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- PDB-4fdy: Crystal structure of a similar to lipoprotein, NLP/P60 family (SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdy
タイトルCrystal structure of a similar to lipoprotein, NLP/P60 family (SAV0400) from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 at 2.23 A resolution
要素Similar to lipoprotein, NLP/P60 family
キーワードHYDROLASE / Slt/lysozyme-like muramidase / NlpC/P60 LD endopeptidase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Lysozyme-like / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Lysozyme - #10 / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...: / Lysozyme-like / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Lysozyme - #10 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Similar to lipoprotein, NLP/P60 family / Similar to lipoprotein, NLP/P60 family
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structures of a Bifunctional Cell Wall Hydrolase CwlT Containing a Novel Bacterial Lysozyme and an NlpC/P60 dl-Endopeptidase.
著者: Xu, Q. / Chiu, H.J. / Farr, C.L. / Jaroszewski, L. / Knuth, M.W. / Miller, M.D. / Lesley, S.A. / Godzik, A. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Wilson, I.A.
履歴
登録2012年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22014年1月8日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Similar to lipoprotein, NLP/P60 family
B: Similar to lipoprotein, NLP/P60 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9912
ポリマ－69,9912
非ポリマー00
水3,621201
1
A: Similar to lipoprotein, NLP/P60 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9951
ポリマ－34,9951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Similar to lipoprotein, NLP/P60 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9951
ポリマ－34,9951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.666, 71.994, 124.917
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Similar to lipoprotein, NLP/P60 family


分子量: 34995.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: SAV0400 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q932I6, UniProt: A0A0H3JPP0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (29-340) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (29-340) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M calcium acetate, 20.0% polyethylene glycol 8000, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97895,0.91837,0.97853
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月5日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978951
20.918371
30.978531
反射解像度: 2.23→47.035 Å / Num. obs: 33428 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 53.501 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.23-2.310.7191.711881337196.7
2.31-2.40.5372.211588332696.3
2.4-2.510.4012.911479333496.2
2.51-2.640.2734.211062319893.2
2.64-2.810.176.712342349297.2
2.81-3.020.10310.211344330396.5
3.02-3.330.06315.311249331692.4
3.33-3.810.0422.811553336396
3.81-4.780.0329.110945323592.5
4.780.033111135338192

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEDecember 29, 2011データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.23→47.035 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9368 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 5. THE DENSITY FOR THE N-TERMINUS OF B CHAIN (46-71) IS POOR, THE MODEL FOR THIS REGION IS BASED ON A CHAIN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2418 1677 5.02 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.2006 33396 95.03 %-
原子変位パラメータBiso max: 168.04 Å2 / Biso mean: 65.5059 Å2 / Biso min: 32.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8848 Å20 Å24.5731 Å2
2--2.0488 Å20 Å2
3---2.8361 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.408 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→47.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4648 0 0 201 4849
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2129SINUSOIDAL4
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes136HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes705HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4798HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion602SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5793SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4798HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6536HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.47
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.3 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2249 149 5.12 %
Rwork0.2262 2759 -
all0.2261 2908 -
obs--95.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19450.22080.94343.29140.82833.74390.11410.05350.30060.26120.0779-0.2023-0.21830.5527-0.192-0.1393-0.0406-0.0536-0.0727-0.0569-0.110522.72027.1129-42.8707
23.32940.77792.46753.24751.26293.74620.2298-0.004-0.40340.58270.024-0.3430.5958-0.0331-0.25380.1048-0.0354-0.1337-0.2548-0.0248-0.101248.9313-23.2303-51.3675
32.08890.59772.53523.41760.67965.043-0.1845-0.12350.2316-0.44470.00990.5011-0.5418-0.55990.1746-0.120.0828-0.0888-0.06840.0321-0.17543.8835.1864-19.7324
42.3211-0.79381.49773.8783-2.20644.17380.11420.159-0.118-0.5590.00110.11430.57260.0523-0.11540.10260.0206-0.1062-0.1939-0.0053-0.173519.17315.4271-10.3206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|46 - 208}A46 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2{A|209 - 340}A209 - 340
3X-RAY DIFFRACTION3{B|46 - 208}B46 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4{B|209 - 340}B209 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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