIFFRACTION99
2.1809-2.21340.28164890.22919236X-RAY DIFFRACTION100
2.2134-2.2480.26784890.21859282X-RAY DIFFRACTION99
2.248-2.28490.26994890.22019245X-RAY DIFFRACTION100
2.2849-2.32430.26514800.21469250X-RAY DIFFRACTION99
2.3243-2.36650.24844930.20439276X-RAY DIFFRACTION100
2.3665-2.41210.25484880.20199291X-RAY DIFFRACTION99
2.4121-2.46130.25564860.2049195X-RAY DIFFRACTION100
2.4613-2.51480.25254880.19519239X-RAY DIFFRACTION99
2.5148-2.57330.24374980.19469370X-RAY DIFFRACTION100
2.5733-2.63770.26094910.19489224X-RAY DIFFRACTION100
2.6377-2.7090.24974900.19439285X-RAY DIFFRACTION100
2.709-2.78870.25244950.18479338X-RAY DIFFRACTION100
2.7887-2.87870.24374850.17689242X-RAY DIFFRACTION100
2.8787-2.98150.22424880.17889325X-RAY DIFFRACTION100
2.9815-3.10090.23064830.17539306X-RAY DIFFRACTION100
3.1009-3.2420.23594940.17169297X-RAY DIFFRACTION100
3.242-3.41290.22064980.16669265X-RAY DIFFRACTION100
3.4129-3.62660.21314870.15799327X-RAY DIFFRACTION100
3.6266-3.90660.19534970.14799313X-RAY DIFFRACTION100
3.9066-4.29950.164910.13149302X-RAY DIFFRACTION100
4.2995-4.92110.16364870.12379277X-RAY DIFFRACTION100
4.9211-6.1980.17385050.14099334X-RAY DIFFRACTION100
6.198-48.27170.1945000.16299268X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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