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- PDB-6b8c: Crystal structure of NlpC/p60 domain of peptidoglycan hydrolase SagA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b8c
タイトルCrystal structure of NlpC/p60 domain of peptidoglycan hydrolase SagA
要素NLP/P60
キーワードHYDROLASE / peptidoglycan endopeptidase
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Kim, B. / Oren, D.A. / Hang, H.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1 TR0018663 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Enterococcus faeciumsecreted antigen A generates muropeptides to enhance host immunity and limit bacterial pathogenesis.
著者: Kim, B. / Wang, Y.C. / Hespen, C.W. / Espinosa, J. / Salje, J. / Rangan, K.J. / Oren, D.A. / Kang, J.Y. / Pedicord, V.A. / Hang, H.C.
履歴
登録2017年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NLP/P60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7151
ポリマ－15,7151
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, gel filtration, Based on size-exclusion chromatography, it seems it is a monomer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: NLP/P60
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,7228
ポリマ－125,7228
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_758-x+2,y,-z+31
crystal symmetry operation4_578x,-y+2,-z+31
crystal symmetry operation13_558y,x,-z+31
crystal symmetry operation14_778-y+2,-x+2,-z+31
crystal symmetry operation15_575y,-x+2,z1
crystal symmetry operation16_755-y+2,x,z1
Buried area11030 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area35180 Å2
手法PISA
3
A: NLP/P60

A: NLP/P60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4302
ポリマ－31,4302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_758-x+2,y,-z+31
Buried area1280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.385, 100.385, 100.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NLP/P60 / SagA


分子量: 15715.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: FM130_01170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1T4J4N4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 8107 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.035 / Rsym value: 0.109 / Χ2: 1.79 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェルΧ2: 0.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FDY

4fdy


解像度: 2.403→44.894 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 717 10.02 %
Rwork0.2395 --
obs0.2426 7155 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→44.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数870 0 0 8 878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.641225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.418496
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4031-2.58860.43561350.44471200X-RAY DIFFRACTION96
2.5886-2.84910.25771380.28871254X-RAY DIFFRACTION100
2.8491-3.26130.34921420.27831274X-RAY DIFFRACTION100
3.2613-4.10840.241440.21981292X-RAY DIFFRACTION100
4.1084-44.90140.25271580.21711418X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 108.8705 Å / Origin y: 79.4809 Å / Origin z: 140.5608 Å
111213212223313233
T0.8184 Å20.1049 Å20.3078 Å2-0.5217 Å20.0023 Å2--0.6144 Å2
L3.3137 °2-0.3359 °2-0.1809 °2-4.0585 °2-0.2465 °2--3.0088 °2
S-0.5963 Å °0.2273 Å °-0.7064 Å °-0.256 Å °-0.027 Å °-0.2792 Å °1.0093 Å °0.3578 Å °0.4618 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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